Der Staatsschutz als Rechtsmittel und Organisation des öffentlichen Dienstes soll den Staat vor Aktivitäten schützen, welche die staatliche Ordnung auf rechtswidrige Weise infrage stellen. Dieses allgemeine Verständnis wird im demokratischen Staat grundsätzlich als individuelle Freiheitsbeschränkung zum Schutze der allgemeinen Freiheit legitimiert. Kritiker des Staatsschutzes betonen dagegen, dass dieser, weil nicht kontrollierbar, seiner Natur nach mit einer freiheitlichen Ordnung unvereinbar und stets ein Repressionsmittel in der Hand der Herrschenden sei.
Die Bundesverfassung von 1848 bezeichnete in Artikel 2 die „Handhabung von Ruhe und Ordnung im Innern“ als einen der Bundeszwecke. Das aus dieser Aufgabe abgeleitete Bundesstrafrecht zum Schutze des Staates von 1853 nannte gewaltsamen Umsturz, gewaltsame Störung der Ordnung sowie mündliche oder schriftliche „Aufreizung“ zu solchen Handlungen als hauptsächliche Straftatbestände. Von Anfang an waren nicht nur die Ausführungs-, sondern auch die Vorbereitungshandlungen im Visier. Eine eigene Kategorie bildete die zivile Aufforderung zu militärischem Ungehorsam. Das Bedrohungsbild ging anfänglich eher von Einzeltäterschaften aus, die man in anarchistischen Revolutionären sah. Vor dem Hintergrund der um die Jahrhundertwende stärker aufkommenden Massenstreiks gewann das Bild des Umsturzes durch Massenagitation an Bedeutung. Schutzobjekt wurden damit, neben dem Staat, auch „ganze Bevölkerungsklassen“, die gewalttätiger Verfolgung ausgesetzt sein könnten.
Versuche, den Staatsschutz auszubauen, stiessen immer wieder auf den Widerstand der Referendumsdemokratie: 1903 wurde das Maulkrattengesetz, 1922 die Lex Häberlin I und 1934 die Lex Häberlin II verworfen, 1922 und 1923 zudem Initiativen abgelehnt, welche im einen Fall die Ausweisung staatsgefährlicher Ausländer zur Pflicht machen und im anderen Fall die Möglichkeit der Schutzhaft einführen wollten. Als Reaktion auf die zunehmende Agitation links- wie rechtsextremer Gruppen (Linksradikalismus, Rechtsradikalismus) beschloss der Bundesrat am 5. Dezember 1938 „Massnahmen gegen staatsgefährliche Umtriebe und zum Schutze der Demokratie“. Dem gingen, auch auf kantonaler Ebene, verschiedene gegen die Kommunistische Partei der Schweiz gerichtete Beschlüsse voraus. 1945 wurde die Demokratieschutzverordnung mehrfach verlängert, bis sie 1950 ins ordentliche Strafrecht überführt wurde.
Im Selbstverständnis des Staatsschutzes richtete sich die Wachsamkeit gleichermassen gegen linken wie rechten Extremismus. In der Praxis wandte sie sich aber stets stärker gegen die radikale Linke, zeitweise auch gegen bloss nonkonforme oder dissidente Kräfte der Linken. In der politischen Debatte legitimierte sich der Staatsschutz gegenüber der demokratischen Linken gerne damit, dass der Rechtsextremismus zu bekämpfen sei. Kontrollen und Einschränkungen gegenüber Ausländern waren intensiver und restriktiver als gegenüber eigenen Staatsbürgern. So unterstellte der Bundesrat öffentliche Reden von Ausländern 1936 einer Bewilligungspflicht; diese Regelung wurde erst Ende der 1980er Jahre aufgehoben. Höhepunkt der präventiven Staatsschutztätigkeit bildeten die Massnahmen während der Koreakrise. Dabei spielte die Vorstellung der Fünften Kolonne eine zentrale Rolle, die im Zweiten Weltkrieg auf den Nationalsozialismus angewendet worden war und nach 1945 auf den Kommunismus übertragen wurde (Antikommunismus). Neben der „roten Gefahr“ bildeten die Massenimmigration italienischer Arbeitskräfte, die Jurafrage, die Jugendbewegung und ab 1970 vorerst der palästinensische, dann der islamistische Terrorismus die wichtigsten vermeintlichen oder tatsächlichen Bedrohungsherde für Staat und Gesellschaft.
Parallel zu den Bemühungen, die rechtlichen Mittel zu stärken, erfuhr der Staatsschutz einen Ausbau in organisatorischer Hinsicht: 1889 bildete die Wohlgemuth-Affäre den Anlass zur raschen Schaffung der Bundesanwaltschaft ohne verfassungsrechtliche Grundlage. 1903 wurde das Zentralpolizeibüro eingerichtet und 1929 der Bundesanwaltschaft angegliedert; während des Ersten Weltkriegs wurde 1916 der Zuständigkeitsbereich der Bundesanwaltschaft um den Bereich Spionageabwehr erweitert. Nach der Jacob-Affäre wurde 1935 mit der Schaffung der Bundespolizei ein eidgenössischer Polizeidienst eingerichtet, der die kantonalen Polizeidienste ergänzen sollte. Die Affäre um den Brigadier Jean-Louis Jeanmaire Mitte der 1970er Jahre führte zu einem beträchtlichen Ausbau der zentralen Dienste. Dennoch blieb der Bundespolizeidienst (ohne Kantone) im Verhältnis zum Ausland relativ schwach dotiert: 1981 zählte der Aussendienst 32 Stellen, 1988 42 Stellen, der Innendienst in den gleichen Jahren 45 und 46 Stellen.
1978 lehnte der Souverän die Schaffung einer Bundessicherheitspolizei ab, stimmte aber 1982 einer Verschärfung der Strafrechtsbestimmungen bezüglich Vorbereitungshandlungen zu. 1989 wurde im Gefolge der Kopp-Affäre bekannt, dass die Bundespolizei eine Kartei zu rund 900'000 Personen führte. Bei der Aufklärung der Fichenaffäre stiess man auf eine weitere Registratur im Eidgenössischen Militärdepartement und auf Fichen in zahlreichen kantonalen Sicherheitsdiensten. Die allgemeine Entrüstung führte zur Einsetzung von zwei parlamentarischen Untersuchungskommissionen und zum Boykott der 700-Jahr-Feier von 1991 durch Kulturschaffende. Die 1990 lancierte Volksinitiative "S.o.S. – Schweiz gegen den Schnüffelstaat", welche die Abschaffung der politischen Polizei forderte, wurde 1998 mit 75,4% Nein-Stimmen massiv abgelehnt. Um die Überwachung unter Kontrolle zu halten, waren einerseits Negativlisten mit Überwachungsverboten (z.B. für die Ausübung demokratischer Rechte), andererseits mit Positivlisten (z.B. für Rechtsextreme, Terroristen, Handel mit Massenvernichtungswaffen) zusammengestellt worden. Die Beobachtungsliste ist im Prinzip durch das 1998 in Kraft getretene Bundesgesetz über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit umschrieben und wird vom VBS alle vier Jahre einer Gesamtbeurteilung unterzogen. Seit Januar 2010 sind die zivilen und militärischen Beobachtungsstellen zu einem gemeinsamen Nachrichtendienst des Bundes zusammengeführt.