Navodni RK-vezujući protein Luc7-oliki 1 je protein koji je kod ljudi kodran genom LUC7L.[5]

LUC7L
Identifikatori
AliasiLUC7L
Vanjski ID-jeviOMIM: 607782 MGI: 1914228 HomoloGene: 100558 GeneCards: LUC7L
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 16 (čovjek)
Hrom.Hromosom 16 (čovjek)[1]
Hromosom 16 (čovjek)
Genomska lokacija za LUC7L
Genomska lokacija za LUC7L
Bend16p13.3Početak188,969 bp[1]
Kraj229,463 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 17 (miš)
Hrom.Hromosom 17 (miš)[2]
Hromosom 17 (miš)
Genomska lokacija za LUC7L
Genomska lokacija za LUC7L
Bend17 A3.3|17 13.09 cMPočetak26,471,870 bp[2]
Kraj26,504,478 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija RS domain binding
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
mRNA binding
vezivanje identičnih proteina
Ćelijska komponenta U1 snRNP
U2-type prespliceosome
jedro
Biološki proces mRNA splice site selection
negative regulation of striated muscle tissue development
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_018032
NM_201412
NM_001320226
NM_001330420

NM_025881
NM_028190

RefSeq (bjelančevina)
NP_001307155
NP_001317349
NP_060502
NP_958815
NP_060502.1

NP_001307155.1

NP_080157
NP_082466

Lokacija (UCSC)Chr 16: 0.19 – 0.23 MbChr 17: 26.47 – 26.5 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Gen LUC7L može predstavljati heterohromatinski gen sisara, koji kodira navodni RNK-vezujući protein sličan podjedinici kvaščevog kompleksa Luc7p za spajanje U1 snRNP koji je obično potreban za izbor mjesta zapet spojeva.[5]

Mapiranje

uredi

Analizom genomske sekvence, Tufarelli et al. (2001) mapirali su gen LUC7L na centromernu stranu klastera alfa-globina, na hromosomu 16, regija p13.3. LUC7L se transkribuje prema telomerama u suprotnoj orijentaciji od gena alfa-globina. Interspecifičnom hibridnom analizom i analizom genomske sekvence mapirali su mišji Luc7l na hromosomu 17, odvojeno od klastera mišjih alfa-globina, na hromozomu 11.[6]

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 371 aminokiselinu, a molekulska težina 43.728 Da.[7].

1020304050
MSAQAQMRALLDQLMGTARDGDETRQRVKFTDDRVCKSHLLDCCPHDILA
GTRMDLGECTKIHDLALRADYEIASKERDLFFELDAMDHLESFIAECDRR
TELAKKRLAETQEEISAEVSAKAEKVHELNEEIGKLLAKAEQLGAEGNVD
ESQKILMEVEKVRAKKKEAEEEYRNSMPASSFQQQKLRVCEVCSAYLGLH
DNDRRLADHFGGKLHLGFIQIREKLDQLRKTVAEKQEKRNQDRLRRREER
EREERLSRRSGSRTRDRRRSRSRDRRRRRSRSTSRERRKLSRSRSRDRHR
RHRSRSRSHSRGHRRASRDRSAKYKFSRERASREESWESGRSERGPPDWR
LESSNGKMASRRSEEKEAGEI
Simboli

Kloniranje i ekspresija

uredi

Koristeći nekoliko tehnika, Tufarelli et al. (2001) klonirali su LUC7L, koristeći ukupnu RNK iz ćelijske linije eritroleukemije. Identifikovali su nekoliko alternativno prerađenih varijanti. Najduži protein sadrži 371 aminokiselinu i homologan je proteinu Luc7 S. cerevisiae. LUC7L ima N-terminalnu konzerviranu regiju praćenu C3H cinkovim prstom, domenom upredene zavojnice, cinkovim prstom koji veže R2 za C2H2, dva preklapajuća bipartitna signala jedarne lokalizacije i C-terminalni RS/RE (bogat argininom-serinom) i motiv bogat argininom-glutamatom). Northern blot analiza, u svim ispitivanim tkivima otkrila je po dva prevladavajuća transkripta od oko 3,5 i 2,5 kb. Otkriveno je nekoliko dodatnih transkripata od 1,4 do 1,6 kb. Relativne ekspresija prerađenih izoformi varirals je unutar i između tkiva.

Funkcija gena

uredi

Nasljedni ljudski genetički poremećaji obično su uzrokovani mutacijama koje remete kodirajuće sekvence gena ili njegove konzervirane, lokalne cis-djelujuće sekvence, uključujući promotore ili signale za obradu iRNK. Mnogo rjeđe se ekspresija gena reguliše nasljednim delecijama udaljenih regulatornih elemenata koji se mogu nalaziti i do 100 kb uzvodno ili nizvodno od gena kojima oni kontroliraju (Kleinjan i van Heyningen, 1998). Tufarelli et al. (2003) opisali su novi mehanizam ljudske nasljedne bolesti.[8][9] U slučaju alfa-talasemije otkrili su da je jedinstvenom delecijom uklonjeni gen HBA1 i gen HBQ1 i postavljeni u susjedstvo regiji koja je obično približno 18 kb nizvodno od klastera ljudskog alfa-globina strukturno normalnog gena alfa-2-globina odraslih (HBA2). Delecija kod ovog pacijenta sa alfa (–) -talasemijom, označena kao ZF, nije uklonila nijednu pozitivnu cis-djelujuću sekvencu (Barbour et al., 2000), ali je ekspresija strukturno netaknutog gena alfa-globina stabilno utihnula tokom razvoja , a njegovo ostrvo CpG bilo je gusto metilirano i neosjetljivo na endonukleaze, u području od približno 2 kb.[10]

Ove epigenetičke promjene nisu povezane s bilo kakvim promjenama u vremenu replikacije ili nuklearnom kompartmentalizacijom abnormalnog alela. Delecija nije uticala na ostala CpG ostrva povezana sa genima koji prate bok klasteru alfa-globina. Tufarelli et al. (2003) pokazali su da je kod pogođene osobe, u transgenom modelu i u diferencijaciji embrionskih matičnih ćelija, transkripcija antisens RNK posredovana utišavanjem i metilacijom povezanog ostrva CpG. Gen LUC7L transkribira se iz suprotnog lanca u alfa-globinske gene. Transkripti antisens RNK bili su upleteni u utišavanje i metilaciju CpG ostrva povezana s nekim preko majki utisnutim genima i sa Xist (314670), koji je uključen u inaktivaciju X-hromosoma.

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000007392 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000024188 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b "Entrez Gene: LUC7L LUC7-like (S. cerevisiae)".
  6. ^ Tufarelli, C., Frischauf, A.-M., Hardison, R., Flint, J., Higgs, D. R. Characterization of a widely expressed gene (LUC7-LIKE; LUC7L) defining the centromeric boundary of the human alpha-globin domain. Genomics 71: 307-314, 2001. [PubMed: 11170747
  7. ^ "UniProt, Q9NQ29". Pristupljeno 7. 7. 2021.
  8. ^ Kleinjan, D.-J., van Heyningen, V. Position effect in human genetic disease. Hum. Molec. Genet. 7: 1611-1618, 1998. [PubMed: 9735382
  9. ^ Tufarelli, C., Stanley, J. A. S., Garrick, D., Sharpe, J. A., Ayyub, H., Wood, W. G., Higgs, D. R. Transcription of antisense RNA leading to gene silencing and methylation as a novel cause of human genetic disease. Nature Genet. 34: 157-165, 2003. [PubMed]: 12730694
  10. ^ Barbour, V. M., Tufarelli, C., Sharpe, J. A., Smith, Z. E., Ayyub, H., Heinlein, C. A., Sloane-Stanley, J., Indrak, K., Wood, W. G., Higgs, D. R. Alpha-thalassemia resulting from a negative chromosomal position effect. Blood 96: 800-807, 2000. PubMed: 10910890

Dopunska literatura

uredi
  NODES
Project 1