En 1999, Kristof De Zutter est sacré champion provincial de Flandre-Orientale chez les juniors (moins de 19 ans). Quatre ans plus tard, il s'impose sur une étape du Tour de Namur. Il termine également troisième du championnat de Belgique sur route dans la catégorie espoirs (moins de 23 ans).
En 2007, il remporte l'épreuve Bruxelles-Zepperen ainsi qu'une étape du Tour de Normandie. Après ces performances, il intègre la nouvelle structure Willems Veranda's en 2008. Il redescend par la suite au niveau amateur, où il continue sa carrière.