Diskussion:Aminoacyl-tRNA-Synthetase

Habe ich das richtig aus meiner Literatur verstanden?: Die t-RNA´s unterscheiden sich durch mehr als nur ihre Anticodonschleife. Die Aminoacyl-tRNA-Synthetase erkennt "ihre" t-RNA nicht (!) anhand seines Anticodons, sondern an seiner "Gesamtstruktur" (Graw: Genetik, 2006 weist auf den mittig gelegenen "Scharnierbereich" hin.) Darum kann EINE Synthetase auch zahlreiche VERSCHIEDENE t-RNAs mit seiner AS beladen. Diese t-RNAs sind haben zwar verschiedene Anticodonschleifen, besitzen aber eine identische Struktur im für die Synthetase wichigen Scharnierbereich. Man könnte auch sagen, es gibt 20 Gruppen von t-RNAs mit gleicher Struktur, nur unterschiedlicher Codonschleife. Für die 20 Gruppen gibt es jeweils eine Synthetase, welche ihre Aminosäure zur "Beladung" verwendet.

Es ist dann unsinnig bis falsch, von einem Anticodon auf der Synthetase zu sprechen, wie im Artikel geschehen. Die Synthetase schaut gar nicht auf die Anticodonschleife, die wird gar nicht zur Erkennung genutzt!

Ausserdem: Soweit ich weiss, wird als Codon nur das Triplett der mRNA bezeichnet, Anticodon ist dann das der t-RNA. Das Begriffspaar Codon-Anticodon kann nicht relativ genutzt werden. Auch bei der Transkription spricht man ja nicht von Anticodon auf der RNA, man benutzt hier "Komplementariät" --Hig 20:06, 28. Jan. 2007 (CET)

so, habe es mal ein bisschen richtiger formuliert :-)

Die Synthetase erkennt teilweise das Anticodon der tRNA, nachzulesen z.B. im Stryer, Biochemie, 6. Aufl. S.963ff. Außerdem habe ich den Satz mit dem Elongationsfaktor gelöscht, ich weiß nicht, was der da sollte. Milebrega 23:28, 26. Mär. 2008 (CET)

Überarbeiten

Aus o.g. und folgenden Gründen wurde der überarbeiten-Baustein gesetzt: vollst. omat. Eingangsabsatz, erg. Infobox, EN. -- Ayacop 13:21, 25. Jun. 2009 (CEST)

Und erledigt. --Ayacop 19:14, 10. Apr. 2010 (CEST)

Keinen rechten Sinn

sehe ich in diesem Satz: „Auch gibt es nicht für jede der möglichen 64 Codon-Kombinationen eine spezifische Aminoacyl-tRNA-Synthetase, sondern nur eine für jede proteinogene Aminosäure (siehe degenerierter genetischer Code)“. Da die Synthetase das Codon gar nicht zu sehen kriegt, ist der erste Teil selbstverständlich. Es kann nur darum gehen, ob unterschiedliche tRNA, die die gleiche Aminosäure übertragen, jeweils eine eigene Aminoacyl-tRNA-Synthetase besitzen. Der zweite Teil des Satzes verneint das. Wenn das so richtig ist, sollte es etwas erläutert werden. Verschiedene tRNAs unterscheiden sich nicht nur im Anticodon. Darum ist die Synthetase nicht darauf angewiesen, dieses zu untersuchen. Offenbar sind die entscheidenden Partien aber für die jeweilige Aminosäure spezifisch, so dass nur eine Synthetase gebraucht wird. -- Binse (Diskussion) 13:41, 11. Mai 2012 (CEST)

Reaktionsgleichung

Danke Ayacop. Finde ich viel klarer so. Da ist noch eine Kleinigkeit: Das Minuszeichen rechts in der Reaktionsgleichung sollte ein kleiner Verbindungsstrich sein. Außerdem weiß ich nicht, was PP_i ist. Könnte das erklärt werden?-- Binse (Diskussion) 12:17, 3. Okt. 2012 (CEST)

PP_i steht für Pyrophosphat. Den Strich kann ich leider auch nicht verkürzen.--Mabschaaf 12:54, 3. Okt. 2012 (CEST)

Verlängern vielleicht? Man könnte über eine Anpassung der Länge in den Formelrichtlinien der Redaktion diskutieren. --Ayacop (Diskussion) 15:55, 3. Okt. 2012 (CEST)

Ich glaube nicht, dass da eine große Diskussion nötig ist. Die Problematik ist wohl eher in der math-typischen Darstellung zu suchen, die nicht (oder nur ich kann es nicht) ermöglicht, unterschiedliche Striche wie –,−,— anzuzeigen und/oder die Leerräume davor und dahinter zu verkleinern (was hier auch helfen würde).--Mabschaaf 17:00, 3. Okt. 2012 (CEST)

Verschiedene mdashes gehen doch (s. Artikel und vorige Version), nur negativer Raum wie in LaTeX ist nicht möglich. --Ayacop (Diskussion) 18:46, 3. Okt. 2012 (CEST)

Ah, ok. Also für mich ist das so in Ordnung, vielleicht möchte ja Binse noch was anmerken.--Mabschaaf 19:06, 3. Okt. 2012 (CEST)

Ja, was soll ich zu diesem Konsilium beitragen? Es sah für mich wie ein hier sinnloses Minus aus und ich musste erst nachdenken, was gemeint sein könnte. Wie würde es also auf den Leser wirken? Mit der Sprache, die diese Formeln beschreibt, kenne ich mich gar nicht aus. Aber so, den verlängerten Strich kann man wenigstens nicht für ein Minuszeichen halten. Das ist doch schon besser. Ansonsten bliebe nur, etwas mit TeX zu basteln und dann hier vielleicht als .jpg oder .pdf einzubinden. Etwas viel Aufwand! -- Da ich vielleicht nicht der einzige bin, der PP_i nicht versteht: Könnt Ihr das im Artikel auch anschreiben? Oder ist es doch Allgemeinwissen? Dazu noch die (Laien-)Frage: Wie kommt Pyrophosphat zu der Abkürzung PP_i ? Ein bisschen Chemie kann ich doch auch.-- Binse (Diskussion) 00:55, 4. Okt. 2012 (CEST)

Das ist typisch biochemische Schreibweise. Einfach mal in eine Enzymdatenbank wie BRENDA schauen und die Rgl. betrachten. Nicht ganz intuitiv sind auch CoA-SH für Coenzym A oder GSH für Glutathion (wg. Thiol) folgend GSSG für red. Glutathion. --Ayacop (Diskussion) 07:48, 4. Okt. 2012 (CEST)

Und es geht doch mit einem etwas eingeschränkten TeX, siehe Hilfe:TeX. Wie wärs denn damit:

$\mathrm {tRNA\,+\,{\mbox{Aminosäure}}\,+\,ATP\;\longrightarrow tRNA\;\!\!{\mbox{-}}\;\!\!{\mbox{Aminosäure}}\,+\,AMP\,+\,{\mbox{Pyrophosphat}}}$

-- Binse (Diskussion) 02:46, 11. Okt. 2012 (CEST)

Sehr schön. Nicht fragen, einfügen. --Ayacop (Diskussion) 08:44, 11. Okt. 2012 (CEST)

Die fehlenden AARS

Hallo Ayacop! Hier frage ich doch mal lieber erst: Mich stört, dass die Ausnahme-Organismen ‚noch einen zweiten Weg‘ haben sollen. Wie ich die zitierte Literatur lese, haben auch die nur einen, nämlich einen raffinierten Umweg (eine ähnliche AS' wird von ihrer AARS^AS' auf die tRNA^AS gesetzt und dann in die gewünschte AS umgewandelt). Vorschlag:

• Jedoch können in Archaeen, Cyanobakterien, aber auch Mitochondrien und Plastiden für ein oder zwei Aminosäuren zugehörige AARS fehlen. Mit diesen Aminosäuren passend beladene tRNAs werden dort auf Umwegen hergestellt.-- Binse (Diskussion) 18:19, 11. Okt. 2012 (CEST)