Un primo organo nella chiesa di San Maurizio venne realizzato nel 1575 da Dirck Hoyer, allievo di Hans Scherer il Vecchio. Alla fine del XVII secolo, però, lo strumento iniziò a necessitare di sempre più continue riparazioni, finché i superiori della chiesa non decisero di far realizzare un organo nuovo, affidando, nel 1688, l'incarico al celebre organaro Arp Schnitger. Il nuovo strumento, portato a termine nel 1690, era dotato di due manuali, pedaliera e 24 registri. La disposizione fonica era la seguente:
Nel 1734 Didrich Christoph Gloger eseguì un lavoro di restauro, occupandosi, negli anni successivi, della regolare manutenzione dello strumento. Georg Wilhelm Wilhelmy, nel 1802, eseguì un nuovo restauro, seguito da altri interventi effettuati da suo figlio Georg Wilhelm fra il 1817 e il 1827.
Philipp Furtwängler, nel 1885, rimosse il brustwerk e montò un hinterwerk. Inoltre, Furtwängler abbassò le due torri di basseria e sostituì diversi registri. La nuova disposizione fonica era la seguente:
Nel 1901 l'organo venne spostato di alcuni metri più indietro e le due torri di basseria si ritrovarono coperte da un parapetto. Nel 1959 la chiesa decise di far restaurare lo strumento, affidando i lavori a Emanuel Kemper, il quale ricostruì la tribuna originaria, rendendo nuovamente visibili le torri di basseria, e sostituì alcuni registri. La disposizione fonica dopo gli interventi di Kemper era la seguente:
Il lavoro di Kemper, tuttavia, si rivelò insoddisfacente. Nel 2010 la chiesa commissionò un nuovo restauro a Hendrik Ahrend, il quale intervenne filologicamente sullo strumento e terminò i lavori nel 2011. Ahrend restaurò le torri di basseria, la catenacciatura e i somieri, riportando l'organo alle sue condizioni originarie del 1690. Inoltre, sostituì la consolle installata da Kemper.
Attualmente l'organo è a trasmissione interamente meccanica, l'aria è fornita da quattro mantici a cuneo, la pressione del vento è di 73 mm in colonna d'acqua, il corista del La corrisponde a 466 Hz e il temperamento è il mesotonico a un quarto di comma. La disposizione fonica è la seguente:
Cornelius Edskes, Harald Vogel, Arp Schnitger und sein Werk, Brema, Hauschild, 2009, ISBN 978-3-89757-326-0.
Gustav Fock, Arp Schnitger und seine Schule. Ein Beitrag zur Geschichte des Orgelbaues im Nord- und Ostseeküstengebiet, Kassel, Bärenreiter, 1974, ISBN 3-7618-0261-7.
Peter Golon, Historische Orgeln im Landkreis Stade, Stade, Schaumburg, 1983, ISBN 3-87697-009-1.
Konrad Küster, Hans Tegtmeyer, Gott allein die Ehre - Der Orgelreichtum im Alten Land, Stade, Landschaftsverband, 2007, ISBN 978-3-931879-31-0.
Harald Vogel, Günter Lade, Nicola Borger-Geweloh, Orgeln in Niedersachsen, Brema, Hauschild, 1997, ISBN 3-931785-50-5.