Coronavirus aviaire

Classification ICTV
Domaine	Riboviria
Ordre	Nidovirales
Sous-ordre	Cornidovirineae
Famille	Coronaviridae
Sous-famille	Orthocoronavirinae
Genre	Gammacoronavirus
Sous-genre	Igacovirus

Gammacoronavirus galli

Gammacoronavirus galli, aussi appelé coronavirus aviaire, anciennement virus de la bronchite infectieuse aviaire (IBV, d'après infectious bronchitis virus), est un coronavirus qui infecte la volaille, causant la maladie associée, la bronchite infectieuse.

C'est un agent pathogène aviaire hautement infectieux qui affecte l'appareil respiratoire, le tube digestif, les reins et le système reproducteur des poulets^[4]^,^[5].

La maladie provoque de graves pertes économiques via un effondrement du taux de ponte (sans tuer les poules), et les mesures de biosécurité classiques ne contrôlent pas ou mal ce virus très contagieux. La vaccination a été la seule réponse efficace, appliquée dans les élevages industriels du monde entier^[6].

Histoire

Cette première coronavirose, a été décrite en 1931.

Classification

L'IBV est un coronavirus dont le génome non segmenté est constitué d'un ARN simple brin à polarité positive (ssRNA)^[7].

Pathologie

Ce virus, comme d'autres coronavirus (virus de l'hépatite de la souris qui infecte des mammifères ou le virus du syndrome respiratoire aigu sévère ou SARS-CoV-1 qui infecte l'humain)^[8] est capable de détourner à son profit le mécanisme intracellulaire de l'autophagie (qui est l'une des réponses cellulaires naturelles aux anomalies qui apparaissent dans une cellule, dont l'infection par un virus).

En temps normal des autophagosomes sont chargés de transporter des organites cellulaires et notamment des protéines devenus inutiles ou dégradés ou mal conformés ver les lysosomes pour la dégradation et le recyclage ou élimination des acides aminés ou autres molécules qu'ils contiennent^[8]. La dégradation par autophagie est aussi l'une des formes de défense innée contre les virus qui sont alors emprisonnés et digérés dans la cellule même^[8], mais le Virus de la bronchite infectieuse aviaire dispose d'un gène (nsp6, retrouvé chez d'autres coronavirus) capable de reprogrammer au profit du virus la machinerie (intracellulaire) de l'autophagie : le virus utilise alors les autophagosomes de la cellule pour acheminer et produire les protéines de réplicase^[8] dont il a besoin.

Empêcher le virus d'utiliser de détourner à son profit la machinerie de l'autophagie est une piste médicamenteuse qui avait été envisagée à la suite de la pandémie de SRAS^[8], à nouveau soulevée en 2020 dans le cadre de la pandémie^[9]^,^[10].

Système respiratoire

Quand le virus est inhalé, il s'attache aux cellules de l'épithélium cilié de l'appareil respiratoire. La réplication virale commence alors, et les particules virales essaiment dans les vaisseaux sanguins provoquant une virémie.

Ce processus conduit à la nécrose de l'appareil respiratoire, provoquant une toux et des râles.

Reins

Par la virémie, certaines souches néphrotropiques (pour la plupart très virulentes) peuvent pénétrer dans les reins. Cela provoque un gonflement des reins, et l'apparition d'urolithiase. Les reins prennent une couleur pâle. Au microscope on peut détecter la présence de cristaux d'acide urique dans les tubules rénaux ou dans l'uretère.

Système reproducteur

La virémie entraîne également une diminution de la production des œufs. L'accumulation d'un exsudat blanc et collant peut colmater le cloaque. Dans certains cas, les follicules ovariens peuvent se retrouver dans la cavité péritonéale. Toutefois, cette lésion n'est pas spécifique de la bronchite infectieuse. De nombreuses maladies aiguës de layer peuvent conduire à ces symptômes^[11].

Vaccination

Un premier vaccin vétérinaire a d'abord été mis au point contre le sérotype « Massachusetts », mais des « variants » résistants à ce vaccin sont rapidement apparus, grâce à une mutation du gène codant la glycoprotéine de spicule S1 du virus^[6].

Une surveillance vétérinaire épidémiologique de la maladie a ensuite permis d'identifier plus rapidement les « variants » circulant dans les élevages touchés, pour adapter les vaccins (utilisation de vaccins recombinants intégrant les virus mutants)^[6].

Notes et références

↑ (en) « Virus Taxonomy: 2023 Release », ICTV, août 2024 (consulté le 16 août 2024).
↑ ICTV 7th Report van Regenmortel, M.H.V., Fauquet, C.M., Bishop, D.H.L., Carstens, E.B., Estes, M.K., Lemon, S.M., Maniloff, J., Mayo, M.A., McGeoch, D.J., Pringle, C.R. and Wickner, R.B. (2000). Virus taxonomy. Seventh report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Academic Press, San Diego.1162 pp. https://talk.ictvonline.org/ictv/proposals/ICTV%207th%20Report.pdf
↑ ^{a b c d e et f} (en) Raoul J. de Groot et al., « Revision of the family Coronaviridae », 2008 (consulté le 9 mars 2020) : « Avian coronavirus (new) ( [sic] existing species infectious bronchitis virus, turkey coronavirus, pheasant coronavirus, duck coronavirus, goose coronavirus, pigeon coronavirus) », p. 24
↑ (en) Casais, R., Thiel, V.,, Siddell, S.G., Cavanagh, D., Britton, P., « Reverse genetics system for the avian coronavirus infectious bronchitis virus. », Journal of Virology, vol. 75, n^o 24,‎ 2001, p. 12359–12369 (PMID 11711626, PMCID 116132, DOI 10.1128/JVI.75.24.12359-12369.2001)
↑ (en) Cavanagh, D., « A nomenclature for avian coronavirus isolates and the question of species status. », Avian Pathology, vol. 30, n^o 2,‎ 2001, p. 109–115 (PMID 19184884, DOI 10.1080/03079450120044506)
↑ ^{a b et c} « Communiqué de l’Académie nationale de médecine et de l’Académie vétérinaire de France : Mutation du virus Sars-CoV-2 chez les visons danois et mesures de précaution – Académie nationale de médecine » (consulté le 13 novembre 2020)
↑ (en) de Vries, A.A.F., Horzinek, M.C., Rottier, P.J.M., de Groot., R.J., « The genome organisation of the Nidovirales: similarities and differences between arteri-, toro-, and coronaviruses. », Seminars in Virology, vol. 8,‎ 1997, p. 33–547 (DOI 10.1006/smvy.1997.0104)
↑ ^{a b c d et e} (en) Eleanor M. Cottam et Helena J. Maier, « Coronavirus nsp6 proteins generate autophagosomes from the endoplasmic reticulum via an omegasome intermediate », sur Autophagy, novembre 2011 (ISSN 1554-8627, PMID 21799305, PMCID PMC3242798, DOI 10.4161/auto.7.11.16642, consulté le 22 mai 2020), p. 1335–1347
↑ (en) Yang N et Shen Hm, « _targeting the Endocytic Pathway and Autophagy Process as a Novel Therapeutic Strategy in COVID-19 », sur International journal of biological sciences, 15 mars 2020 (PMID 32226290, PMCID PMC7098027, DOI 10.7150/ijbs.45498, consulté le 22 mai 2020)
↑ Didac Carmona-Gutierrez et Maria A. Bauer, « Digesting the crisis: autophagy and coronaviruses », sur Microbial Cell, 4 mai 2020 (PMID 32391393, PMCID PMC7199282, DOI 10.15698/mic2020.05.715, consulté le 22 mai 2020), p. 119–128
↑ (en) « Infectious Bronchitis: Introduction », The Merck Veterinary Manual, 2006 (consulté le 10 mars 2011)

[ICTV-1] (en) « Virus Taxonomy: 2023 Release », ICTV, août 2024 (consulté le 16 août 2024).

[2] ICTV 7th Report van Regenmortel, M.H.V., Fauquet, C.M., Bishop, D.H.L., Carstens, E.B., Estes, M.K., Lemon, S.M., Maniloff, J., Mayo, M.A., McGeoch, D.J., Pringle, C.R. and Wickner, R.B. (2000). Virus taxonomy. Seventh report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Academic Press, San Diego.1162 pp. https://talk.ictvonline.org/ictv/proposals/ICTV%207th%20Report.pdf

[2008.108V-3] {a b c d e et f} (en) Raoul J. de Groot et al., « Revision of the family Coronaviridae », 2008 (consulté le 9 mars 2020) : « Avian coronavirus (new) ( [sic] existing species infectious bronchitis virus, turkey coronavirus, pheasant coronavirus, duck coronavirus, goose coronavirus, pigeon coronavirus) », p. 24

[4] (en) Casais, R., Thiel, V.,, Siddell, S.G., Cavanagh, D., Britton, P., « Reverse genetics system for the avian coronavirus infectious bronchitis virus. », Journal of Virology, vol. 75, n^o 24,‎ 2001, p. 12359–12369 (PMID 11711626, PMCID 116132, DOI 10.1128/JVI.75.24.12359-12369.2001)

[5] (en) Cavanagh, D., « A nomenclature for avian coronavirus isolates and the question of species status. », Avian Pathology, vol. 30, n^o 2,‎ 2001, p. 109–115 (PMID 19184884, DOI 10.1080/03079450120044506)

[AcademF2020-6] {a b et c} « Communiqué de l’Académie nationale de médecine et de l’Académie vétérinaire de France : Mutation du virus Sars-CoV-2 chez les visons danois et mesures de précaution – Académie nationale de médecine » (consulté le 13 novembre 2020)

[7] (en) de Vries, A.A.F., Horzinek, M.C., Rottier, P.J.M., de Groot., R.J., « The genome organisation of the Nidovirales: similarities and differences between arteri-, toro-, and coronaviruses. », Seminars in Virology, vol. 8,‎ 1997, p. 33–547 (DOI 10.1006/smvy.1997.0104)

[Cottam2011-8] {a b c d et e} (en) Eleanor M. Cottam et Helena J. Maier, « Coronavirus nsp6 proteins generate autophagosomes from the endoplasmic reticulum via an omegasome intermediate », sur Autophagy, novembre 2011 (ISSN 1554-8627, PMID 21799305, PMCID PMC3242798, DOI 10.4161/auto.7.11.16642, consulté le 22 mai 2020), p. 1335–1347

[9] (en) Yang N et Shen Hm, « _targeting the Endocytic Pathway and Autophagy Process as a Novel Therapeutic Strategy in COVID-19 », sur International journal of biological sciences, 15 mars 2020 (PMID 32226290, PMCID PMC7098027, DOI 10.7150/ijbs.45498, consulté le 22 mai 2020)

[10] Didac Carmona-Gutierrez et Maria A. Bauer, « Digesting the crisis: autophagy and coronaviruses », sur Microbial Cell, 4 mai 2020 (PMID 32391393, PMCID PMC7199282, DOI 10.15698/mic2020.05.715, consulté le 22 mai 2020), p. 119–128

[11] (en) « Infectious Bronchitis: Introduction », The Merck Veterinary Manual, 2006 (consulté le 10 mars 2011)

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