Footprinting de l'ADN

Le footprint ou footprinting de l'ADN est une technique de biologie moléculaire permettant l'identification des protéines et facteurs de transcription se fixant sur une séquence de l'ADN^[1].

Méthode

Cette technique se fait en plusieurs étapes :

Amplification d'ADN par PCR,
Marquage du 5' d'un des deux brins de l'ADN
Incubation de l'ADN amplifié avec des protéines d'intérêt,
Digestion ménagée par une enzyme de type DNAse I (en présence de Ca²⁺. La réaction sera stoppée avec de l'EDTA (un chélateur de cations permettant d'inhiber et donc de stopper le travail de la nucléase),
Analyse de la longueur des fragments (réalisée par des automates séquenceurs),
Analyse du gel (de polyacrylamide) en conditions dénaturantes (présence de sodium dodécyl sulfate, par exemple)^[2][1].

Notes et références

↑ D. J. Galas et A. Schmitz, « DNAse footprinting: a simple method for the detection of protein-DNA binding specificity », Nucleic Acids Research, vol. 5, n^o 9,‎ septembre 1978, p. 3157–3170 (ISSN 0305-1048, PMID 212715, lire en ligne, consulté le 10 avril 2018)
↑ http://www.chups.jussieu.fr/polys/biochimie/BGbioch/POLY.Chp.9.24.html

2. http://www.biology-pages.info/F/Footprinting.html

Voir aussi

Portail de la biologie cellulaire et moléculaire

[1] D. J. Galas et A. Schmitz, « DNAse footprinting: a simple method for the detection of protein-DNA binding specificity », Nucleic Acids Research, vol. 5, n^o 9,‎ septembre 1978, p. 3157–3170 (ISSN 0305-1048, PMID 212715, lire en ligne, consulté le 10 avril 2018)

[2] ttp://www.chups.jussieu.fr/polys/biochimie/BGbioch/POLY.Chp.9.24.html

[1]

[2]