Sfingolipdna 2 delta(4)-dezaturaza je protein koji je kod ljudi kodiran genom DEGS2.[5]

DEGS2
Identifikatori
AliasiDEGS2
Vanjski ID-jeviOMIM: 610862 MGI: 1917309 HomoloGene: 23617 GeneCards: DEGS2
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 14 (čovjek)
Hrom.Hromosom 14 (čovjek)[1]
Hromosom 14 (čovjek)
Genomska lokacija za DEGS2
Genomska lokacija za DEGS2
Bend14q32.2Početak100,143,957 bp[1]
Kraj100,159,645 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 12 (miš)
Hrom.Hromosom 12 (miš)[2]
Hromosom 12 (miš)
Genomska lokacija za DEGS2
Genomska lokacija za DEGS2
Bend12|12 F1Početak108,644,970 bp[2]
Kraj108,668,570 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija oxidoreductase activity
sphingosine hydroxylase activity
sphingolipid delta-4 desaturase activity
Ćelijska komponenta integral component of membrane
endoplasmic reticulum membrane
Endoplazmatski retikulum
membrana
Biološki proces sphingolipid biosynthetic process
sphinganine metabolic process
lipid metabolism
ceramide biosynthetic process
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_206918

NM_001171002
NM_027299

RefSeq (bjelančevina)

NP_996801

NP_001164473
NP_081575

Lokacija (UCSC)Chr 14: 100.14 – 100.16 MbChr 12: 108.64 – 108.67 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Gross (2014) je gen DEGS2 mapirao na hromosomskoj poziciji 14q32.2, na osnovu poravnavanja sekvence DEGS2 (GenBank BC063598) sa genomomskom sekvencom (GRCh37).[6]

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 323 aminokiselina, a molekulska težina 37.197 Da.[7].

1020304050
MGNSASRSDFEWVYTDQPHTQRRKEILAKYPAIKALMRPDPRLKWAVLVL
VLVQMLACWLVRGLAWRWLLFWAYAFGGCVNHSLTLAIHDISHNAAFGTG
RAARNRWLAVFANLPVGVPYAASFKKYHVDHHRYLGGDGLDVDVPTRLEG
WFFCTPARKLLWLVLQPFFYSLRPLCVHPKAVTRMEVLNTLVQLAADLAI
FALWGLKPVVYLLASSFLGLGLHPISGHFVAEHYMFLKGHETYSYYGPLN
WITFNVGYHVEHHDFPSIPGYNLPLVRKIAPEYYDHLPQHHSWVKVLWDF
VFEDSLGPYARVKRVYRLAKDGL
Simboli

Funkcija

uredi

Ovaj gen kodira bifunkcionalni enzim koji je uključen u biosintezu sfingolipida u ljudskoj koži i u drugim tkivima koja sadrže fitosfingolipide. Ovaj enzim može djelovati kao sfingolipidna delta (4)-desaturaza, a također i kao sfingolipid C-hidroksilaza.

Kloniranje i ekspresija

uredi

Analizom baze podataka, nakon čega slijedi RT-PCR ljudske epidermne keratinocitne RNK, Mizutani et al. (2004) klonirani DEGS2. Izvedeni protein od 323 aminokiseline ima predviđenu molekulsku masu od 37,2 kD i dijeli 86,4% identiteta i 91,9% sličnosti sa mišjim Des2. DEGS2 pripada superporodici desaturaza/hidroksilaza, koju karakteriziraju tri konzervirane kutije histidina. U usporedbi s DEGS1, DEGS2 ima četvrtu histidinsku kutiju i varijaciju u ostatku druge aminokiseline u tri konzervirane histidinske kutije. Koristeći testove in vitro u ćelijama HEK293, DEGS2 je pokazao aktivnost dihidroceramid-hidroksilaze. Northern blot analizom ljudskih tkiva odraslih otkriven je transkript od 1,8 kb s najvećom ekspresijom u koži, umjerenom u bubrezima, debelom i tankom crijevu, slabom ekspresijom u mozgu i plućima, a bez ekspresije u srcu, jetri, slezeni skeletnim mišićima, timusu ili posteljici. Koristeći RT-PCR analizu, otkrili su da je ekspresija DEGS2 iRNK regulirana tokom in vitro diferencijacije keratinocita i da transkripcija DEGS2 nije otkrivena 0-tog ili 3. dana nakon diferencijacije, ali je pronađena 6. dana i povećana do 9. dana.[8]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000168350 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000021263 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "Entrez Gene: Delta(4)-desaturase, sphingolipid 2".
  6. ^ Gross, M. B. Personal Communication. Baltimore, Md. 6/9/2014.
  7. ^ "UniProt, Q6QHC5". Pristupljeno 23. 7. 2021.
  8. ^ Mizutani, Y., Kihara, A., Igarashi, Y. Identification of the human sphingolipid C4-hydroxylase, hDES2, and its up-regulation during keratinocyte differentiation. FEBS Lett. 563: 93-97, 2004. PubMed: 15063729

Dopunska literatura

uredi
  NODES