CellProfiler
CellProfiler[1][2] è un programma gratuito, open source, di pubblico dominio progettato dal Broad Institute per facilitare i biologi senza il bisogno di allenare nella computer vision o programmare la misura quantitativa dei fenotipi da migliaia di immagini in maniera automatica. Gli algoritmi avanzati per l'analisi di immagini sono moduli individuali che possono essere inseriti in ordine sequenziale insieme per formare una pipeline, che viene usata per identificare e misurare oggetti biologici nelle immagini, in particolare quelle ottenute con la Microscopio a fluorescenza. La prima versione è stata rilasciata nel 2005 mentre l'ultima, la 3.1.5, nel 2018.
| CellProfiler software | |
|---|---|
| Genere | |
| Ultima versione | 4.2.8 (18 settembre 2024) |
| Sistema operativo | Linux macOS |
| Linguaggio | Python |
| Licenza | licenza BSD (licenza libera) |
| Sito web | cellprofiler.org |
Note
modifica- ^ Carpenter AE, Jones TR, Lamprecht MR, Clarke C, Kang IH, Friman O, Guertin DA, Chang JH, Lindquist RA, Moffat J, Golland P, Sabatini DM, CellProfiler: image analysis software for identifying and quantifying cell phenotypes, in Genome Biology, vol. 7, n. 10, 2006, pp. R100, DOI:10.1186/gb-2006-7-10-r100, PMC 1794559, PMID 17076895.
- ^ Kamentsky L, Jones TR, Fraser A, Bray MA, Logan DJ, Madden KL, Ljosa V, Rueden C, Eliceiri KW, Carpenter AE, Improved structure, function and compatibility for CellProfiler: modular high-throughput image analysis software, in Bioinformatics, vol. 27, n. 8, April 2011, pp. 1179–80, DOI:10.1093/bioinformatics/btr095, PMC 3072555, PMID 21349861.
Collegamenti esterni
modifica- Sito ufficiale, su cellprofiler.org.
- Repository sorgenti di CellProfiler, su github.com.
