La vieille ville espagnole d'Albuquerque fut fondée en 1706 comme poste colonial espagnol. Albuquerque était alors une communauté fermière et formait un complexe militaire stratégique le long du Camino Real. La ville d'Albuquerque fut construite selon le plan traditionnel des villages espagnols : une place centrale (plaza) entourées de bâtiments administratifs, de maisons et d'une église. Cette plaza centrale a été préservée et est aujourd'hui le centre commercial, historique et culturel de la ville, appelé Old Town Albuquerque, ou simplement Old Town.
Le village d'origine a été nommé par le gouverneur Cuervo y Valdés en hommage au duc d'Alburquerque, vice-roi de la Nouvelle-Espagne de 1702 à 1710. Le premier « r » dans Alburquerque disparut au XIXe siècle, apparemment par la faute d'un chef de gare anglo-américain incapable de prononcer le nom (dû à la tendance des anglophones de supprimer tout « r » dans une syllabe phonétique si peu naturelle en anglais). Dans les années 1990, les trolleybus de Central Avenue furent décorés avec le nom Alburquerque, en l'honneur du nom historique de la ville.