Les branchies sont les organes qui permettent aux animaux aquatiques de capter l'oxygène dissous dans l'eau. Les branchies sont donc l'équivalent aquatique des poumons : C'est grâce aux branchies que les poissons respirent.
Branchies d'un mérou, montrées par un pêcheur, sur le port de Kourou.
Ainsi, les poissons, mais aussi les crustacés et les mollusques aquatiques respirent-ils grâce à leurs branchies.
Pour fonctionner normalement, les branchies doivent rester humides, sinon elles collent et deviennent imperméables à l'oxygène. L'efficacité des branchies à extraire l'oxygène est très grande. Ainsi, un poisson hors de l'eau peut-il vivre plus longtemps qu'un mammifère dans l'eau, car il y a davantage d'oxygène dans l'air que dans l'eau ; ce qui finira par étouffer le poisson hors de l'eau, c'est le fait que ses branchies sèchent.