DDX24

ATP-ovisna RNK-helikaza DDX24 je enzim koji je kod ljudi kodiran genom DDX24.

DDX24
Identifikatori
Aliasi	DDX24
Vanjski ID-jevi	OMIM: 606181 MGI: 1351337 HomoloGene: 10702 GeneCards: DDX24
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 14 (čovjek) Bend 14q32.12 Početak 94,048,287 bp Kraj 94,081,202 bp
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 12 (miš) Bend 12|12 E Početak 103,374,241 bp Kraj 103,392,089 bp
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • RNA helicase activity • nucleotide binding • hydrolase activity • ATP binding • GO:0008026 helicase activity • nucleic acid binding • vezivanje sa RNK Ćelijska komponenta • membrana • Jedarce • citoplazma Biološki proces • RNA metabolic process • RNA secondary structure unwinding Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	57062	27225
Ensembl	ENSG00000089737	ENSMUSG00000041645
UniProt	Q9GZR7	Q9ESV0
RefSeq (mRNK)	NM_020414	NM_001159502 NM_020494 NM_001364162 NM_001364163
RefSeq (bjelančevina)	NP_065147	NP_001152974 NP_065240 NP_001351091 NP_001351092
Lokacija (UCSC)	Chr 14: 94.05 – 94.08 Mb	Chr 12: 103.37 – 103.39 Mb
PubMed pretraga
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

DEAD-boksni proteini, poput DDX24, pretpostavljene su RNK-helikaze, koje posreduju odmotavanju dvolančane RNK ovisno o nukleozid-trifosfatu. U svojoj osnovnoj regiji, proteini DEAD-boksa sadrže devet konzerviranih motiva, od kojih jedan, asp–glu–ala–asp (DEAD), daje ime porodici.

Zhao et al. (2000) utvrdili su da se gen DDX24 proteže na 30 kb i da sadrži najmanje devet egzona. Radijacijskom hibridnom analizom, mapirali su gen DDX24 na poziciji 14q32.

Uključeni su u brojne molekulske procese ćelija koji uključuju izmjenu sekundarne strukture RNK, kao što je translacija inicijacija, jedarna i mitohondrijska prerada RNK i sklapanje ribosoma i splajsosoma. Na osnovu njihovih obrazaca raspodjele, vjeruje se da su neki članovi ove porodice uključeni u embriogenezu, spermatogenezu, rast i diobu ćelija. Ovaj gen kodira protein DEAD-boksa, koji pokazuje malu sličnost sa bilo kojim njegovim drugim poznatim ljudskim proteinima, ali pokazuje veliku sličnost s mišjim Ddx24 na nivou aminokiselina.

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 859 aminokiselina, a molekulska težina 96.332 Da..

10		20		30		40		50
MKLKDTKSRP		KQSSCGKFQT		KGIKVVGKWK		EVKIDPNMFA		DGQMDDLVCF
EELTDYQLVS		PAKNPSSLFS		KEAPKRKAQA		VSEEEEEEEG		KSSSPKKKIK
LKKSKNVATE		GTSTQKEFEV		KDPELEAQGD		DMVCDDPEAG		EMTSENLVQT
APKKKKNKGK		KGLEPSQSTA		AKVPKKAKTW		IPEVHDQKAD		VSAWKDLFVP
RPVLRALSFL		GFSAPTPIQA		LTLAPAIRDK		LDILGAAETG		SGKTLAFAIP
MIHAVLQWQK		RNAAPPPSNT		EAPPGETRTE		AGAETRSPGK		AEAESDALPD
DTVIESEALP		SDIAAEARAK		TGGTVSDQAL		LFGDDDAGEG		PSSLIREKPV
PKQNENEEEN		LDKEQTGNLK		QELDDKSATC		KAYPKRPLLG		LVLTPTRELA
VQVKQHIDAV		ARFTGIKTAI		LVGGMSTQKQ		QRMLNRRPEI		VVATPGRLWE
LIKEKHYHLR		NLRQLRCLVV		DEADRMVEKG		HFAELSQLLE		MLNDSQYNPK
RQTLVFSATL		TLVHQAPARI		LHKKHTKKMD		KTAKLDLLMQ		KIGMRGKPKV
IDLTRNEATV		ETLTETKIHC		ETDEKDFYLY		YFLMQYPGRS		LVFANSISCI
KRLSGLLKVL		DIMPLTLHAC		MHQKQRLRNL		EQFARLEDCV		LLATDVAARG
LDIPKVQHVI		HYQVPRTSEI		YVHRSGRTAR		ATNEGLSLML		IGPEDVINFK
KIYKTLKKDE		DIPLFPVQTK		YMDVVKERIR		LARQIEKSEY		RNFQACLHNS
WIEQAAAALE		IELEEDMYKG		GKADQQEERR		RQKQMKVLKK		ELRHLLSQPL
FTESQKTKYP		TQSGKPPLLV		SAPSKSESAL		SCLSKQKKKK		TKKPKEPQPE
QPQPSTSAN

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Kloniranje i ekspresija

Pregledom EST baze podataka za sekvence s uzorkom DEAD-boksne helikaze, nakon čega slijedi PCR na bibliotekama cDNK sjemenika i leukemije, gorepomenuti Zhao et al. (2000) dobili su cDNK koje kodiraju DDX24 čovjeka i miša. Izvedeni ljudskii protein s 859 aminokiselina je 79% identičan mišjem proteinu, ali samo 40% identičan ostalim ljudskim članovima porodice u jezgri regije. DDX24 sadrži sve sačuvane DDX motive, uključujući one za aktivnosti helikaza, ATPaza i RNK-interakcija, ali ima razmak od 150 aminokiselina između motiva I i Ia, umjesto uobičajenog od 24 do 42 aminokiselina. Northern blot analiza otkrila je sveprisutnu ekspresiju transkripta od 3,0 kb, s najvišim nivoima u srcu i mozgu i jedva uočljivim nivoima u timusu i tankom crijevu.

Dopunska literatura

• Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "DNA cloning using in vitro site-specific recombination". Genome Res. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.
• Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). "Toward a catalog of human genes and proteins: sequencing and analysis of 500 novel complete protein coding human cDNAs". Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
• Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, et al. (2001). "Systematic subcellular localization of novel proteins identified by large-scale cDNA sequencing". EMBO Rep. 1 (3): 287–92. doi:10.1093/embo-reports/kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
• Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
• Namciu SJ, Friedman RD, Marsden MD, et al. (2004). "Sequence organization and matrix attachment regions of the human serine protease inhibitor gene cluster at 14q32.1". Mamm. Genome. 15 (3): 162–78. doi:10.1007/s00335-003-2311-y. PMID 15014966.
• Beausoleil SA, Jedrychowski M, Schwartz D, et al. (2004). "Large-scale characterization of HeLa cell nuclear phosphoproteins". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (33): 12130–5. doi:10.1073/pnas.0404720101. PMC 514446. PMID 15302935.
• Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
• Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). "From ORFeome to biology: a functional genomics pipeline". Genome Res. 14 (10B): 2136–44. doi:10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
• Andersen JS, Lam YW, Leung AK, et al. (2005). "Nucleolar proteome dynamics". Nature. 433 (7021): 77–83. doi:10.1038/nature03207. PMID 15635413.
• Jung SY, Malovannaya A, Wei J, et al. (2005). "Proteomic analysis of steady-state nuclear hormone receptor coactivator complexes". Mol. Endocrinol. 19 (10): 2451–65. doi:10.1210/me.2004-0476. PMID 16051665.
• Stelzl U, Worm U, Lalowski M, et al. (2005). "A human protein-protein interaction network: a resource for annotating the proteome". Cell. 122 (6): 957–68. doi:10.1016/j.cell.2005.08.029. PMID 16169070.
• Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). "The LIFEdb database in 2006". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D415–8. doi:10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.
• Beausoleil SA, Villén J, Gerber SA, et al. (2006). "A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization". Nat. Biotechnol. 24 (10): 1285–92. doi:10.1038/nbt1240. PMID 16964243.
• Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, et al. (2006). "Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks". Cell. 127 (3): 635–48. doi:10.1016/j.cell.2006.09.026. PMID 17081983.
• Ewing RM, Chu P, Elisma F, et al. (2007). "Large-scale mapping of human protein-protein interactions by mass spectrometry". Mol. Syst. Biol. 3 (1): 89. doi:10.1038/msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.