Arutelu:Mikro-RNA

Siin on siis minupoolne retsentsioon Vikipeedia artiklile miRNA. Olen sisuga väga rahul,see on väga mahukas, teema on hästi mitmekülgselt kaetud. Küll aga viimastele lõikudele võiks ka viiteid lisada. Vikipeedia siselinke võiks veidi rohkem olla, artiklis on väga palju märksõnu, mida võiks edasi viidata ja millel on ka Vikipeedia artikkel juba olemas. Samas tekstisiseselt leidub välislinke võõrkeelsetele lehekülgedele. Siinkohal ma soovitan need kirjutada eraldi ettenähtud pealkirja alla "Välised lingid" nagu sul juba olemas on ja tekstist eemaldada(olgugi ,et need esinesid ka inglise keeleses artiklis). Järgmisena ma loetlen õigekeelusvead. Ära väga ehmu, asi ei olnud nii hull kui paistab. Ma lihtsalt võtsin asja väga põhjalikult lähtudes oma õigekeelsustunnetusest. Üritasin anda ka minupoolseid "õigeid" variante või vihjeid nende suunas liikumiseks. Osa töö kvaliteedist langeb ka minu õlale, seega ma üritasin vältida altvedaja rolli. Ja kuna ma pole mingi keeleekspert, siis ma luban ignoreerida neid ettepanekuid, mille puhul sa oled täiesti kindel, et sinu kirjutatu on ka täiesti kõlbulik, ehk sellised stiilitunnetuslikud eriarusaamad. Küll aga peaksid ära parandama kõik trüki-, tõlke- ja punktuatsioonivead. Lõppkokkuvõttes jääb töö väljanägemine, siiski sinu otsustada.

Õigekeelsuse alased parandamisettepanekud (vead on antud alapealkirjade kaupa, vastavas järjekorras nagu nad töös esinesid):

Sissejuhatav osa –

• esimeses lauses „(RNA)“ ja sõna „mis“ vahel peaks koma olema.
• „messenger RNA“-s messenger võiks olla kaldkirjas ning järgnev „mRNA“ võiks olla sulgudes.
• „Märklaud mRNA“ on olemuselt üks liitsõna, kas ühendada need sidekriipsuga või kirjutada „märklauaks olev mRNA“. Ja nii ka edaspidi teistes lõikudes.
• Parandada sõna „märkaluaks“.
• „on on“ üks on üleliia.
• Parandada sõna „mittsobiva“.
• Lause „Teisest küljest, loomades miRNA komplementaarsus märklauale hõlmab miRNA 5` otsa 2-7 aluspaari, mikroRNA alusjärjestust (inglise k. seed region).“ vajab ümberkirjutamist.
• „eri“ asemel peaks olema erinevate. (eri = special, erinev = different)
• Lause osas „kuid sagedamini paiknevad kodeerivas alas“ võiks asesõna „need“ või „nad“ sees olla .
• Võiks paremini sõnastada „ning arvatakse olevat elutähtis“.
• „enamustes“ peaks olemas „enamikes“.

Ajalugu –

• parandada „Rosalind Lee ja[Rhonda Feinbaumi“
• Sõnasta lause paremini, muutes selle liitlauseks. „MikroRNAd avastati 1993.aastal Victor Ambrose, Rosalind Lee ja[Rhonda Feinbaumi poolt uurimuse käigus geen lin-14 rollist varbussi (Caenorhabditis elegans) arengus“ . Näiteks Victor Ambrose, Rosalind Lee ja Rhonda Feinbaum avastasid 1993. aastal mikroRNAd uuringu käigus, milles nad uurisid geeni lin-14 rolli varbussi (Caenorhabditis elegans) arengus.
• Levinum või laiahaardelisem fenomen kõlab paremini kui „laiem fenomen“, kuigi muutust ei nõua.
• Eemalda inglisekeelne lausejupp lõigu lõpust. „indicating the existence of a wider phenomenon“

Biogenees-

• Lauses „Kuni 40% miRNA geenidest võivad paikneda valke kodeerivate ja mittekodeerivate geenide intronites või isegi mittekodeerivate pikkade trasnskriptide eksonites.“ Võiks kirjutada „valke mittekodeeriv“ igakord, et vältida valesti arusaamisest, et mõni geen võib olla täiesti mittekodeeriv(ehk mitte mingit tulemit sellest ei saa). Ning parandada ka „trasnskriptide“.
• „42-48% kõikidest miRNAdest mis pärinevad polütsistroonsetest“ koma „mis“ eest puudu.
• „diskreetseid (eraldiseisvaid) linge millest küpsed miRNAd protsessitakse,“ „millest“ ees koma puudu ja lause peaks lõppema punktiga.
• Kahte viimast lauset võiks parandada, millest esimesel esineb kaks koolonit ühes lauses ja üks koma puudu ja teisel võiks sõnastus parem olla. Näiteks „See suurendab miRNA tegevuse mitmekesisust ja haaret rohkem kui genoomis määratud on. „.

Transkriptsioon-

• „cap“ võiks olla kaldkirjas.
• „ mitmekordsete adenosiinidega“, tekib küsimus, mis on mitmekordne adenosiin. Kasutada kas „mitme adenosiiniga“ või „rea adenosiinidega“.
• „Stem loop“ võiks olla kaldkirjas.
• „See struktuur moodustab pöördel osa mitmesaja nukleotiidi“ mitte „pöördel“ ,vaid „omakorda“ (stem-loop on osa pri-miRNA-st).
• "upstream (ülesvoolu) Alu järjestused“ upstream kaldkirjas ja võiks kirjelda sulgused paari sõnaga, mis on Alu järjestus või lisada suunav link.
• Mitte „promooter ühikuid“, vaid „promooteri üksusi“.

Tuumasisene protsessimine –

• parandada „ ajalikud järjestused“.
• „seotusega“ võiks lihtsalt olla „seoses“.
• „DGCR8 seostub ensüüm Droshaga, valguga, mis lõikab RNAd.“ Kuna ensüüm ongi valk, siis võiks sõna „valguga“ sealt eemaldada.
• Parandada „mooduatavad“.
• „juuksenõela põhjast (kaks helikaalse RNA pööret tüvesse)“ juuksenõela põhjast kõlab imelikult, sulgused olev osa vajab ümbersõnastamist või see hoopis kirjutamata jätta.
• „mööduvad ringiga“ asemel võiks olla „hoiduvad“ vms.
• „mirton“ peaks olema „mirtron“.
• „46“ viitenumbrite vahel on üleliia.
• „downstream“ võiks olla kaldkirjas.
• „märklaud spetsiifilisust“ võiks olla „märklaua spetsiifilisust“ või „spetsiifilisust märklaua suhtes“.

Eksport tuumast –

• „RNaasi III ensüüm Drosha“, kuna sul on „Rnaasi“ omastavas käändes, jääb mulje, et ensüüm Dorsha on Rnaas III oma, kuid iva peitub selles, et Dorsha omab RNaasset aktiivsust (Rnaas III-set aktiivsust), sisuliselt tuleks see parandada või RNaas III jätta kirjutamata(eelnevalt sai sul see juba Dorsha puhul kirjeldatud) VÕI võtta ära lihtsalt sõna ensüüm.

Tsütoplasmaatiline protsessimine –

• „miRNA:miRNA* dupleksi“ ma saan aru, mida siin mõeldud on, kuid õigekeelsuse koha pealt on see ebakorrektne, võiks olla „bi-miRNA dupleksi“, samas kui hiljem artiklis selgub sellise kirjutamisviisi tähendus, ei sunni ma seda muutma.
• „Kuigi potentsiaalselt võivad funktsionaalse miRNAna tegutseda mõlemad dupleksi ahelad, kaasatakse RNA-indutseeritud vaigistamise kompleksi (RISC- RNA-induced silencing complex), kus toimub miRNA ja tema märklaud mRNA interakteerumine, harilikult ainult üks.“ Lause on pisut pikaks läinud, põhilause lõpp „harilikult ainult üks“ läheb seetõttu kaduma, võiks veidi paremaks muuta. Ja „märklaud mRNA“ peaks olema liitsõna, kas sidekriipsuga või hoopis „ märklauaks olev mRNA“.

Biogenees taimedes-

• taaskord „eri“ asemele „erineva“.

RISC kompleks-

• lause „RISCile koos seostunud miRNAga viidatakse mõnikord ka kui 'miRISC'le.“ Võiks olla paremini sõnastatud, näiteks „ miRNAga seostunud RISC-i nimetatakse mõnikord ka miRISC-iks.“.
• „nõrgema aluspaardumisega võrreldes“ võiks olla „nõrgema aluspaardumise poolest võrreldes“(valitud millegi poolest).
• Parandada „translasiooniline“.

miRNAde ringlus- tekkis küsimus, et milles seisneb see ringlus? Võib-olla peaksid pealkirja muutma vastavalt sisule. Näiteks miRNAde stabiliseerimine.

• Nagu ma näen, oled sa tõlkinud „guide strand“ kui „juhtiv ahel“. Ma algul ise ka mõtlesin, et võiks samuti niiviisi tõlkida(RISC kompleks on ka minu teemas oluline osa), kuid otsustasin siiski lihtsalt kaldkirjas „guide“ ahela kasuks. Seda seetõttu, et vältida segadust,sest juhtiv ahel DNA replikatsioonis on juba olemas ning see erineb olemuselt ja funktsioonilt täiesti miRNA ahelast, mida kasutakse RISC kompleksis.
• „Passanger“ kaldkirja panna.
• „või üldse mitte märklaudu.“ Võiks olla „või polegi märklaudu“ või „märklauad puuduvad üldse“.
• „maksa-rikastatud miRNA“ (kui ka inglise keelne liver-enriched) jäi sisu poolest minujaoks pisut kahtlaseks, kas see tähendab, et see miRNA on maksas kõrgelt lokaliseeritud?
• „Adeniini jäägiga“ peaks olema üks sõna

Rakulised funktsioonid-

• „Selleks eesmärgiks on miRNAd komplementaarsed osaga ühest või mitmest informatsiooni-RNAst“ Liialt sõna-sõnalt tõlgitud lause, muuda paremaks.
• „primaarne töörežiim.“ Võiks olla pigem“ esmane talitusviis“ vms.
• Ma ei ole kindel, kui õige on moodustada fraasi „osaliselt aluspaarduvad“(iseenesest on see mõistetav väljend), isiklikult eelistaksin „ainult osad alused paarduvad“ ja sätiksin lause sellega sobivaks või kirjutaks lihtsalt „osaliselt paarduvad“.
• „mikroRNAd mis on märklaua“ „mikroRNA“ taha läheb koma.
• „mRNA 'seed järjestuses'“ „seed“ kaldkirja.
• „inglise k. saRNAs“ ei ole ju „small RNA-induced gene activation“.
• Lõigu lõpus on inglise keelne lauselõpp „but has also been demonstrated for endogenous microRNA.“.
• Viimane kahest lausest koosnev lõik(„Rakuliste funktsioonide“ osas) kirjuta palun ümber, liiga sõna-sõnalt tõlgitud. Lauseehitus vajab eestikeelsemaks muutmist. Ja tõlge „tagasi kanal“ võiks ka parem olla(sisult on see rohkem kui tugikanal või taustkanal, mitte kui „tagasi liikuv“, back kui backbone või background)

Evolutsioon-

• Parandada „evoltsioneerumisastme“.
• Parandada „võmaldanud“.
• Kui kirjutad „juuksenõel struktuuride“, siis see peaks olema üks sõna. Sidekriips vahele.
• „hiljuti tekkinud miRNAdes“ võiks täpsustada mingil moel, et need on evolutsiooniliselt hiljuti tekkinud, vältimaks arusaamist, et need on lihtsalt värskelt sünteesitud.
• „Siiski avalduvad vanemad miRNAd“ on valesti tõlgitud, asjaolu ei seisne miRNAde avaldumises ,vaid nende järjestuste muutusastmes.
• „ülisuure puhastava valiku“ võiks ka paremini sõnastada, siin pole valik ülisuur, vaid see on äärmuslik, see on väga range.
• „miRNAd, ning seega ilmselt mittefunktsionaalsed“ ma kasutaks „ning“ asemel „mis on“.
• Parandada „vaadataksse“.
• „probleemidele, näiteks“ tavaliselt pannakse „näiteks“ ja „nagu“ ette koma siis kui sellele järgneb loetelu.

miRNAde eksperimentaalne avastamine ja manipulatisoon

• Tõlke viga kahes esimeses lauses. Ma kirjutaks esimese lause niimoodi: „miRNA ekspressioone saab loendada kaheetapilises polümeraasi ahela reaktsiooni protsessis, mis koosneb modifitseeritud RT-PCR-st (inglise k. real-time polymerase chain reaction) ja sellele järgnevast kvantitatiivsest RT-PCR-st.“
• „(RT-PCR; inglise k“ punkt jäi puudu“ k“ järel sul.
• Teine lause võiks olla „Selle meetodi variatsioonid annavad absoluutse või suhtelise arvu.“
• Kirjeldada, mis on „oligo“ või kasutada õiget eestikeelset vastet.
• „2`-O-metüül RNA“ peaks olema üks sõna, sidekriips vahele.
• „antagomiR“ miks on viimane täht suurelt kirjutatud?

miRNAd ja haigused

• „Manuaalselt hallatud avaliku andmebaasi miR2Disease dokumendid“ võiks olla aga „ Käsitsi läbitöödeldavas avalikus andmebaasis miR2Disease dokumenteeritakse“(kuid ei pea muutma lause algust)

miRNAd ja vähk

• „ Katse hiirtega, keda oli muudetud tootma ülehulgas c-Myc-d, muteerunud vormidega valk, mis oli seotud mitmete vähitüüpidega, näitab, et miRNAdel on roll vähi arengus.“ Võiks kirjutada vähemalt kahe lausena.
• „üleliiga“ kirjutada lihtsalt „liiga“
• Parandada „Ühes teised uurimuses näidati“.
• „tekkida valgu, mis lülitavad“ peaks olema „valgud“.
• „alguse saanud ning määrata ravi“ „ning“ ees peaks olema koma, sest lõppeb kõrvallause.
• „vähi aeglase arenguga või agressiivne vorm.“ Võiks selgemalt sõnastada, näiteks „vähi aeglane või agressiivne vorm“.

miRNAd ja südamehaigused

• Esimene lause paremini kirjutada, sisu pole arusaadav.
• Võiks kirjeldada paari sõnaga (kasvõi sulgudes) südame juhtivust.

miRNAd ja närvisüteem

• Viimase lauses võiks sõnadejärjekorda muuta või teha see kaheosaliseks, „leidnud muutunud“ ei kõla kuigi hästi koosolles.

miRNAd ja mittekodeerivad RNAd

• Viimase lause võiks teha kaheks lauseks.

2. pildi kirjeldus

• Parandada „argounatuvalgu“.

Kui tekkis küsimusi,siis küsi julgesti siin samas kommenteerides. Tean, et sa, Mydrik, oled määratud minu artikkli retsenseerijaks, ootan sult samapõhjalikku retsentsiooni :D

--Olavi113 10. november 2011, kell 20:59 (EET)

Aitäh põhjaliku retsensiooni eest! Püüan vead parandada nii ruttu kui võimalik. Just ajahätta jäämine on põhjuseks ka viimaste lõikude viidete ja linkide puudumisele. Mydrik 11. november 2011, kell 01:22 (EET)

---

• märklaud-mRNA
• Taimedes on miRNAde komplementaarsus oma märklaud-mRNAle täiuslik
• Loomades (Metazoa) hõlmab miRNA komplementaarsus
• arvude vahel kasuta "kuni" tähenduses mõttekriipsu
• kolm primm Ei kirjutata ju nii? Ikka 3'?
• Siiski ei tunnistatud miRNAsid
• väldi konstruktsiooni "midagi tehti/oli tehtud kellegi poolt"
• 2000. aastal
• standardse
• võõrkeelsed sõnad nt sense ja antisense kaldkirja
• Lauses "Teised miRNAde geenid..." koma puudu ja lause lõpus koma üle.
• Lauses "See suurendab miRNAde..." koma puudu

See on nii pikk ja keeruline artikkel, et ma ei jaksa seda praegu edasi lugeda. Adeliine 25. november 2011, kell 07:11 (EET)

• Esimeses lauses koma puudu
• kas messenger RNA (kogu komplekt kaldkirjas) või informatsiooni-RNA
• teises lõigus näpuviga
• jälgida, kus peab olema mRNA, kus miRNA
• 'Loomades (Metazoa) hõlmab
• märklaud-mRNA
• 1990. aastatel
• 1993. aastal
• väldi konstruktsiooni "midagi tehti/oli tehtud kellegi poolt", kasuta "keegi tegi midagi" või "midagi tegi keegi"
• Tagasivaatavalt, lin-14 väike RNA oli jäta "tagasivaatavalt" üldse ära, misasi on "lin-14 väike RNA"?
• 2000. aastal
• võõrkeelsed sõnad kaldkirja
• Lause "Kui suhtelised ekspressioonitasemed..." on täiesti arusaamatu. Järgmises lauses koma liigne.
• Lauses "See suurendab miRNAde..." koma puudu
• jne

Palun võta mõni sõber appi, et sellest artiklist oleks üldse võimalik aru saada. Adeliine 2. detsember 2011, kell 15:36 (EET)

Jälgida, kus on kasutatud termineid miRNA või mRNA? On need kuskil segamini läinud? Ma ei mõista, mis mõttes pole võimalik artiklist praegu aru saada. Sisuliselt või keeleliselt? Mydrik 5. detsember 2011, kell 20:46 (EET)

No mina olen selles teemas väga võhik, pool mittearusaamist läheb selle arvele. Aga siiski. Vähemalt artikli algusosast peaks iga keskharidusega inimene aru saama.

Näiteks üsna alguses laused Inimese genoom võib kodeerida üle 1000 mRNA ning nende märklauaks võib olla kuni 60% imetajate geenidest. mRNAsid leidub inimesel rohkelt väga erinevates koetüüpides. mRNAd erinevad oma omadustelt taimedes ja loomades. Mulle tundub kummaline, et artikli teemaks on miRNA, aga alguses räägitakse nii pikalt mRNA-st. Adeliine 5. detsember 2011, kell 20:59 (EET)

Pealkiri

Ma kahtlustan, et artikli pealkiri on vale ja et õige pealkiri oleks "MikroRNA". Probleemiks on siin asjaolu, et pole tarvitatud ainsatki eestikeelset allikat, mis kinnitaks, et nimekuju "MiRNA" eesti keeles üldse kasutatakse ja et see ka korrektne nimekuju on. Artiklisse oleks vaja viidet mingile eestikeelsele allikale, mis kinnitaks, et "MiRNA" on õigem kui "MikroRNA". Taivo 6. detsember 2011, kell 00:05 (EET)

tegin nii--Bioneer1 6. detsember 2011, kell 16:48 (EET)

---

• Lause "Kui on teada suhtelised..." on ikka segane
• võõrkeelsed sõnad ja väljendid kaldkirja
• 6% inimese miRNAdel on näidatud RNA toimetamist (RNA editing): järjestuste kohtspetsiifilisi modifikatsioone, millede eesmärk on toota teistsuguseid produkte kui algselt kodeeritud nende DNA poolt. kes on mida näidanud? Koma puudu, järgmises lauses samuti.
• väldi konstruktsiooni "midagi tehti/oli tehtud millegi poolt"
• nime saanud DiGeorge sündroomi järgi
• Mikroprotsessor kompleksi ei ole õige
• Selles kompleksis DGCR8 suunistab Drosha katalüütilist RNaas III domääni Ei saa aru
• Kõige tavalisemal juhul katalüüsib ensüüm

Ausõna, ma tahaks aidata sõnastust parandada, aga ma lihtsalt ei suuda. Ma ei saa tekstist aru. Võiksid oma juhendaja abi paluda. Adeliine 8. detsember 2011, kell 20:31 (EET)

Ma tean, et mul on väga palju toortõlget, sellest ka palju segaseid lauseid. Kuna ma pole ka kuigi kaua antud teemaga tegelenud, siis ei ole ma ilmselt piisavalt pädev spetsialist kõikide nüannside koha pealt sõna võtma, kohati olen lihtsalt eeldanud, et tõlgitavas inglisekeelses artiklis on kõik õigesti. Arvestades antud ajalisi piiranguid ja artikli mahtu, olen püüdnud anda oma parima, ilmselgelt pole tulemus täiuslik. Paraku on mul ka praegu vaja väga paljudeks eksamiteks õppida ning püüan kõigest väest teha head tööd (paremat kui siin) lõputöö sisuülevaate kallal. Seega pole mul kahjuks lihtsalt aega, et piisavalt Vikipeedia töösse süveneda ja vigu parandada. Ka mu juhendajal on väga palju tööd ja ma ei tahaks teda oma tegemistega veelgi koormata. Kõike head soovides Mydrik 10. detsember 2011, kell 20:23 (EET)

Ma olen üritanud oma sõnastust parandada kohtadest, mis mu enda meelest võisid segased olla. Saan aru, et 6. jaanuariks peab kõik parandatud olema ja grammatikavead tuuakse arutelus välja, aga mul siin pole ühtki, nii et kuidas ma selle valmis saan õigeks tähtajaks nii? Mydrik 2. jaanuar 2012, kell 11:46 (EET)

Nüüd jõudsin selle artiklini.

• esimeses lauses koma puudu
• "enamik" alati ainult ainsuses
• väldi konstruktsiooni "midagi tehti/oli tehtud millegi poolt"
• Kui on teada miRNAde suhtelised ekspressioonitasemed rakus, tähistab tärn (*) nimetuse järel vastava miRNA avaldumist madalatel tasemetel kui juuksenõelastruktuuri vastasõlas olev miRNA. Äkki nii on parem
• võõrkeelsed sõnad ja väljendid kaldkirja (sense, antisense, RNA editing jne)
• imetajate laia mitmekesistatud kordustega see on vigane, kas kuskil eestikeelses kirjanduses pole seda terminit?
• mis on pri-miRNA, mis pre-miRNA?
• juuksenõelastruktuur
• Mikroprotsessor kompleks ei ole õige
• Kõige tavalisemal juhul katalüüsib
• guide-ahel ja passenger-ahel
• metüleerib Hua-Enhancer1
• Seejärel transpordib valk Hasty (HST, Eksportiin-5 homoloog) dupleksi tuumast välja tsütoplasmasse.
• Jõudsin praegu pealkirjani "RISC kompleks". Ka Sina oleksid võinud selle koha peal tõlkimise lõpetada, sest nõutud tähemärkide arv sai täis. Teema ja tekst on niigi keeruline, miks teha endale (ja mulle) elu raskemaks ja hambad ristis inglise viki artikkel lõpuni ära tõlkida. Parem õige pikkusega ja keeleliselt korrektne kui liiga pikk ja vigane. Väga kahju, et ma seda alles nüüd märkasin. Kui ma oleks novembri alguses õigel ajal Sul pidurit tõmmanud, poleks seda ehk juhtunud. Adeliine 2. jaanuar 2012, kell 17:51 (EET)

Parandasin nüüd jälle neid esiletoodud vigu. Homme on tähaeg, kas ma saan oma töö arvestatud või mitte? Töö tuli sellepärast nii pikk, et mulle tundus kummaline jätta suvalise koha pealt pooleli, arvasin, et nii ei tohi. Samas sobis see artikkel kõige paremini minu lõputöö teemaga. Mydrik 5. jaanuar 2012, kell 13:50 (EET)

Mikro-RNA

Mikro-RNA-d ehk miRNA-d (inglise keeles mircro RNAs, miRNAs)...

Mariina 10. aprill 2014, kell 19:20 (EEST) alias Простота