Wikipedia

C12orf60

Neokarakterizirani protein otvorenog okvira čitanja 60 hromosoma 12 (C12orf60) je protein tkoji je kod ljudi (Homo sapiens) kodiran genom C12orf60, poznatim i kao LOC144608 ili MGC47869. Proteinu nedostaju transmembranski domen i heliksi, ali je bogat alfa-heliksima. Predviđa se da se lokalizira u u jedru.[5]

C12orf60
Identifikatori
AliasiC12orf60
Vanjski ID-jeviMGI: 3605234 HomoloGene: 52193 GeneCards: C12orf60
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 12 (čovjek)
Hrom.Hromosom 12 (čovjek)[1]
Hromosom 12 (čovjek)
Genomska lokacija za C12orf60
Genomska lokacija za C12orf60
Bend12p13.1-p12.3Početak14,803,666 bp[1]
Kraj14,906,586 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 6 (miš)
Hrom.Hromosom 6 (miš)[2]
Hromosom 6 (miš)
Genomska lokacija za C12orf60
Genomska lokacija za C12orf60
Bend6|6 G1Početak136,804,624 bp[2]
Kraj136,817,660 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

144608

320135

Ensembl

ENSG00000182993

ENSMUSG00000047515

UniProt

Q5U649

Q810N5

RefSeq (mRNK)

NM_175874

NM_178776

RefSeq (bjelančevina)

NP_787070

NP_848891

Lokacija (UCSC)Chr 12: 14.8 – 14.91 MbChr 6: 136.8 – 136.82 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Transkript C12orf60 iRNK je dug 1.139 nukleotida[6] i kodira protein sa 245 aminokiselina.[7] Predviđeno je da se nalazi u jedru, ali u naučnoj zjednici njegova funkcija još uvijek nije dobro shvaćena. Smatra se potencijalnim biomarkerom za otkrivanje alergenske imunoterapije.[8]

Gen je visoko eksprimiran u sjemenicima i debelom crijevu, ali također i u bubrezima, karcinomima dojke, mozgu i raznim endokrinim žlijezdama.[9]

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 245 aminokiselina, a molekulska težina 27.626 Da.[10].

1020304050
MSSESEKDKERLIQAAKMFFFHVQDLASVINTLTELFSRSMNTQILLMAV
KNNSYIKDFFEQMLKIFKEMQSVVDARHDKIQKESLCSKVAMAMCSVVQK
STNVEELHQSAKEVFKSAHTPVIISVLNSSNILGSLESSLSHLMKFPIMN
LQLSDFYTEDTKEQSDVTTSERTRSPPGSSKTTMIDTLKKLQDVLKTEDS
KNPTKSAADLLEQIVKAMGPILEILQKAIKTMEMNISVFKKASDK
Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Gen

uredi

Lokus i veličina

uredi
 
Lokacija C12orf60 na hromosomu 12

C12rf60 nalazi se na hromosomu 12, sa početkom u 14,803.572 bp i završetkom na 14,823.858 bp, obuhvatajući 20.287 baznih parova.[11] Nalazi se na prednjoj/pozitivnoj niti između 12p12.3 i 12p13.1 citogenetičke pruge.[12] Ostali geni koji su unutar 100 kilobaza ovog gena uključuju:[13]

Uobičajeni pseudonimi

uredi

C12orf60 je takođe poznat kao LOC144608 i MGC47869.

iRNK

uredi

Unutar gena postoje ukupno 22 egzona. Od ovih egzona postoji 13 varijanti transkripta. Predviđeno je 12 ovih varijanti transkripta i da će samo sedam od njih kodirati protein. Nadalje, predviđa se da kodiraju isti protein.

 
Prostorna distribucija prerađenih izoformi C12orf60, između citogenetičkih traka 12p12.3 i 12p13.1.
Predviđene su sve izoforme koje počinju s “X”. Ljubičasti transkripti nisu kodirajući, a svi zeleni transkripti kodiraju istu proteinsku sekvencu. Krpelji na linijama pokazuju lokaciju egzona, dok introni leže između.

Značajna obilježja sekvence iRNK uključuju dva signala poliadenilacije u 3' neprevedenoj regiji (UTR), meta je nekoliko proteina koji vežu RNK (RBP) uključujući RBP-MBNL1 u 5' UTR. u primarnom transkriptu, nalazi se jedno intronsko mjesto prerade, kao i uzvodni uokvireni stop kodon.

Protein

uredi
 
Predviđena tercijarna struktura proteina 12orf60, prema I-TASSER.[14] Označeni u aminokiselinski krajevi. Regije koje se nalaze unutar DUF4533 obojene su crveno, ako je upredena zavojnica i ljubičasto/plavo ako je alfa-heliks. Inače, zavojnice su obojene sivom bojom, a alfa-heliksi sivo/plavom bojom.

Sastav

uredi

C12orf60 ima predviđenu izoelektričnu tačku od 8,19 i molekulsku masu od 27,6 kiloD. Ostaci glicina i tirozina relativno su manje zastupljeni u usporedbi s drugim proteinima u ljudskom proteomu, dok je metionin zastupljeniji.

 
Model rotatirajućeg predviđenog proteina C12orf60 prema I-TASSER.

Topologija

uredi

Predviđa se da će proteinski proizvod ima više α-heliksa, upredenih zavojnica i jedan β-list. Predlaže se da protein ne sadrži transmembranske regije ili spirale, što znači da nije usidren na ćelijsku membranu niti unutarćelijske membrane poput Golgijevog aparata.[15]

Konzervirani domeni

uredi

U predviđenom proteinskom proizvodu, C12orf60 sadrži konzervirani proteinski domen od 225 aminokiselina. Ovaj domen (DUF4533) je unutar porodice proteina pfam15047. U ovoj porodici je naveden samo još jedan gen: C12orf69 , koji je takođe poznat i kao SMOC3 (jednoprolazni membranski protein sa domenima upredene zavojnice 3).[16]

Analiza ljudskog C12orf60 i njegovih devet ortologa otkriva visoko konzerviranu ERL motiv počevši od 10. ostatka ljudske proteinske sekvence. Nije poznato da li se ovaj motiv javlja u drugim proteinima.

Ostali konzervirani ostaci su Asp25, Ser28, Phe37, Met41, Glu69, Leu85, Lys88, Leu143, Pro147, Ile148, Leu151, Gln164, Lys189, Leu191, Ala207 i Glu212, Leu225 i Lys227. Nadalje, ti ostaci leže u okviru DUF4533, što ukazuje na to da su ove konzervirane aminokiseline važne za funkciju domena. Također, područje između 100. i 150. ostataka nije konzervirano. Dakle, ovo područje vjerovatno nije vitalno za funkciju proteina.

Posttranslacijska modifikacija

uredi

Budući da se predviđa da je proteinski proizvod unutarćelijski, ne predviđa se da će doći do vanćelijskih modifikacija na C12orf60. Predviđene su i druge modifikacije kao što su acetilacija, fosforilacija, cijepanje pikornavirusne proteaze, sumolizacija i O-beta-GlcNAcilacija da se jave na C12orf60, kao i na nekoliko njegovih ortolognih proteina. Postoje dvije aminokiseline koje služe kao mjesta i fosforilacije i O-beta-GlcNAcilacije, što može ukazivati na mjesto aktivacija ili inaktivacija proteina.

 
Dijagram predviđenih post-translacijskih modifikacija C12orf60

Subćelijska lokalizacija

uredi

Predviđeno je da se C12orf60 lokalizira u jedru, citoplazmi ili izvan ćelije.[17][18][19][20][21][22] Međutim, sadašnja literatura podržava njegovu lokalizaciju u jedru.

Ekspresija

uredi

Tkivna ekspresija

uredi
 
Profil ekspresije tkiva procijenjen mikročipom C12orf60.[23]

Ekspresija C12orf60 je reguliranoa. Gen je visoko eksprimirn u sjemenicima i debelom crijevu, ali je također eksprimiran i u bubrezima, karcinomima dojke, različitim endokrinim žlijezdama i nekim regijama mozga.[24][25][26] Također je eksprimiran i u tijelu embriona i fetus tokom razvoja.[24]

 
Profil ekspresije C12orf60 u mozgu procijenjen mikronizova.[25] Lokacije ekspresije su sljedeće (lokacije visokih ekspresija podebljane):
1) Moždana kora,
2) Moždano jezgro,
3) Epitalamus,
4) Hipotalamus,
5) Subtalamus,
6) Talamus,
7) Srednji mozak,
8 ) Srednjemoždani tegmentum (omotač),
9) Mali mozak,
10) Pons,
11) Produžena moždina,
12) Telencefalonska bijela masa,
13) Moždane komore

Regulacija transkripcije

uredi

Promotor GXP_71811 regulira ekspresiju C12orf60. Dug je 1.373 parova baza i također se nalazi na pozitivnom lancu. Postoji više od 400 transkripcijskih faktora koji se mogu podudarati za vezivanje za ovaj promotor, uključujući one SOX/SRY-determinator spola/testisa, ljudske i mišje ETS i transkripcijske faktore za homeodomen.[11]

Interakcija proteina

uredi
 
Interakcija (lijevo) i koekspresija poteina C12orf60

Rolland et al. otkrili su da C12orf60 stupa u interakciju sa BMP4 (koštani morfogenetski protein 4).[27] BMP4 inducira stvaranje kostiju i hrskavica. Također djeluje u mezodermnoj indukciji i popravci prijeloma.

Nekoliko drugih proteina bi također moglo stupiti u interakciju s C12orf60,[28] a neki su predviđeni za koekspresiju sa proteinima.[29] Moguća interakcija proteina uključuje L3MBTL4, C3orf67, FAM78A i PXDC1. Pacovi sa nadekspresijom L3MBTL4 imaju veći krvni pritisak i učestaliji srčani ciklus.[30]

Proteini za koje se smatra da su koeksprimirani zajedno sa C12orf60 uključuju ELMOD2, TTC30B i BCDIN3D. Smatra se da je ELMOD2 uključen u antivirusne reakcije i uzrokuje porodičnu idiopatsku plućnu fibrozu.[31] TTC30B je uključen u biogenezu organela i put održavanja, kao i unutarflagelski transport. BCDIN3D je metiltransferaza i služi kao negativni regulator prerade miRNK.[32] Budući da iz različitih izvora ne postoji saglasnost o bilo kojoj interakciji protein-protein, teško je utvrditi postoji li do neke od ovih interakcija.

Homologija

uredi

Paralozi

uredi

Nema poznatih paraloga ovog gena u ljudskom genomu, niti su pronađeni paralozi C12orf60 unutar odabranih vrsta koje imaju ortologe proteina C12orf60.

Ortolozi

uredi

Mnogi ortolozi nalaze se u sisara i nekoliko vrsta ptica.

Ortolozi C12orf60 i ostalih vrsta, poređeni sa ljudskim C12orf60
Rod i vrsta Uobičajeno ime Procjena divergencije od proteina LCA (milioni godina) Pristupnj broj (iRNK) Pristupni broj (protein) Korigirani identitet sekvnce – standardna devijacija (%)
Homo sapiens Ljudi 0 NM_175874.3 NP_787070.2 0
Pongo abelii Orangutani 15,76 XM_002822980.2 XP_002823026.1 2,94
Rhinopithecus bieti Crni prćastonosi majmun 29,44 XM_017873538.1 XP_017729027.1 9,87
Cebus capucinus imitator Bjeloglavi kapucin 43,2 XM_017528453.1 XP_017383942.1 9,87
Saimiri boliviensis boliviensis Bolivijski vjeveričasti majmun 43,2 XM_003934554.2 XP_003934603.1 10,3
Propithecus coquereli Coquerelov sifaka 74 XM_012652172.1 XP_012507626.1 28,6
Ceratotherium simum simum Južni bijeli nosorog 96 XM_004435503.2 XP_004435560.1 33,1
Physeter catodon Spermasti kit 96 XM_007107758.1 XP_007107820.1 35,4
Equus caballus Konj 96 XM_001497318.3 XP_001497368.1 38,3
Miniopterus natalensis Natalov dugoprsti šišmiš 96 XM_016197505.1 XP_016052991.1 40,8
Felis catus Mačka 96 XM_003988472.3 XP_003988521.1 41,4
Ovis aries Ovca 96 XM_004007552.3 XP_004007601.1 43,9
Ursus maritimus Polarni medvjed 96 XM_008707031.1 XP_008705253.1 44,0
Choloepus hoffmanni Hoffmanov dvozubi ljenivac 105 N/A N/A 44,5
Canis lupus familiaris Pas 96 XM_005637113.2 XP_005637170.1 48,1
Erinaceus europaeus Zapadnoevropski jež 96 XM_007533153.1 XP_007533215.1 48,8
Dasypus novemcinctus Devetoprugi armadilo 105 XM_004460316.1 XP_004460373.1 56,0
Echinops telfairi Mali madagaskarski jež 105 XM_004713800.1 XP_004713857.1 56,0
Ochotona princeps Američka pika 90 XM_004592653.2 XP_004592710.1 56,7
Myotis brandtii Brandtov šišmiš 96 XM_005866788.2 XP_005866850.1 59,2
Mus musculus Kućni miš 90 NM_178776.3 NP_848891.2 62,0
Rattus norvegicus Norveški pacov 90 NM_001037797.1 NP_001032886.1 67,3
Sorex araneus Obična rovka 96 XM_004611368.1 XP_004611425.1 75,1
Leptosomus discolor Savijačka kukavica 312 XM_009947218.1 XP_009945520.1 129 (100%)
Melopsittacus undulatus Papagaj 312 N/A N/A 160 (100%)

Klinički značaj

uredi

Reference u literaturi

uredi

Gen je unutar 1 Mb SNP-ova koji su povezani s pretilošću, visinom i težinom.[33]

Gen je naveden zajedno s dva druga gena u patentu, kao potencijalni biomarker za otkrivanje učinkovitosti imunoterapije alergenima.[8] Konkretno, otkrivanje tri kopije C12orf60 značilo je da je imunoterapija nedjelotvorna.

U jednoj studiji, gen je bio među nekoliko identificiranih gena koji su translocirani u jednog pacijenta s recidivirajućom akutnom limfoblastnom leukemijom.[34] Ova translokacija povezana je s apoptozom i tumorigenezom.

Druga studija je otkrila da je gen reguliran najmanje 1,5 puta u ćelijama koje eksprimiraju konstitutivni faktor poboljšanja miocita 2 ( MEF2CA).[35] MEF2CA se prirodno eksprimira u mozgu.

Jedno istraživanje je pokazalo da gen sadrži "savršeni potencijalni antioksidativni protein 1 (ATOX1)", mjesto interakcije DNK u regiji promotora."[36]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000182993 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000047515 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ mieg@ncbi.nlm.nih.gov, Danielle Thierry-Mieg and Jean Thierry-Mieg, NCBI/NLM/NIH. "AceView: Gene:C12orf60, a comprehensive annotation of human, mouse and worm genes with mRNAs or ESTsAceView". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 19. 2. 2017.
  6. ^ "Homo sapiens chromosome 12 open reading frame 60 (C12orf60), mRNA - Nucleotide - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 19. 2. 2017.
  7. ^ "uncharacterized protein C12orf60 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 19. 2. 2017.
  8. ^ a b Hiroi, T., & Okubo, K. (2010). U.S. Patent Application No. 13/498,267.
  9. ^ Marchler-Bauer, A., Bo, Y., Han, L., He, J., Lanczycki, C. J., Lu, S., ... & Gwadz, M. (2016). CDD/SPARCLE: functional classification of proteins via subfamily domain architectures. Nucleic Acids Research, gkw1129.
  10. ^ "UniProt, Q5U649". Pristupljeno 7. 8. 2021.
  11. ^ a b "Genome Annotation and Browser". Genomatix. Arhivirano s originala, 2. 12. 2021.
  12. ^ Database, GeneCards Human Gene. "C12orf60 Gene - GeneCards | CL060 Protein | CL060 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 19. 2. 2017.
  13. ^ "C12orf60 chromosome 12 open reading frame 60 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  14. ^ "I-TASSER server for protein structure and function prediction". zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Pristupljeno 24. 4. 2017.
  15. ^ "ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal - Categories". www.expasy.org (jezik: engleski). Pristupljeno 24. 4. 2017.
  16. ^ "NCBI CDD Conserved Protein Domain DUF4533". www.ncbi.nlm.nih.gov (jezik: engleski). Pristupljeno 27. 2. 2017.
  17. ^ "SLP-Local". sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp. Arhivirano s originala, 22. 1. 2016. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  18. ^ "Hum-mPLoc 2.0 server". www.csbio.sjtu.edu.cn. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  19. ^ "BaCelLo". gpcr.biocomp.unibo.it. Arhivirano s originala, 13. 4. 2021. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  20. ^ "CELLO:Subcellular Localization Predictive System". cello.life.nctu.edu.tw. Arhivirano s originala, 4. 3. 2016. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  21. ^ "Hslpred: A svm based method for the subcellular localization of human proteins". www.imtech.res.in. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  22. ^ "ESLPred2 : Improved version of ESLPred". www.imtech.res.in. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  23. ^ "GDS3113 / 107275". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  24. ^ a b "Home - UniGene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 24. 4. 2017.
  25. ^ a b "Microarray Data :: Allen Brain Atlas: Human Brain". human.brain-map.org. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  26. ^ github.com/gxa/atlas/graphs/contributors, EMBL-EBI Expression Atlas development team. "Expression Atlas < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk. Pristupljeno 24. 4. 2017.
  27. ^ Rolland T, Taşan M, Charloteaux B, Pevzner SJ, Zhong Q, Sahni N, et al. (novembar 2014). "A proteome-scale map of the human interactome network". Cell. 159 (5): 1212–1226. doi:10.1016/j.cell.2014.10.050. PMC 4266588. PMID 25416956.
  28. ^ "STRING: functional protein association networks". string-db.org. Pristupljeno 24. 4. 2017.
  29. ^ "GeneMANIA". genemania.org. Pristupljeno 24. 4. 2017.
  30. ^ "OMIM Entry - * 617135 - L3MBT-LIKE 4; L3MBTL4". www.omim.org (jezik: engleski). Pristupljeno 24. 4. 2017.
  31. ^ Database, GeneCards Human Gene. "ELMOD2 Gene - GeneCards | ELMD2 Protein | ELMD2 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 24. 4. 2017.
  32. ^ Database, GeneCards Human Gene. "BCDIN3D Gene - GeneCards | BN3D2 Protein | BN3D2 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 24. 4. 2017.
  33. ^ Zhou L, Ji J, Peng S, Zhang Z, Fang S, Li L, Zhu Y, Huang L, Chen C, Ma J (decembar 2016). "A GWA study reveals genetic loci for body conformation traits in Chinese Laiwu pigs and its implications for human BMI". Mammalian Genome. 27 (11–12): 610–621. doi:10.1007/s00335-016-9657-4. PMID 27473603. S2CID 24327418.
  34. ^ Chen C, Bartenhagen C, Gombert M, Okpanyi V, Binder V, Röttgers S, Bradtke J, Teigler-Schlegel A, Harbott J, Ginzel S, Thiele R, Husemann P, Krell PF, Borkhardt A, Dugas M, Hu J, Fischer U (septembar 2015). "Next-generation-sequencing of recurrent childhood high hyperdiploid acute lymphoblastic leukemia reveals mutations typically associated with high risk patients". Leukemia Research. 39 (9): 990–1001. doi:10.1016/j.leukres.2015.06.005. PMID 26189108.
  35. ^ Chan SF, Huang X, McKercher SR, Zaidi R, Okamoto SI, Nakanishi N, Lipton SA (mart 2015). "Transcriptional profiling of MEF2-regulated genes in human neural progenitor cells derived from embryonic stem cells". Genomics Data. 3: 24–27. doi:10.1016/j.gdata.2014.10.022. PMC 4255278. PMID 25485232.
  36. ^ Muller PA, Klomp LW (juni 2009). "ATOX1: a novel copper-responsive transcription factor in mammals?". The International Journal of Biochemistry & Cell Biology. 41 (6): 1233–6. doi:10.1016/j.biocel.2008.08.001. PMID 18761103.

Vanjski linkovi

uredi
 
Commons logo
Commons ima datoteke na temu: C12orf60
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=C12orf60&oldid=3543858"
  NODES
Association 1
INTERN 1
Note 3
todo 1