RefSeq
Referentna sekvenca (RefSeq) baza podataka[1] je otvorenog pristupa, označena i kurirana kolekcija javno dostupnih nukleotidnih sekvenci (DNK, RNK) i njihovih proteinskih proizvoda. RefSeq je prvi put predstavljen 2000.[2][3] Ovu bazu podataka napravio je Nacionalni centar za biotehnološke informacije (NCBI) i, za razliku od GenBank, pruža samo jedan zapis za svaku prirodnu biološku molekulu (tj. DNK, RNK ili protein) za glavne organizme u rasponu od virusa i bakterija do eukariota.
| Referentna sekvenca | |
|---|---|
 Logo baze podataka | |
| Skraćenica | RefSeq |
| Nasljednik | Novoosnovana |
| Datum osnivanja | Septebar 2017. |
| Vrsta | Kurirana baza podataka genoma bez redundantnih sekvenci |
| Status | Aktivna |
| Cilj | Baza podataka sekvenci DNK i RNK |
| Glavno sjedište | Nacionalni centar za biotechnološke informacije |
| Članstvo | Globalno |
| Jezik | Engleski |
| Glavni organ | Citiranje: Pruitt KD & al. (2005)[1] |
| Br. volontera | Neograničen |
| Veb-sajt | www |
Za svaki modelni organizam, RefSeq ima za cilj da obezbijedi zasebne i povezane zapise za genomsku DNK, transkripte gena i proteine koji proizlaze iz tih transkripata. RefSeq ograničen je na glavne organizme za koje je dostupno dovoljno podataka (više od 66.000 različitih „imenovanih“ organizama od septembra 2011.),[4] dok GenBank uključuje sekvence za bilo koji podneseni organizam (približno 250.000 različitih imenovanih organizama).
Kategorije RefSeq
uredi| Kategorija | Opis |
|---|---|
| NC | Kompletne genomske molekule |
| NG | Nompletne genomske regije |
| NM | iRNK |
| NR | ncRNK |
| NP | Protein |
| XM | Predviđeni model iRNK |
| XR | Predviđeni model ncRNK |
| XP | Predviđeni model proteina (eukariotske sekvence) |
| WP | Predviđeni model [protein]]a (prokariotske sekvence) |
Za više detalja i više kategorija, pogledajte Table 1 in Chapter 18 of the book The Reference Sequence (RefSeq) Database.
Također pogledajte
urediReference
uredi- ^ a b Pruitt KD, Tatusova T, Maglott DR (January 2005). "NCBI Reference Sequence (RefSeq): a curated non-redundant sequence database of genomes, transcripts and proteins". Nucleic Acids Research. 33 (Database issue): D501-4. doi:10.1093/nar/gki025. PMC 539979. PMID 15608248.
- ^ Maglott DR, Katz KS, Sicotte H, Pruitt KD (January 2000). "NCBI's LocusLink and RefSeq". Nucleic Acids Research. 28 (1): 126–8. doi:10.1093/nar/28.1.126. PMC 102393. PMID 10592200.
- ^ Pruitt KD, Katz KS, Sicotte H, Maglott DR (January 2000). "Introducing RefSeq and LocusLink: curated human genome resources at the NCBI". Trends in Genetics. 16 (1): 44–7. doi:10.1016/s0168-9525(99)01882-x. PMID 10637631.
- ^ RefSeq Release 80 Statistics (Report). National Library of Medicine. 2017. Pristupljeno 13 January 2017.
Izvori
uredi- NCBI-priručnik