Lijst van afleveringen van The X-Files

Dit is een lijst met afleveringen van de Amerikaanse televisieserie The X-Files. De serie telt 11 seizoenen.

Seizoen 1 (1993–1994)

Nr. serie	Nr. seizoen	Titel van aflevering	Regisseur	Schrijver(s)	Uitzenddatum
1	1	Pilot	Robert Mandel	Chris Carter	10 september 1993
Agente Dana Scully wordt verplicht samen te werken met Fox Mulder in een poging hem te doen inzien dat er geen paranormale zaken bestaan. In hun eerste zaak worden de lichamen van enkele schoolkinderen gevonden. Billy Miles is de enige overlevende en beweert dat er een lichtflits was. Volgens Mulder is dit het werk van aliens.
2	2	Deep Throat	Daniel Sackheim	Chris Carter	17 september 1993
In Idaho is een militaire testpiloot vermist. Mulder en Scully onderzoeken de zaak. Mulder merkt ongewone vliegtuigen op en verdenkt de overheid van een complot. Mulder breekt in de basis voor verder onderzoek. Hij wordt door militairen opgepakt en zijn geheugen wordt gewist zodat hij niet meer weet wat er is gebeurd sinds hij in Idaho arriveerde.
3	3	Squeeze	Harry Longstreet	Glen Morgan & James Wong	24 september 1993
Mulder en Scully worden op een zaak van een seriemoordenaar gezet die de lever van zijn slachtoffers verwijderd. Een bizar feit is dat de moordenaar telkens op ongekende manier de plaats delict heeft bereikt en verlaten. Eugene Victor Tooms wordt aangeduid als de dader nadat een uitgerekte vingerafdruk van hem wordt gevonden. Blijkbaar is Eugene in staat zich enorm smal en lang te maken waardoor hij zich door de nauwste doorgangen kan begeven. Dit wordt echter niet bewezen: hij wordt opgepakt wanneer hij op het punt stond om Scully te vermoorden en wordt overgebracht naar een psychiatrische inrichting.
4	4	Conduit	Daniel Sackheim	Alex Gansa & Howard Gordon	1 oktober 1993
Terwijl sectiechef Scott Blevins zijn zorgen uit betreffende het X-files departement, wordt Mulder geobsedeerd door een zaak die hem doet denken aan een ontmoeting uit zijn eigen leven: hij is er zeker van getuige te zijn hoe zijn zus Samantha ontvoerd werd door buitenaardse wezens.
5	5	The Jersey Devil	Joe Napolitano	Chris Carter	8 oktober 1993
In Atlantic City wordt een dakloze man vermoord. De moord heeft veel weg van een moord uit 1947. Toen ging het gerucht dat de legendarische "Jersey Duivel", die in de omliggende bossen woont, de dader is.
6	6	Shadows	Michael Katleman	Glen Morgan & James Wong	22 oktober 1993
Door een ongekende kracht worden plots verschillende mensen gedood. Een jonge vrouw overleeft de aanslag. Mulder denkt dat dit de geest is van de vrouw haar voormalige werkgever. Men gaat ervan uit dat hij zelfmoord pleegde. Mulder is van mening dat hij in werkelijkheid werd vermoord en nu zijn zakenpartner tracht te beschermen.
7	7	Ghost in the Machine	Jerrold Freedman	Alex Gansa & Howard Gordon	29 oktober 1993
Een computer met een hoge artificiële intelligentie start mensen te vermoorden omwille van zelfbehoud nadat hij vernam niet efficiënt genoeg te zijn om het kantoorgebouw te besturen.
8	8	Ice	David Nutter	Glen Morgan & James Wong	5 november 1993
Leden van een expeditie op de Noordpool, die boringen doen, beginnen elkander en zichzelf uit te moorden. Hoe dieper zij in het ijs boren, hoe groter de razernij wordt. Mulder en Scully gaan mee met een nieuw team om de oorzaak te achterhalen. In het ijs leeft een organisme dat de mensen infecteert waardoor zij angstig en paranoïde worden.
9	9	Space	William Graham	Chris Carter	12 november 1993
De lancering van een ruimtevaartschip loopt compleet de mist in door een ongekende kracht. De betreffende ploegbaas beweert dat hij ooit een alien zag toen hij vanuit de Aardbaan Mars bestudeerde. Hij is er zeker van dat de alien zich nu op Aarde bevindt en hem op allerlei manieren kwelt en ook verantwoordelijk is voor de mislukte lancering.
10	10	Fallen Angel	Larry Shaw	Alex Gansa & Howard Gordon	19 november 1993
Mulder snelt zich naar een plek waar een UFO (Unidentified flying object) zou zijn gecrasht. Daar wordt hij opgepakt door het leger en in de gevangenis gezet. In de gevangenis ontmoet hij Max Fenig, een UFO-gek die het werk van Mulder volgt. Nadat Mulder wordt vrijgelaten, dient hij zich onmiddellijk te verantwoorden bij zijn oversten. Hij negeert dit omdat hij vreest voor de veiligheid van Max.
11	11	Eve	Fred Gerber	Kenneth Biller & Chris Brancato	10 december 1993
Twee mannen, die elk leven aan de andere kant van de Verenigde Staten, worden op onverklaarbare wijze op dezelfde manier en tijdstip vermoord. Beiden hebben een dochter van 8 jaar. Mulder en Scully zijn verrast wanneer blijkt dat de meisjes een identieke tweeling zijn. Ze achterhalen dat het "Litchfield Experiment" nog steeds bestaat: een ingenieus project uit de jaren 1950 om klonen met hoge intelligentie en kracht te ontwikkelen en verboden werd omdat de klonen in psychopaten veranderden.
12	12	Fire	Larry Shaw	Chris Carter	17 december 1993
Mulder onderzoekt in opdracht van een ex-vriendin de moorden op enkele Britse hoogwaardigheidsbekleders. Cecil L'Ively heeft de gave om met zijn handen vuurbollen af te vuren waarmee hij zijn slachtoffers in brand zet. Nu heeft hij het gericht op Sir Malcolm Marsdens vrouw omdat hij verliefd op haar is.
13	13	Beyond the Sea	David Nutter	Glen Morgan & James Wong	7 januari 1994
De ter dood veroordeelde gevangene Luther Lee Boggs beweert dat hij psychische krachten bezit. Hij wil Mulder helpen in de zoektocht naar een seriemoordenaar in ruil voor strafvermindering. Het is de eerste aflevering waar de rollen van Mulder en Scully zijn omgedraaid. In tegenstelling tot Mulder gelooft Scully wel dat de man een gave bezit omdat zij via hem blijkbaar kan communiceren met haar onlangs overleden vader.
14	14	Gender Bender	Rob Bowman	Larry Barber & Paul Barber	21 januari 1994
Mulder en Scully onderzoeken de moord op enkele mensen die, na recent seksueel contact te hebben gehad, plots overlijden. Volgens een getuige is de moordenaar zowel een man als een vrouw. Het onderzoek leidt naar een amish-achtig dorpje waarvan Mulder vermoedt dat de inwoners buitenaards DNA (Desoxyribonucleïnezuur) bezitten. Daar vinden ze effectief een persoon die van geslacht kan veranderen.
15	15	Lazarus	David Nutter	Alex Gansa & Howard Gordon	4 februari 1994
FBI Agent Jack Willis en bankovervaller Warren Dupre worden tijdens dezelfde overval neergeschoten. Warren overlijdt en Jack wordt gereanimeerd. Na zijn ontslag uit het ziekenhuis begint Jack zich anders te gedragen. Mulder komt tot de conclusie dat de geest van Dupre het lichaam van Jack heeft ingenomen.
16	16	Young at Heart	Michael Lange	Chris Carter & Scott Kaufer	11 februari 1994
De psychopaat John Barnett werd door toedoen van Mulder opgesloten. Nu is John vrij en wil hij wraak door Mulder zijn geliefden te doden. Daarbij komt dat John beroep heeft gedaan op een dubieuze dokter die een manier heeft gevonden om het verouderingsproces in versneld tempo om te draaien. Daarom heeft John nu terug het uiterlijk van een tiener en wordt het voor Mulder en Scully moeilijk hem te herkennen.
17	17	E.B.E.	William Graham	Glen Morgan & James Wong	18 februari 1994
Mulder en Scully krijgen van de geheime militaire "Deep Throat"-afdeling het bericht dat in Irak een UFO (Unidentified flying object) is gecrasht en dat deze verscheept is naar de Verenigde Staten. Echter worden Mulder en Scully door hen misleid zodat ze de echte waarheid niet achterhalen.
18	18	Miracle Man	Michael Lange	Chris Carter & Howard Gordon	18 maart 1994
Mulder en Scully reizen af naar Tennessee om onderzoek te doen naar het "Miracle Ministry". Hun ster is een jongeman die met handoplegging beweert anderen te kunnen genezen. Nu is een persoon enkele minuten na dergelijke handoplegging overleden.
19	19	Shapes	David Nutter	Marilyn Osborn	1 april 1994
Mulder en Scully onderzoeken in een indianenreservaat in Montana een afslachting. Mulder is van mening dat deze zaak gelinkt is met de allereerste X-file ooit aangemaakt door de FBI en dat de "lycanthropy" de dader is.
20	20	Darkness Falls	Joe Napolitano	Chris Carter	15 april 1994
In een afgelegen gebied van het "Washington State National Forest" is een volledige groep van 30 houthakkers vermist. Mulder denkt dat de houthakkers een slapende kwaadaardige kracht hebben gewekt.
21	21	Tooms	David Nutter	Glen Morgan & James Wong	22 april 1994
Eugene Victor Tooms wordt vrijgelaten uit de psychiatrische gevangenis. Hij is op zoek naar zijn volgende slachtoffers wiens lever hij dient te eten. Daarna kan hij voor 30 jaar in een winterslaap gaan. Mulder en Scully gaan een strijd aan tegen de klok om Tooms te vinden voordat hij weer voor dertig jaar verdwijnt.
22	22	Born Again	Jerrold Freedman	Alex Gansa & Howard Gordon	29 april 1994
Een detective en zijn voormalige partner komen om in onverklaarbare omstandigheden. Een klein meisje is getuige van het ongeval. Mulder linkt haar later aan de moord en denkt dat zij de reïncarnatie is van een politieman die door zijn collega's werd vermoord.
23	23	Roland	David Nutter	Chris Ruppenthal	6 mei 1994
In het "Mahan Propulsion Laboratory" wordt een team van onderzoekers een voor een vermoord. De enige verdachte is de mentaal gehandicapte conciërge Roland.
24	24	The Erlenmeyer Flask	R.W. Goodwin	Chris Carter	13 mei 1994
Mulder en Scully achtervolgen een auto. Deze leidt hen naar een geheim wetenschapslabo waar bewijs zou liggen van een complot van de regering.

Seizoen 2 (1994–1995)

Nr. serie	Nr. seizoen	Titel van aflevering	Regisseur	Schrijver(s)	Uitzenddatum
25	1	Little Green Men	David Nutter	Glen Morgan & James Wong	16 september 1994
De afdeling X-files is opgedoekt en Mulder heeft het bijna opgegeven om "de waarheid" te achterhalen. Dit verandert nadat een oud-politicus hem informatie geeft over een verlaten SETI-site in Puerto Rico. Wanneer Scully verneemt dat Mulder vertrokken is op onderzoek, gaat zij op zoek naar hem voordat iemand anders hem vindt.
26	2	The Host	Daniel Sackheim	Chris Carter	23 september 1994
In de riolen van Newark wordt het ontbonden lichaam van een man gevonden. Tijdens de autopsie vindt Scully een parasiet in het lichaam. Ook een andere onderhoudsman wordt gebeten door iets. Zijn lichaam wordt de broedplaats van heel wat parasitaire wormen.
27	3	Blood	David Nutter	Darin Morgan, Glen Morgan & James Wong	30 september 1994
Een kleine gemeenschap van boeren wordt plots agressief en gevaarlijk nadat op het berichtvenster van hun huishoudtoestellen instructies verschenen om te moorden.
28	4	Sleepless	Rob Bowman	Howard Gordon	7 oktober 1994
Mulder vindt in zijn krant een audiocassette. Op de tape heeft iemand een tekst ingesproken: een wetenschapper werd gedood door vuur ondanks er geen enkel bewijs of aanwijzing is dat het lichaam brandwonden heeft. Scully wordt tijdelijk vervangen door Krycek.
29	5	Duane Barry	Chris Carter	Chris Carter	14 oktober 1994
Voormalig FBI-agent Duane Barry ontsnapt uit een psychiatrische instelling. Nu houdt hij enkele mensen gegijzeld in een reisbureau. Mulder en Krycek worden ter plaatse gestuurd voor de onderhandelingen, zeker omdat de man beweert ooit te zijn ontvoerd door een ufo.
30	6	Ascension	Michael Lange	Paul Brown	21 oktober 1994
Mulder vindt op zijn antwoordapparaat een bericht van Scully met de melding dat ze wordt aangevallen. Mulder is er zeker van dat Duane Barry de dader is en haast zich naar het huis van Scully. Duane heeft Scully ontvoerd en wil haar opofferen voor de buitenaardse wezens.
31	7	3	David Nutter	Glen Morgan, Chris Ruppenthal & James Wong	4 november 1994
Walter Skinner heropent de afdeling X-Files, maar Mulder heeft het moeilijk nu Scully spoorloos is. Mulder onderzoekt de zaak van een moordenaarstrio dat het bloed van hun slachtoffers drinkt.
32	8	One Breath	R.W. Goodwin	Glen Morgan & James Wong	11 november 1994
Op onverklaarbare wijze duikt Scully in comateuze toestand op in een ziekenhuis. Mulder onderzoekt wat er met haar is gebeurd.
33	9	Firewalker	David Nutter	Howard Gordon	18 november 1994
Een robot ontworpen voor vulkanisch onderzoek geeft aan een nieuwe levensvorm te hebben gevonden. Deze levensvorm lijkt de dood te hebben veroorzaakt van een onderzoeker.
34	10	Red Museum	Win Phelps	Chris Carter	9 december 1994
In de wouden van Wisconsin worden enkele tieners met enkel ondergoed gevonden. In hun rug is de tekst "He Is One" ingekerfd. Mulder en Scully starten een onderzoek in dit gebied dat gekend is voor hun vleesindustrie. Al snel stuiten ze op een mysterieuze clan van vegetariërs.
35	11	Excelsis Dei	Stephen Surjik	Paul Brown	16 december 1994
In Massachusetts wordt een verpleegster verkracht en geslagen. Het incident krijgt een X-file stempel omdat de verpleegster beweert dat haar aanvaller onzichtbaar was. Scully en Mulder ontdekken heel wat vreemde geheimen over de verpleeginstelling en de bewoners.
36	12	Aubrey	Rob Bowman	Sara B. Charno	6 januari 1995
Het lichaam van een FBI-agent, die in de jaren 1940 verdween toen hij een moordzaak onderzocht, wordt gevonden. De manier waarop hij werd vermoord, is identiek aan een recente moord. Mulder en Scully zijn van mening dat de moordenaar uit 1940 zijn kwaadaardigheid genetisch heeft doorgegeven.
37	13	Irresistible	David Nutter	Chris Carter	13 januari 1995
In Minneapolis graaft iemand lijken op en verwijdert ledematen. Mulder en Scully worden ingeschakeld nadat de lokale politie denkt dat dit het werk van aliens is.
38	14	Die Hand die verletzt	Kim Manners	Glen Morgan & James Wong	27 januari 1995
In New Hampshire voeren enkele tieners een ritueel uit om zich stoer voor te doen. Onverwacht leidt dit tot de moord en verminking van een van de deelnemers. Mulder en Scully onderzoeken de zaak en het blijkt dat in het betreffende dorp aanbidders leven van een bepaalde sekte die zelf schrik hebben van een mysterieuze kracht.
39	15	Fresh Bones	Rob Bowman	Howard Gordon	3 februari 1995
Soldaat Jack McAlpin crasht met zijn wagen tegen een boom, nadat hij die ochtend al twee keer hallucineerde, en sterft. Op de boom staat een voodoo-teken. Twee weken eerder kwam een andere soldaat om het leven en vond men eenzelfde teken. Beide soldaten werkten in een opvangcentrum voor vluchtelingen uit Haïti.
40	16	Colony	Nick Marck	Chris Carter & David Duchovny	10 februari 1995
Een onderzoeksteam redde een piloot uit een vliegtuig. Nadat de piloot uit het ziekenhuis wordt ontslagen, start hij met het moorden van dokters die werken in abortusklinieken. Saillant detail: al deze vermoorde dokters zien er zo goed als identiek uit.
41	17	End Game	Rob Bowman	Frank Spotnitz	17 februari 1995
Mulder krijgt bericht dat Scully werd ontvoerd door een buitenaardse premiejager in ruil voor Mulder zijn zus Samantha. Mulder vraagt Skinner om hem te helpen in de ruil en een val op te zetten.
42	18	Fearful Symmetry	James Whitmore, Jr.	Steve De Jarnatt	24 februari 1995
De dood van een bouwvakker en de bijhorende vernieling van allerhande voorwerpen kan alleen maar verklaard worden door een ontsnapping van een olifant uit de lokale zoo. Echter, geen enkele getuige heeft dergelijk dier gezien en de dierentuin, waar nog nooit een dier is geboren, mist geen beesten.
43	19	Død Kalm	Rob Bowman	Alex Gansa & Howard Gordon	10 maart 1995
Een groep overlevenden, afkomstig van een Amerikaanse oorlogsboot, wordt in een reddingssloep gevonden. Mulder merkt op dat de bemanning op enkele dagen tijd tientallen jaren is verouderd. Hij en Scully reizen naar Noorwegen waar een lokale visser hen brengt naar de coördinaten waar het schip het laatst werd gespot.
44	20	Humbug	Kim Manners	Darin Morgan	31 maart 1995
Rondom Gibsonton in Florida wordt een reeks van rituele moorden gepleegd die onderling geen verband lijken te hebben. Het laatste slachtoffer is de "Alligator Man", een van de vele freaks in de omgeving.
45	21	The Calusari	Michael Vejar	Sara B. Charno	14 april 1995
Na het nemen van een foto sterft een tweejarige jongen. Deze dood wordt toegeschreven aan een supernatuurlijk incident wat de aandacht van Mulder trekt. Niet veel later sterft een ander familielid waarop de grootmoeder wil dat Roemeense ritualisten het huis vrijmaken van de aanwezige kwaadaardige krachten.
46	22	F. Emasculata	Rob Bowman	Chris Carter & Howard Gordon	28 april 1995
In een gevangenis sterven meerdere mannen aan een ongekende ziekte. Terwijl Scully vat tracht te krijgen op de oorzaak van de ziekte, gaat Mulder op zoek naar twee ontsnapte personen die de ziekte mogelijk verder verspreiden.
47	23	Soft Light	James Contner	Vince Gilligan	5 mei 1995
Een klasgenote van Scully vraagt haar en Mulder om te helpen in een zaak van plotse verdwijningen met heel weinig aanknopingspunten. Omdat op elke plaats brandsporen zijn, denkt Mulder aan spontane menselijke zelfontbranding, maar verandert van mening nadat hij Dr. Banton, een onderzoeker gespecialiseerd in zwarte materie, ontmoet die schrik heeft van zijn eigen schaduw.
48	24	Our Town	Rob Bowman	Frank Spotnitz	12 mei 1995
Mulder en Scully worden naar Arkansas gestuurd naar aanleiding van een vermiste pluimvee-inspecteur. Een medewerkster in een kippenkwekerij wordt plots gek en pleegt zelfmoord. Eerder gaf zij aan dat de dorpsinwoners letterlijk zijn wat ze eten.
49	25	Anasazi	R.W. Goodwin	Chris Carter & David Duchovny	19 mei 1995
Via "The Lone Gunmen" komt Mulder in contact met een hacker die uiterst geheime staatsinformatie heeft kunnen downloaden. De bestanden zijn geëncrypteerd in de Navajo-indianentaal en kunnen enkel ontcijferd worden door een hacker die dergelijke taal spreekt. Zo komen ze in contact met Cigarette Smoking Man.

Seizoen 3 (1995–1996)

Nr. serie	Nr. seizoen	Titel van aflevering	Regisseur	Schrijver(s)	Uitzenddatum
50	1	The Blessing Way	R.W. Goodwin	Chris Carter	22 september 1995
De "Cigarette Smoking Man" tracht de bestanden te ontcijferen, maar wordt gedwarsboomd door iemand van wie hij hoopte dat hij reeds dood was.
51	2	Paper Clip	Rob Bowman	Chris Carter	29 september 1995
Mulder en Scully zoeken antwoorden op een oude foto van zijn vader en een ongekende man. Dit leidt hen naar de verlaten Strughold-mijn waar ze een gevaarlijk geheim ontdekken.
52	3	D.P.O.	Kim Manners	Howard Gordon	6 oktober 1995
Mulder trekt naar een kleine stad in Oklahoma waar op zeer korte tijd een vijfde persoon werd getroffen door de bliksem. Dit laatste slachtoffer, een zeer emotionele tiener, overleefde de inslag.
53	4	Clyde Bruckman's Final Repose	David Nutter	Darin Morgan	13 oktober 1995
Er gebeurt een reeks moorden op mensen die beweren de toekomst te kunnen voorspellen. Hoewel Mulder sceptisch is, vindt hij uiteindelijk iemand die blijkbaar werkelijk over deze gave beschikt. Mulder denkt dat hij via deze persoon de moordenaar snel kan vinden, maar realiseert later dat deze moordenaar wellicht ook een toekomstvoorspeller is en daardoor steeds een stapje voor blijft.
54	5	The List	Chris Carter	Chris Carter	20 oktober 1995
Een ter dood veroordeelde gevangene belooft terug te komen na zijn dood om vijf personen te vermoorden die de oorzaak zijn van zijn eigen dood. Wanneer na executie blijkt dat de man zijn woord heeft gehouden, starten Mulder en Scully een onderzoek op hoe de man uit de dood is teruggekeerd.
55	6	2Shy	David Nutter	Jeffrey Vlaming	3 november 1995
Een seriemoordenaar lijkt het te hebben gemunt op onzekere, zwaarlijvige vrouwen. Mulder en Scully vinden op de lijken een substantie die teert op het menselijke vet.
56	7	The Walk	Rob Bowman	John Shiban	10 november 1995
Een patiënt in een militair ziekenhuis heeft al enkele keren een mislukte zelfmoordpoging ondernomen. Dit trekt de aandacht van Mulder omdat de patiënt beweert dat hij steeds wordt gedwarsboomd door de geest van een soldaat. De betrokken generaal wil niet dat de FBI de zaak onderzoekt, tot wanneer de geestsoldaat hem begint lastig te vallen. Daarbij komt dat alle ledematen van de patiënt in kwestie ooit geamputeerd werden.
57	8	Oubliette	Kim Manners	Charles Grant Craig	17 november 1995
Nadat een tienermeisje wordt ontvoerd, krijgt een medewerkster in een fastfoodrestaurant mijlen verder een instorting. Sindsdien lijkt het dat deze medewerkster voelt wat het kind meemaakt. De vrouw in kwestie werd als kind 1 jaar gevangengehouden en Mulder denkt dat zij nu kan helpen om het vermiste meisje terug te vinden.
58	9	Nisei	David Nutter	Chris Carter, Howard Gordon & Frank Spotnitz	24 november 1995
Een postorderbedrijf verkoopt video’s met de autopsie van een buitenaards wezen. Mulder gaat op zoek naar de distributeur, maar deze wordt thuis vermoord aangetroffen. De dader is wellicht een hoge Japanse diplomaat. Mulder gaat op zoek naar de bron van de video en eindigt in een trainwagon. Scully wordt ontvoerd door een groep vrouwelijke ufo-fanaten die beweren haar te kennen.
59	10	731	Rob Bowman	Frank Spotnitz	1 december 1995
Mulder zit vast in een treinwagon dewelke volgens een NSA-agent is gekoppeld met een bom. Scully graaft verder in het mysterie omtrent haar ontvoering.
60	11	Revelations	David Nutter	Kim Newton	15 december 1995
Mulder onderzoekt een zaak waar elf slachtoffers omwille van religieuze motieven werden vermoord. Elk van hen beweerden stigmata te hebben, hoewel nu wordt bewezen dat ze allen hierover logen. Nu ontdekken hij en Scully een kleine jongen die onverklaarbare wonden heeft die op stigmata lijken. De jongen dient beschermd te worden omdat de moordenaar wellicht zal opduiken.
61	12	War of the Coprophages	Kim Manners	Darin Morgan	5 januari 1996
In een klein dorpje vallen op korte tijd veel doden. Elk lijk wordt gevonden omhuld door kakkerlakken. Scully, die van thuis werkt, heeft een wetenschappelijke verklaring voor de kakkerlakken. Mulder, die ter plaatse is met een insectenexpert, is van mening dat de insecten niet-organisch zijn en mogelijk buitenaards.
62	13	Syzygy	Rob Bowman	Chris Carter	26 januari 1996
In New Hampshire gebeuren vreemde moorden die worden toegewijd aan de stand van de planeten waardoor het gedrag van mensen wordt verstoord.
63	14	Grotesque	Kim Manners	Howard Gordon	2 februari 1996
Mulders voormalige baas, een FBI profiler, vraagt om een zaak te bekijken waar een seriemoordenaar beweert bezeten te zijn door een demonische kracht. De zaak wordt vreemder wanneer de man wordt aangehouden en de moorden blijven duren.
64	15	Piper Maru	Rob Bowman	Chris Carter & Frank Spotnitz	9 februari 1996
Een Frans bergingsschip zendt een crew naar de zeebodem om onderzoek te doen naar een wrak uit de Tweede Wereldoorlog. Daarop krijgt de crew een bizarre ziekte en starten Mulder en Scully een onderzoek. Dit leidt hen naar een bekend gezicht waardoor het leven van Skinner wordt bedreigd.
65	16	Apocrypha	Kim Manners	Chris Carter & Frank Spotnitz	16 februari 1996
Mulder zet zijn onderzoek verder betreffende de vreemde ziekte van de Franse crew. Hij wordt geboycot door verschillende mensen die werken voor de staat. Skinner herstelt van zijn schotwonde, maar Scully ontdekt dat hij nog in gevaar is. Volgens haar heeft de dader ook haar zus vermoord.
66	17	Pusher	Rob Bowman	Vince Gilligan	23 februari 1996
Een man beschikt over de gave om anderen die dingen te laten doen die hij wil. Hij gebruikt deze gave ook op Mulder om een opdracht te laten uitvoeren waarin hij zal sterven.
67	18	Teso dos Bichos	Kim Manners	John Shiban	8 maart 1996
Nadat een oud artefact van een archeologische site in Ecuador wordt overgebracht naar Boston, vallen er plots doden. Scully is van mening dat de moorden werden gepleegd door politieke terroristen, maar Mulder denkt aan een meer onwaarschijnlijke uitleg.
68	19	Hell Money	Tucker Gates	Jeffrey Vlaming	29 maart 1996
In Chinatown (San Francisco) sterven Chinese immigranten in mysterieuze omstandigheden. De lijken missen een of meerdere organen. Scully en Mulder ontdekken een netwerk van orgaanhandel: de migranten dienen deel te nemen aan een gokspel waardoor ze door afstand van een orgaan sneller hun papieren zouden krijgen.
69	20	Jose Chung's 'From Outer Space	Rob Bowman	Darin Morgan	12 april 1996
Een koppel beweert te zijn ontvoerd door buitenaardse wezens. Mulder en Scully interviewen alle betrokkenen, maar ieder van hen geeft een andere versie van de feiten, inclusief de "buitenaardsen".
70	21	Avatar	James Charleston	David Duchovny & Howard Gordon	26 april 1996
Skinner leert in een bar een dame kennen en brengt de nacht met haar door. De volgende ochtend is de vrouw dood. Skinner wordt aangeklaagd voor moord. Mulder en Scully starten een onderzoek op naar de werkelijke moordenaar. Daarbij botsen ze op een samenzwering en komen enkele duistere kanten uit Skinners privéleven naar boven.
71	22	Quagmire	Kim Manners	Kim Newton	3 mei 1996
In en rond een meer gebeuren mysterieuze moorden en verdwijningen. Volgens lokale folklore zou er een monster in het meer leven. Scully is sceptisch tot wanneer haar hond plots spoorloos is nadat de lits werd doorgebeten. Ondanks er een alligator in het meer wordt gevonden en de zaak daarmee als opgelost wordt bestempeld, twijfelt Mulder nog.
72	23	Wetwired	Rob Bowman	Mat Beck	10 mei 1996
Nadat burgers illusionaire tekeningen zien, start een reeks aan moorden.
73	24	Talitha cumi	R.W. Goodwin	Chris Carter & David Duchovny	17 mei 1996
Mulder en Scully zoeken naar een man die over vreemde krachten beschikt. Dit leidt naar de ontdekking van een gevaarlijk geheim uit Mulders verleden waardoor de waarheid over het al dan niet bestaan van buitenaards leven op een kantje komt te staan.

Seizoen 4 (1996–1997)

Nr. serie	Nr. seizoen	Titel van aflevering	Regisseur	Schrijver(s)	Uitzenddatum
74	1	Herrenvolk	R.W. Goodwin	Chris Carter	4 oktober 1996
Jeremiah Smith, die beweert te worden achtervolgd door buitenaardse premiejagers, brengt Mulder naar een boerderij waar diverse klonen zijn van Jeremia’s zus.
75	2	Home	Kim Manners	Glen Morgan & James Wong	11 oktober 1996
In een klein, rustig dorpje wordt een baby geboren met heel wat afwijkingen waardoor het niet veel later sterft. Tijdens het onderzoek stoot men op een groep mutanten die eveneens aangeboren afwijkingen hebben.
76	3	Teliko	James Charleston	Howard Gordon	18 oktober 1996
Mulder en Scully worden ingezet in een zaak waar mensen met een zwarte huidskleur op onverklaarbare manier blank worden en daarop sterven. De verandering van huidskleur is ofwel het gevolg van een medische aandoening of van een bizarre vloek of behandeling.
77	4	Unruhe	Rob Bowman	Vince Gilligan	27 oktober 1996
Mulder en Scully onderzoeken een reeks van bizarre ontvoeringen. Het enige aanknopingspunt zijn onverklaarbare foto's. Wanneer Scully het volgende slachtoffer dreigt te worden, moet Mulder de denkwijze van de dader achterhalen en gebruiken.
78	5	The Field Where I Died	Rob Bowman	Glen Morgan & James Wong	3 november 1996
Mulder en Scully zijn op zoek naar een informant die zich in een occulte groep heeft geïnfiltreerd. Wanneer zij kennis maken met de vrouw van de leider, ervaren ze een hechte band met haar.
79	6	Sanguinarium	Kim Manners	Valerie Mayhew & Vivian Mayhew	10 november 1996
In een ziekenhuis voor plastische chirurgie vinden bizarre moorden plaats waarbij Mulder denkt aan supernatuurlijke krachten.
80	7	Musings of a Cigarette Smoking Man	James Wong	Glen Morgan	17 november 1996
Mulder en Scully ontmoeten Byers en Frohike en krijgen meer details over het mogelijke echte leven van de "Cigarette Smoking Man".
81	8	Tunguska	Kim Manners	Chris Carter & Frank Spotnitz	24 november 1996
Een diplomaat met een dodelijke vracht leidt ertoe dat Mulder en Scully in een web van intriges geraken en Mulder noodgedwongen naar Rusland moet.
82	9	Terma	Rob Bowman	Chris Carter & Frank Spotnitz	1 december 1996
Volgend op de vorige aflevering wonen Scully en Skinner de verhoring bij van een verdachte senator. Mulder en Krycek komen terecht in een Russische goelag.
83	10	Paper Hearts	Rob Bowman	Vince Gilligan	15 december 1996
Mulder herstart een oude zaak waarbij jonge meisjes in hun nachtjapon werden vermoord om vervolgens hun hart te verwijderen. Mulder komt de moordenaar op het spoor. Deze laatste insinueert dat hij Samantha destijds op zulke wijze heeft vermoord.
84	11	El Mundo Gira	Tucker Gates	John Shiban	12 januari 1997
Na een dodelijke slachtpartij in een werkkamp gaan Mulder en Scully op zoek naar sporen van de "Chupacabra".
85	12	Leonard Betts	Kim Manners	Vince Gilligan, John Shiban & Frank Spotnitz	26 januari 1997
Nadat een lijk verdwijnt uit een mortuarium onderzoeken Mulder en Scully zijn eveneens vreemde doodsoorzaak. Dit leidt bij Scully tot een gruwelijke openbaring.
86	13	Never Again	Rob Bowman	Glen Morgan & James Wong	2 februari 1997
Scully ontmoet een man die beweert niet met haar te mogen praten omdat zijn tattoos dat verbieden.
87	14	Memento Mori	Rob Bowman	Chris Carter, Vince Gilligan, John Shiban & Frank Spotnitz	9 februari 1997
Mulder onderzoekt de mysterieuze ontvoering van Scully wat ondertussen twee jaar geleden plaatsvond. Scully zelf kampt met gezondheidsproblemen en er wordt bij haar een vreemde kanker ontdekt.
88	15	Kaddish	Kim Manners	Howard Gordon	16 februari 1997
Nadat in een Joodse gemeenschap enkele moorden worden gepleegd, worden de moordenaars opgepakt en door de gemeenschap vermoord. Mulder en Scully onderzoeken of het hier een zaak van wraak betreft of dat er andere krachten aan het werk zijn.
89	16	Unrequited	Michael Lange	Chris Carter & Howard Gordon	23 februari 1997
Een zeer hooggeplaatste militair wordt vermoord. Mulder en Scully starten een zoektocht naar de schijnbaar niet-te-stoppen en onzichtbare dader.
90	17	Tempus Fugit	Rob Bowman	Chris Carter & Frank Spotnitz	16 maart 1997
Tijdens het verjaardagsfeest van Scully verneemt Mulder dat Max Fenig omkwam in een vliegtuigcrash waarvan het ongeluk mogelijk te wijten is aan een interactie van buitenaardse wezens.
91	18	Max	Kim Manners	Chris Carter & Frank Spotnitz	23 maart 1997
Mulder en Scully zetten hun zoektocht naar het gecrashte vliegtuig, door toedoen van een UFO (Unidentified flying object), verder. Hun onderzoek wordt geboycot door het leger dat er alles aan doet om de ware oorzaak van het incident geheim te houden.
92	19	Synchrony	James Charleston	Howard Gordon & David Greenwalt	13 april 1997
Een moordverdachte beweert dat een oude toekomstverteller hem vertelde over de dood van het slachtoffer. Daarop besliste de verdachte om het slachtoffer te redden. Hij was echter te laat waardoor hij nu wordt aanzien als de moordenaar.
93	20	Small Potatoes	Cliff Bole	Vince Gilligan	20 april 1997
In een afgelegen dorpje worden plots baby's geboren met een staart.
94	21	Zero Sum	Kim Manners	Howard Gordon & Frank Spotnitz	27 april 1997
Mulder gebruikt een illegale methode om een bizarre dood te onderzoeken waarvan hij denkt dat deze op een of andere manier gelinkt is met Skinner. Skinner zelf heeft de taak op zich genomen alles te doen om Scully te doen genezen van haar mysterieuze kankergezwel.
95	22	Elegy	James Charleston	John Shiban	4 mei 1997
Het spoor van een reeks moorden leidt naar een huis voor mentaal zieke patiënten. Daarbij komt dat elk slachtoffer vooraf een duidelijke waarschuwing had ontvangen van zijn dood.
96	23	Demons	Kim Manners	R.W. Goodwin	11 mei 1997
Tijdens een onderzoek naar een dubbele moord verliest Mulder plots zijn geheugen.
97	24	Gethsemane	R.W. Goodwin	Chris Carter	18 mei 1997
Onderzoekers hebben in Noord-Canada onweerlegbaar bewijs gevonden voor buitenaards leven. Echter, Mulder is sceptisch over het bewijs tot wanneer dubieuze agenten plots moorden beginnen te plegen om het bewijs geheim te houden. Dit leidt tot een schokkende ontdekking.

Seizoen 5 (1997–1998)

Nr. serie	Nr. seizoen	Titel van aflevering	Regisseur	Schrijver(s)	Uitzenddatum
98	1	Redux	R.W. Goodwin	Chris Carter	2 november 1997
Scully helpt Mulder met het ensceneren van diens dood, maar wordt opgepakt en onderworpen aan een kritisch onderzoek. Mulder zoekt naar een oplossing zodat Scully geen sanctie krijgt. Daarbij komt de waarheid aan het licht betreffende de aliens die hij achterna zat. Skinner wordt aanzien als een verrader binnen de FBI.
99	2	Redux II	Kim Manners	Chris Carter	9 november 1997
Scully ligt op sterven. De "Cigarette Smoking Man" maakt een belangrijke beslissing om Mulder te helpen. De climax leidt er enkel toe dat Mulder zijn geloof in het bovennatuurlijke is ingestort.
100	3	Unusual Suspects	Kim Manners	Vince Gilligan	16 november 1997
Deze aflevering geeft meer achtergrond over "The Lone Gunmen". In 1989 beslissen twee handelaars en een politieman om Susanne Modeski te helpen. Zij beweerde te worden gechanteerd door haar gewelddadige ex-vriend Fox Mulder.
101	4	Detour	Brett Dowler	Frank Spotnitz	23 november 1997
Mulder en Scully zijn onderweg naar een FBI-conventie in Florida. Onderweg onderzoeken ze de mysterieuze verdwijning van drie personen waarvan wordt beweerd dat ze door een paar onzichtbare wezens werden ontvoerd.
102	5	The Post-Modern Prometheus	Chris Carter	Chris Carter	30 november 1997
Mulder en Scully ontvangen een brief van een alleenstaande moeder dewelke hen leidt naar een dorpje waar een hedendaags "monster van Frankenstein" zou leven.
103	6	Christmas Carol	Peter Markle	Vince Gilligan, John Shiban & Frank Spotnitz	7 december 1997
Tijdens de kerstdagen krijgt Scully nachtmerries waarin ze tips krijgt over de moord van een moeder haar dochter.
104	7	Emily	Kim Manners	Vince Gilligan, John Shiban & Frank Spotnitz	14 december 1997
Scully tracht het leven van haar dochter te beschermen. Mulder ontdekt hoe Scully's dochter werd verwekt.
105	8	Kitsunegari	Daniel Sackheim	Vince Gilligan & Tim Minear	4 januari 1998
Nadat 'Pusher' Modell uit de gevangenis ontsnapt, dienen Mulder en Scully snel actie te ondernemen. Pusher wil namelijk wraak nemen en heeft het op Mulder gemunt.
106	9	Schizogeny	Ralph Hemecker	Jessica Scott & Mike Wollaeger	11 januari 1998
Een tiener wordt verdacht van moord op zijn vader, maar Mulder en Scully zijn overtuigd dat er zich een groter gevaar in de woonwijk bevindt.
107	10	Chinga	Kim Manners	Chris Carter & Stephen King (schrijver)	8 februari 1998
Tijdens een vakantie in Maine ontmoet Scully heel wat jongeren die zichzelf verwonden en dit in opdracht van een vreemd jong meisje.
108	11	Kill Switch	Rob Bowman	William Gibson & Tom Maddox	15 februari 1998
Een teruggetrokken computerexpert, waarvan geruchten gaan dat hij artificiële intelligentie onderzocht, wordt vermoord. Het onderzoek leidt naar een ongewone moordenaar die niet terugdeinst om de meest gruwelijke martelmethoden te gebruiken.
109	12	Bad Blood	Cliff Bole	Vince Gilligan	22 februari 1998
In Texas sterven in korte tijd veel mensen. Het bloed is op mysterieuze wijze grotendeels uit hun lichaam verdwenen. Mulder doodt een "vampier", maar dit blijkt een doodgewone jongen te zijn. Mulder en Scully dienen nu verhoord te worden door Skinner en vergelijken nu hun versie van de feiten.
110	13	Patient X	Kim Manners	Chris Carter & Frank Spotnitz	1 maart 1998
Scully ontmoet Cassandra Spender, een vrouw die beweert te zijn ontvoerd door aliens. Mulder neemt meer en meer afstand van een complot van buitenaardsen waardoor hij persoonlijke opmerkingen krijgt van de andere FBI-medewerkers.
111	14	The Red and the Black	Chris Carter	Chris Carter & Frank Spotnitz	8 maart 1998
Cassandra Spender is vermist en haar zoon Jeffrey doet er alles aan om promotie te krijgen binnen de FBI. Mulder laat Scully onder hypnose brengen om de waarheid te achterhalen.
112	15	Travelers	William A. Graham	John Shiban & Frank Spotnitz	29 maart 1998
In 1990 onderzoekt een jonge Fox Mulder de moord op een voormalig FBI Agent. Deze agent behandelde een van de eerste X-files dewelke dateert uit de jaren vijftig. Mulder achterhaalt dat zijn eigen vader mogelijk betrokken partij is.
113	16	Mind's Eye	Kim Manners	Tim Minear	19 april 1998
Een blinde vrouw wordt verdacht van een moord, maar Mulder is het daar niet mee eens en dat haar betrokkenheid niet is wat het lijkt.
114	17	All Souls	Allen Coulter	Dan Angel, Billy Brown, John Shiban & Frank Spotnitz	26 april 1998
Father McCue vraagt Scully om de onverklaarbare dood van een jonge gehandicapte vrouw te onderzoeken. Scully stuit op een mysterie waar ze zelf schrik van heeft om het te kunnen begrijpen.
115	18	The Pine Bluff Variant	Rob Bowman	John Shiban	3 mei 1998
Scully wantrouwt Mulder. Ze verdenkt hem een dubbele agenda te hebben.
116	19	Folie a Deux	Kim Manners	Vince Gilligan	10 mei 1998
Een man met wanen beweert dat zijn baas een monster is en wil er alles aan doen om dit te bewijzen.
117	20	The End	R.W. Goodwin	Chris Carter	17 mei 1998
Tijdens het onderzoek van de moord op een schaakspeler ontmoeten Mulder en Scully een jongen die gelinkt kan worden met alle X-files waardoor het departement kan worden opgedoekt.

Film: The X-Files: Fight the Future (1998)

• The X-Files: Fight the Future

Seizoen 6 (1998–1999)

Nr. serie	Nr. seizoen	Titel van aflevering	Regisseur	Schrijver(s)	Uitzenddatum
118	1	The Beginning	Kim Manners	Chris Carter	8 november 1998
Fox Mulder en Dana Scully jagen op een dodelijk wezen in de woestijn van Arizona. Hun zoektocht lijkt Mulders vermoeden te bevestigen over buitenaards leven. De X-files worden heropend, maar het onderzoek wordt toegewezen aan Jeffrey Spender en Diana Fowly die Mulders argumenten weerleggen en negeren.
119	2	Drive	Rob Bowman	Vince Gilligan	15 november 1998
Mulder zit vast in een wagen tezamen met een verwarde man. Scully tracht Mulder te lokaliseren en vraagt zich af of de verwarde man een dodelijke ziekte heeft, wellicht verspreid door de overheid, en of Mulder met het virus besmet is geraakt.
120	3	Triangle	Chris Carter	Chris Carter	22 november 1998
Mulder onderzoekt een schip dat in 1939 verdween in de Bermudadriehoek. Wanneer hij aan boord gaat, komt hij plots in het verleden terecht en ontmoet de bemanning en de passagiers. Zij zitten allemaal vast in het verleden.
121	4	Dreamland	Kim Manners	Vince Gilligan, John Shiban & Frank Spotnitz	29 november 1998
Na een anonieme tip krijgen Mulder en Scully eindelijk toestemming om Area 51 te bezoeken. Daar zijn ze getuige van de vlucht van een mysterieus vliegtuig. Na de vlucht lijkt het alsof de geest en het geheugen van twee mannen zijn omgewisseld.
122	5	Dreamland II	Kim Manners	Vince Gilligan, John Shiban & Frank Spotnitz	6 december 1998
Scully vindt het gedrag van haar partner verdacht. Mulder wil zijn levensstijl terug op het rechte spoor brengen.
123	6	How the Ghosts Stole Christmas	Chris Carter	Chris Carter	13 december 1998
Op kerstavond overtuigt Mulder Scully om een huis te bezoeken waarvan men beweert dat het er spookt. Daar komen ze Maurice en Lyda tegen die beweren de eenzame geestbewoners van het huis te zijn en verklaren dat de kerstperiode eenzaam kan zijn.
124	7	Terms of Endearment	Rob Bowman	David Amann	3 januari 1999
Nadat een moeder verdacht wordt op de dood van haar ongeboren baby, ontdekken Mulder en Scully dat de vader zijn eigen geheimen heeft. En hij is niet de enige.
125	8	The Rain King	Kim Manners	Jeffrey Bell	10 januari 1999
Mulder en Scully onderzoeken de oorzaak van de droogte in een klein dorpje. Een man beweert dat hij het weer kan controleren en zo grote winsten kan opstrijken. Echter, Mulder en Scully ontdekken een nog grotere natuurkracht die even onvoorspellend is als het weer.
126	9	S.R. 819	Daniel Sackheim	John Shiban	17 januari 1999
Walter Skinner wordt vergiftigd. Mulder en Scully hebben 24 uur tijd om hem te redden en om na te gaan wie hem dood wil en waarom.
127	10	Tithonus	Michael Watkins	Vince Gilligan	24 januari 1999
Scully maakt binnen de FBI kans op promotie en krijgt een nieuwe partner. Ze onderzoeken een reeks van moorden waarbij ze een man ontmoeten die er telkens in slaagt de laatste momenten van het slachtoffer te fotograferen.
128	11	Two Fathers	Kim Manners	Chris Carter & Frank Spotnitz	7 februari 1999
Cassandra Spender duikt opnieuw op. Mulder en Scully heropenen hun zoektocht naar de samenzwering van de buitenaardsen. Het "Syndicate" tracht er alles aan te doen om hen te boycotten.
129	12	One Son	Rob Bowman	Chris Carter & Frank Spotnitz	14 februari 1999
Cassandra vertelt de waarheid over het complet van de buitenaardsen aan Mulder. Tezelfdertijd doet haar ex-man de "Cigarette Smoking Man" zijn verhaal aan Agent Spender in de hoop dat hij de kant kiest van het complet. Daarbij komt dat het "Syndicate" hun ultieme plan wil uitvoeren, maar Mulder en Scully doen er alles aan om hen te stoppen.
130	13	Agua Mala	Rob Bowman	David Amann	21 februari 1999
Arthur Dales schakelt de hulp in van Mulder en Scully nadat zijn buren vermist zijn. Mulder en Scully zitten omwille van een aankomende tornado vast in een gebouw waar ook de andere inwonenden zijn. Daar blijkt er iets vreemds aan de hand te zijn met het water.
131	14	Monday	Kim Manners	Vince Gilligan & John Shiban	28 februari 1999
De wereld zit plots in een tijdsherhaling waardoor de dag zich telkens herhaalt met minuscule wijzigingen. Enkel 1 vrouw blijkt zich hier bewust van te zijn en contacteert Mulder en Scully. De oorzaak heeft iets te maken met een bankoverval die zich nu uiteraard ook bij elke herhaling voordoet. De vrouw moet Mulder en Scully overtuigen iets te doen waardoor de overval nooit zal plaatsvinden.
132	15	Arcadia	Michael Watkins	Daniel Arkin	7 maart 1999
In een idyllische gemeenschap/sekte verdwijnen mensen. Mulder en Scully gaan undercover als een getrouwd koppel. De leider van de sekte neemt de regelgeving en gebruiken wel zeer serieus, meer dan dat Scully en Mulder zich hadden kunnen indenken.
133	16	Alpha	Peter Markle	Jeffrey Bell	28 maart 1999
De "Wanshang Dhole", een uitgestorven ondersoort van de Aziatische wilde hond, blijkt plots toch nog te bestaan en wordt verantwoordelijk geacht voor de doding van verschillende mensen.
134	17	Trevor	Rob Bowman	Jim Guttridge & Ken Hawryliw	11 april 1999
Nadat een gevangenis door een tornado wordt verwoest, is een gevangene op de vlucht. Hij wordt verdacht van de moord op de gevangenisbewaarder. De gevangene spoort zijn ex-vriendin op en tracht zijn zoon te ontvoeren. Mulder en Scully ontdekken dat de man zich kan verplaatsen via geleidend materiaal.
135	18	Milagro	Kim Manners	Chris Carter, John Shiban & Frank Spotnitz	18 april 1999
Een buurman van Mulder is schrijver. Momenteel is hij bezig aan een boek waarin een seriemoordenaar het hart van zijn slachtoffers als trofee meeneemt. Vreemd genoeg gebeuren deze moorden in werkelijkheid en dit kort nadat de auteur de verhaallijn heeft uitgetypt. Mulder en Scully gaan op onderzoek. Al snel ondervindt Scully dat de auteur gevoelens voor haar heeft.
136	19	The Unnatural	David Duchovny	David Duchovny	25 april 1999
Arther Dales, broer van de man die de X-files opstartte, was tijdens het Roswellincident net agent geworden. Hij ontmoette een zwarte honkballer waarvan hij zeker was dat het in werkelijkheid een buitenaards wezen is dat zich in andere vormen kon transformeren.
137	20	Three of a Kind	Bryan Spicer	Vince Gilligan & John Shiban	2 mei 1999
"The Lone Gunmen" ontmoeten in Las Vegas Susanne Modeski en Scully. Scully en de Lone Gunmen achterhalen dat Susanne haar verloofde een hersenspoelende drug wil verspreiden dewelke politieke moorden uitlokt.
138	21	Field Trip	Kim Manners	Vince Gilligan, John Shiban & Frank Spotnitz	9 mei 1999
In de velden van North Carolina worden de skeletten gevonden van een man en een vrouw. Mulder en Scully achterhalen dat een schimmelsoort een soort LSD-drug afscheidt via zijn sporen. Die sporen zetten zich vast op het lichaam van mensen en verteren hen. Scully en Mulder gaan op zoek, maar hallucineren omwille van de drug waardoor ze niet meer weten wat echt of hallucinatie is.
139	22	Biogenesis	Rob Bowman	Chris Carter & Frank Spotnitz	16 mei 1999
Volgens Mulder zijn de metalen objecten die onlangs in Afrika werden gevonden het bewijs dat het leven elders in het universum startte. Alex Krycek en Diana Fowley contacteren Skinner waardoor deze Mulder nauwlettend in het oog houdt. Na contact met de objecten wordt Mulder ziek en reist Scully hem achterna.

Seizoen 7 (1999–2000)

Nr. serie	Nr. seizoen	Titel van aflevering	Regisseur	Schrijver(s)	Uitzenddatum
140	1	The Sixth Extinction	Kim Manners	Chris Carter	7 november 1999
Walter Skinner en Michael Kritschgau trachten uit te zoeken wat er mis is met Fox Mulder sinds deze in een soort coma ligt na in aanraking te zijn geweest met metalen objecten die in Afrika werden gevonden. Scully zit nog steeds in Afrika op zoek naar oude artefacten.
141	2	The Sixth Extinction II: Amor Fati	Michael Watkins	Chris Carter & David Duchovny	14 november 1999
Scully is terug uit Amerika en ontdekt dat Mulder verdwenen is. Hij werd door de "Cigarette Smoking Man" naar een plaats gebracht waar "al zijn problemen zijn opgelost".
142	3	Hungry	Kim Manners	Vince Gilligan	21 november 1999
Een medewerker van een fastfood-restaurant wordt verdacht de hersenen van zijn slachtoffer op te eten.
143	4	Millennium	Thomas J. Wright	Vince Gilligan & Frank Spotnitz	28 november 1999
De "Millennium Group" beweert dat de Apocalyps zal plaatsvinden op 1 januari 2000. Een van hun leden spoort mensen aan om zich vrijwillig door hem te laten doden met de belofte dat ze zullen verrijzen in het paradijs.
144	5	Rush	Robert Lieberman	David Amann	5 december 1999
Een schooljongen wordt verdacht van de bizarre moord op een politieman. Scully en Mulder ontdekken dat de jongen en zijn vrienden de gave bezitten om zich sneller te verplaatsen dan het menselijk oog kan waarnemen.
145	6	The Goldberg Variation	Thomas J. Wright	Jeffrey Bell	12 december 1999
Henry Weems wordt van een gebouw gesmeten, maar overleeft de val. Hij lijkt de meest gelukkige mens van de wereld te zijn. Mulder en Scully vragen zich af waarom de maffia achter de man aanzit en iedereen rondom hem wel ongelukkig is.
146	7	Orison	Rob Bowman	Chip Johannessen	9 januari 2000
Dominee Orison krijgt het voor elkaar dat Donnie Pfaster, die Scully ooit ontvoerde, vroegtijdig vrij komt. Al snel komt de dominee tot de conclusie dat hij "het pure kwaad" heeft losgelaten en schakelt daarop de hulp van Scully in.
147	8	The Amazing Maleeni	Thomas J. Wright	Vince Gilligan, John Shiban & Frank Spotnitz	16 januari 2000
"The Amazing Maleeni" is een magiër die tijdens zijn act zijn hoofd 360 graden kan draaien. Wanneer men zijn lichaam vindt, zonder hoofd, starten Mulder en Scully een onderzoek. Zij komen tot de conclusie dat de ex-vrouw van de magiër, zijn tweelingbroer en een onsuccesvolle rivaal plannen hebben om een bankoverval te plegen.
148	9	Signs & Wonders	Kim Manners	Jeffrey Bell	23 januari 2000
De kerk van een klein dorpje is de plaats delict van een aantal rituele moorden. De kerk is eigendom van "Church of God with Signs and Wonders" en hun aanhangers lezen en interpreteren de Bijbel letterlijk. Binnen de kerk zijn er de gewone gelovigen en uiteraard ook de fanatiekelingen. Deze twee groepen leven niet zo vreedzaam samen als gedacht.
149	10	Sein und Zeit	Michael Watkins	Chris Carter & Frank Spotnitz	6 februari 2000
Mulder onderzoekt de verdwijning van een meisje. Dit wordt hem obsessief omdat er meerdere meisjes in exact dezelfde omstandigheden verdwenen. Scully vreest dat hij te emotioneel betrokken raakt omdat zijn zus 27 jaar eerder ook verdween. Daarbij komt dat zijn moeder net zelfmoord heeft gepleegd.
150	11	Closure	Kim Manners	Chris Carter & Frank Spotnitz	13 februari 2000
Mulder ontmoet een man wiens zoon jaren geleden verdween. Volgens hem hebben 'walk-ins' de geest van zijn zoon en die van Samantha Mulder genomen omdat de kinderen voorbestemd waren voor een ongelukkig leven. Hij en de man starten een zoektocht waarbij Mulder de waarheid ontdekt achter Samantha's verdwijning.
151	12	X-Cops	Michael Watkins	Vince Gilligan	20 februari 2000
Het televisieprogramma Cops zendt filmmateriaal uit waar de FBI en de lokale politie het opnemen tegen een monster dat leeft op basis van angsten van de anderen. In tegenstelling tot Scully geniet Mulder van de publiciteit.
152	13	First Person Shooter	Chris Carter	William Gibson & Tom Maddox	27 februari 2000
"The Lone Gunmen" doen een beroep op Mulder en Scully. Zij hebben tezamen met een computerspelbedrijf een VR-spel gemaakt. De virtuele wereld werd overgenomen door een vrouwelijk computerpersonage dat niet meer enkel in die virtuele wereld leeft.
153	14	Theef	Kim Manners	Vince Gilligan, John Shiban & Frank Spotnitz	12 maart 2000
Een prominente dokter vindt het lichaam van zijn schoonvader. Op de muur staat in bloed het woord "Theef". Mulder verdenkt dat de familie geteisterd wordt door hekserij.
154	15	En Ami	Rob Bowman	William B. Davis	19 maart 2000
Een kleine jongen geneest tot Scully's verbazing van een zware kankervorm en dit terwijl er geen enkele medische behandeling werd uitgevoerd omwille van het strenge geloof van diens ouders. De "Cigarette Smoking Man" wil Scully de waarheid achter de genezing uitleggen en beweert dat er een medicijn bestaat dat alle menselijke ziekten kan genezen.
155	16	Chimera	Cliff Bole	David Amann	2 april 2000
In een klein dorpje is een vrouw vermist. Mulder neemt de zaak aan en komt tot de conclusie dat de moord werd gepleegd door een geest die men vanuit de onderwereld heeft opgeroepen.
156	17	All Things	Gillian Anderson	Gillian Anderson	9 april 2000
Terwijl Mulder in Engeland is, laat Scully zich voeren door het toeval, kans, geloof en wat er zou zijn gebeurd mocht ze getrouwd zijn met de man met wie ze een relatie had tijdens haar medische opleiding.
157	18	Brand X	Kim Manners	Steven Maeda & Greg Walker	16 april 2000
Een man heeft een aanklacht ingediend tegen een nieuw sigarettenmerk. Omdat hij nu doodsbedreigingen krijgt, staat hij onder bescherming van de FBI. Desondanks komt de man om in mysterieuze omstandigheden. Mulder en Scully achterhalen dat de sigaretten een gevaarlijk geheim met zich meedragen.
158	19	Hollywood A.D.	David Duchovny	David Duchovny	30 april 2000
Hollywood producer Wayne Federman tracht Skinner te overhalen om een film te maken over de X-files divisie. Mulder en Scully stellen zich vragen over hoe waarheidsgetrouw de film zal zijn en hoe hun personages zullen worden gebracht.
159	20	Fight Club	Paul Shapiro	Chris Carter	7 mei 2000
Mulder en Scully komen twee dubbelgangers tegen die onderling een gevecht starten. Ze worden uiteengezet en de agenten trachten te achterhalen wie ze zijn en waarom/waarover ze ruziën.
160	21	Je Souhaite	Vince Gilligan	Vince Gilligan	14 mei 2000
Mulder en Scully's komen via een man en zijn gehandicapte broer in contact met een geest die wensen werkelijkheid doet worden, maar de motieven van de geest zijn dubieus.
161	22	Requiem	Kim Manners	Chris Carter	21 mei 2000
Mulder en Scully gaan terug naar de plaats waar hun eerste onderzoek plaatsvond omdat er terug een reeks ontvoeringen zijn gebeurd. Scully wordt wegens gezondheidsproblemen van de zaak gehaald. De "Cigarette Smoking Man", op zijn sterfbed, laat Marita Covarrubias en Krycek tot bij hem komen.

Seizoen 8 (2000–2001)

Nr. serie	Nr. seizoen	Titel van aflevering	Regisseur	Schrijver(s)	Uitzenddatum
162	1	Within	Kim Manners	Chris Carter	5 november 2000
Een gespecialiseerde FBI-ploeg, onder leiding van John Doggett, tracht de vermiste Fox Mulder op te sporen. Scully wantrouwt John en start met Skinner een eigen zoektocht.
163	2	Without	Kim Manners	Chris Carter	12 november 2000
In een afgelegen school in de woestijn van Arizona worden leerlingen, Doggett, Scully, Gibson, Skinner en enkele agenten gegijzeld door een premiejager. De gijzelaas weten dat de gijzelaar onder hen is, maar hebben geen idee wie dit juist is. Mulder lijkt zich te bevinden in een ruimteschip waar experimenten op hem worden uitgevoerd.
164	3	Patience	Chris Carter	Chris Carter	19 november 2000
Nu Mulder verdwenen is, neemt John Dogget zijn plaats in en wordt daardoor de nieuwe partner van Scully in de X-files divisie. Ze onderzoeken een reeks gruwelijke moorden die door een vleermuisachtige creatuur werden gepleegd.
165	4	Roadrunners	Rod Hardy	Vince Gilligan	26 november 2000
Scully achtervolgt een sekte welke een slijmachtig organisme aanbidt.
166	5	Invocation	Richard Compton	David Amann	3 december 2000
Een kleine jongen, die tien jaar eerder werd ontvoerd, daagt plots terug op zonder enige vorm van veroudering. De zaak brengt bij Doggett een pijnlijke herinnering naar boven en hij verdenkt de jongen ervan niet de persoon is die hij beweert te zijn.
167	6	Redrum	Peter Markle	Daniel Arkin & Steven Maeda	10 december 2000
Een advocaat en vriend van Doggett wordt verdacht van de moord op zijn vrouw.
168	7	Via Negativa	Tony Wharmby	Frank Spotnitz	17 december 2000
Doggett en Skinner trachten een religieuze sekteleider te doen stoppen met het verspreiden van preken die aanzetten tot religieuze moorden. Scully neemt enige tijd verlof nu ze in de beginfase van haar zwangerschap zit.
169	8	Surekill	Terrence O'Hara	Greg Walker	7 januari 2001
Een vastgoedmakerlaar schiet zichzelf dood in een betonnen gevangeniscel. Dogget concludeert dat er veel meer aan de hand is dan een ogenschijnlijke zelfmoord.
170	9	Salvage	Rod Hardy	Jeffrey Bell	14 januari 2001
Doggett en Scully vinden een dode man die toch nog leeft: het blijkt een metalen persoon te zijn die wraak wil nemen op de persoon die hem creëerde.
171	10	Badlaa	Tony Wharmby	John Shiban	21 januari 2001
Een mysterieuze man, die zichzelf uit India heeft gesmokkeld, terroriseert twee families in Washington, D.C. en tracht hen uit te roeien. Scully tracht de vreemde gebeurtenissen te behandelen door erin te geloven zoals Mulder deed, maar komt tot de conclusie dat dit niet zo eenvoudig is.
172	11	The Gift	Kim Manners	Frank Spotnitz	4 februari 2001
Dogget heropent een zaak over een "zieleneter" welke Mulder verborgen hield voor Scully. Dogget hoopt hiermee de waarheid achter de ontvoering op Mulder te bewijzen.
173	12	Medusa	Richard Compton	Frank Spotnitz	11 februari 2001
Dogget onderzoekt vreemde sterfgevallen in de ondergrondse metrotunnels van Boston. Scully moet de uitbaters van de metro ervan overtuigen het metroverkeer voorlopig stil te laten leggen, iets waar zij geen oren naar hebben.
174	13	Per Manum	Kim Manners	Chris Carter & Frank Spotnitz	18 februari 2001
Scully ontmoet enkele vrouwen die beweerden zwanger te zijn geworden nadat ze werden ontvoerd door buitenaardse wezens. De baby’s werden niet op natuurlijke wijze verwekt, maar er werden buitenaardse bevruchte eicellen bij hen ingeplant of hun eigen cellen werden bevrucht met buitenaards sperma.
175	14	This Is Not Happening	Kim Manners	Chris Carter & Frank Spotnitz	25 februari 2001
Dogget schakelt de hulp in van FBI agent Monica Reyes betreffende het Mulder-dossier. Tegelijkertijd duikt een groep mensen op die eerder op hetzelfde tijdstip werden ontvoerd door wellicht buitenaardsen. Allen van hen zijn gestorven. Onder de slachtoffers vindt men Mulder.
176	15	Deadalive	Tony Wharmby	Chris Carter & Frank Spotnitz	1 april 2001
Drie maanden na de begrafenis van Mulder verrijst een dode ontvoerde persoon. Scully hoopt hierdoor een manier te vinden om Mulder ook te laten verrijzen. Ook Alex Krycek stelt Skinner een smerig voorstel voor waarin ook hij beweert Mulder terug onder de levenden te krijgen.
177	16	Three Words	Tony Wharmby	Chris Carter & Frank Spotnitz	8 april 2001
Mulder zet een geheim onderzoek op: een man werd neergeschoten bij het Witte Huis omdat hij de president wou waarschuwen voor een buitenaardse invasie en kolonisatie.
178	17	Empedocles	Barry K. Thomas	Greg Walker	22 april 2001
Reyes overtuigt Mulder om op zoek te gaan naar de moordenaar van Doggetts zoon. Dit leidt tot een schermutseling tussen Mulder en Doggett.
179	18	Vienen	Rod Hardy	Steven Maeda	29 april 2001
Mulder en Doggett onderzoeken de dood van arbeiders op een olieboorplatform. Mulder is overtuigd dat het opgepompte olie een buitenaardse oorsprong heeft.
180	19	Alone	Frank Spotnitz	Frank Spotnitz	6 mei 2001
Nu Scully op zwangerschapsverlof is, wordt Layla Harrison de tijdelijke partner van Doggett. Zij blijkt alles te weten over de X-files. Wanneer Harrison en Doggett spoorloos zijn, negeert Mulder zijn orders om hen te zoeken.
181	20	Essence	Kim Manners	Chris Carter	13 mei 2001
Mulder, Skinner en Doggett achterhalen de vreselijke gevolgen van het pact tussen het "Syndicate" en de aliens: een hybride tracht nu alle bewijzen en testen te vernietigen, waartoe ook de veel te vroeg geboren baby van Scully behoort.
182	21	Existence	Kim Manners	Chris Carter	20 mei 2001
Mulder, Doggett en Skinner proberen de buitenaardse replicaties tegen te houden nu zij hun samenzwering met de FBI bekend willen maken. Scully gaat naar een ver afgelegen locatie om te schuilen, maar Reyes achterhaalt dat zij daar niet veilig is.

Seizoen 9 (2001–2002)

Nr. serie	Nr. seizoen	Titel van aflevering	Regisseur	Schrijver(s)	Uitzenddatum
183	1	Nothing Important Happened Today	Kim Manners	Chris Carter & Frank Spotnitz	11 november 2001
John Doggett start een onderzoek naar Deputy Director Alvin Kersh en een zoektocht naar Fox Mulder.
184	2	Nothing Important Happened Today II	Tony Wharmby	Chris Carter & Frank Spotnitz	18 november 2001
Shannon McMahon, die voorheen met Doggett bij de marine samenwerkte, beweert dat ze een "super soldaat" is. Dit leidt hem naar een oorlogsschip waar in een verborgen laboratorium geheime testen worden uitgevoerd.
185	3	Dæmonicus	Frank Spotnitz	Frank Spotnitz	2 december 2001
Dana Scully geeft nu les op de Quantico Training Academy. Dogget en Monica Reyes onderzoeken hun eerste gezamenlijke X-file: een reeks van satanische rituele moorden.
186	4	4-D	Tony Wharmby	Steven Maeda	9 december 2001
Een gemene moordenaar bedreigt Dogget en Reyes en is dan plots spoorloos verdwenen. Dogget blijkt dan neergeschoten te zijn met de revolver van Reyes.
187	5	Lord of the Flies	Kim Manners	Thomas Schnauz	16 december 2001
Een tienerjongen sterft tijdens een waaghalzerij die hij wou filmen en opsturen naar een televisieprogramma. De stunt blijkt niet de doodsoorzaak te zijn, maar de dood is veroorzaakt door een familiegeheim.
188	6	Trust No. 1	Tony Wharmby	Chris Carter & Frank Spotnitz	6 januari 2002
Scully haar hoop om Mulder te vinden wordt groter nadat ze van een vreemde man informatie ontvangt waar Mulder zich zou verbergen. Maar is de man wel te betrouwen en brengt hij Mulder niet in nog meer gevaar?
189	7	John Doe	Michelle MacLaren	Vince Gilligan	13 januari 2002
Dogget zit in Mexico, maar heeft geen idee wie hij is en geen enkele herinnering over zijn verleden. Hij tracht uit te vissen wie hij is en welk complot dit heeft veroorzaakt. In de Verenigde Staten starten Scully en Reyers een zoektocht naar Dogget.
190	8	Hellbound	Kim Manners	David Amann	27 januari 2002
Reyes neemt leiding in een zaak waar een man levend werd gevild en dit heeft overleefd.
191	9	Provenance	Kim Manners	Chris Carter & Frank Spotnitz	3 maart 2002
Wanneer onderdelen van een ruimtetuig opduiken, tracht de FBI hun onderzoek en de X-files te verbergen. Scully dient drastische maatregelen te ondernemen wanneer ze ontdekt dat haar zoon William wordt bedreigd.
192	10	Providence	Chris Carter	Chris Carter & Frank Spotnitz	10 maart 2002
Scully wantrouwt Skinner en Folmer en zet haar eigen zoektocht op omtrent de verdwijning van William. Daarbij krijgt ze hulp van Reyes en "The Lone Gunmen".
193	11	Audrey Pauley	Kim Manners	Steven Maeda	17 maart 2002
Reyes ontwaakt in een surrealistisch ziekenhuis uit coma nadat ze door een wagen werd aangereden. Een andere patiënt beweert dat ze zich bevinden in een wachtkamer van de dood. Reyes is er zeker van dat ze zichzelf uit coma heeft gehaald omdat ze dacht dat men organen wou afnemen.
194	12	Underneath	John Shiban	John Shiban	31 maart 2002
Doggett tracht een fout te vinden in het DNA (Desoxyribonucleïnezuur) van "Screwdriver Killer" om zo te kunnen bewijzen hoe hij nu is ontsnapt. Dogget had de Screwdriver Killer 13 jaar eerder bijna betrapt en gevat.
195	13	Improbable	Chris Carter	Chris Carter	7 april 2002
Scully en Reyes trachten een seriemoordenaar te vatten. Daarvoor moeten ze vertrouwen stellen in hun krachten van verleiding en de hulp van een mysterieuze kaartspeler.
196	14	Scary Monsters	Dwight Little	Thomas Schnauz	14 april 2002
Leyla Harrison, Reyes en Doggett rijden naar een bergketen waar een vrouw zelfmoord pleegde door zichzelf herhaaldelijk te steken. Haar man weigert dat ook maar iemand hun zoon ziet of spreekt.
197	15	Jump the Shark	Cliff Bole	Vince Gilligan, John Shiban & Frank Spotnitz	21 april 2002
Morris Fletcher benadert de leden van de X-files met informatie over de "Super Soldiers". Daarop gaan zij naar "The Lone Gunmen". Zij wisten al van een plot over bio-terroristen via de mysterieuze Yves Adele Harlow.
198	16	William	David Duchovny	Chris Carter, David Duchovny & Frank Spotnitz	28 april 2002
Een vreemde, mismaakte man biedt zich aan op het kantoor van de X-files. Scully voert een DNA (Desoxyribonucleïnezuur)-test uit en is verrast dat er overeenkomsten zijn met het DNA van William.
199	17	Release	Kim Manners	David Amann & John Shiban	5 mei 2002
Een student van Scully blijkt een expert te zijn in het profileren van seriemoordenaars. Door zijn toedoen wordt het dossier betreffende de moord op Doggetts zoon Luke heropent.
200	18	Sunshine Days	Vince Gilligan	Vince Gilligan	12 mei 2002
Doggett, Reyes, Scully en Skinner onderzoeken een bizarre moord. Hoofdverdachte is Oliver Martin die een ongewone obsessie heeft voor de sitcom "The Brady Bunch".
201 & 202	19 & 20	The Truth	Kim Manners	Chris Carter	19 mei 2002
Na een jaar ontdekken Skinner en Scully dat Mulder werd opgepakt voor de moord op Knowle Rohrer. Hij is een hooggeplaatste militair die werkt voor het geheime "Super Soldiers" project. Met hulp van Skinner, Reyes, Dogget, Scully en Alvin Kersh kan Mulder ontsnappen. Hij en Scully vluchten naar New Mexico waar zwarte helicopters een Anasazi-nederzetting vernielen. Bij hen is de "Cigarette Smoking Man".

Film: The X-Files: I Want to Believe (2008)

• The X-Files: I Want to Believe

Seizoen 10 (2016)

Nr. serie	Nr. seizoen	Titel van aflevering	Regisseur	Schrijver(s)	Uitzenddatum
203	1	My Struggle	Chris Carter	Chris Carter	24 januari 2016
Veertien jaar later krijgt Mulder telefoon van Scully om een zaak te onderzoeken van een vrouw die beweert destijds bij elke zwangerschap te zijn ontvoerd door buitenaardse wezens en waarbij haar embryo's werden afgenomen. De zaak kwam aan het licht via Tad O'Malley, die een eigen internetvideokanaal heeft. Hij brengt Mulder ook bij een vliegtuig dat zichzelf onzichtbaar kan maken en buitenaardse technologie bevat. Mulder begrijpt eindelijk dat alle ontvoeringen niet door buitenaardsen werd gedaan, maar door deze groep van mensen. Wanneer alles openbaar dreigt gemaakt te worden, verdwijnen de vrouw en Tad. Het vliegtuig wordt vernietigd door het leger. De "Cigarette Smoking Man" ontvangt een telefoontje met melding dat "The X-files" zijn heropend.
204	2	Founder's Mutation	James Wong	James Wong	25 januari 2016
Dokter Sanjay pleegt zelfmoord nadat hij plots een oorverdovende tinnitus krijgt. Mulder en Scully onderzoeken de zaak en komen terecht in een laboratorium met kinderen die elk een andere zeer zware afwijking hebben.
205	3	Mulder and Scully Meet the Were-Monster	Darin Morgan	Darin Morgan	1 februari 2016
Mulder is zijn geloof in het buitenaardse en het bovennatuurlijke kwijt. Hij en Scully worden op een zaak gezet van moorden waarbij de keel van het slachtoffer werd overgebeten. Volgens getuigen was de dader een hagedisachtig wezen met menselijke trekken. Alles lijkt erop dat een man transformeert in een hagedis en dan een moord pleegt. Er wordt een verdachte opgepakt, maar deze beweert een hagedis te zijn die af en toe in een mens verandert en dat hij op het punt staat om een winterslaap te nemen van 10.000 jaar. Verder ontkent hij de moorden. Nadat de echte moordenaar wordt opgepakt, is Mulder de enige getuige hoe zijn eerste verdachte muteert van mens naar hagedis waardoor zijn geloof in het buitenaardse en bovennatuurlijke is hersteld.
206	4	Home Again	Glen Morgan	Glen Morgan	8 februari 2016
In Philadelphia heeft het gemeentebestuur beslist dat daklozen niet langer meer op straat mogen leven. Daarom worden ze momenteel overgebracht naar een lokaal ziekenhuis. De straatartiest Trashman neemt het op voor de daklozen. Hij boetseert voor hen het beeld de "Band-Aid Nose Man", maar het beeld verandert in een tulpa en komt tot leven. Het verscheurt iedereen die meewerkt aan de opruiming en kan zich verbergen als beschildering op een doek of muur. Scully's moeder krijgt een hartaanval en overlijdt. Dit brengt Scully emotioneel in de war en doet haar denken aan haar kind William dat ze afstond ter adoptie.
207	5	Babylon	Chris Carter	Chris Carter	15 februari 2016
Een moslimextremist overleeft een aanslag met zijn bomgordel, maar is in een soort van hersendode toestand. Agenten Einstein en Miller vragen Scully en Mulder of er een manier is om met de man te communiceren. Scully doet een test met een EEG waarop de man lijkt te reageren. Mulder neemt paddo's in, niet wetende dat Miller hem placebo's gaf. Toch krijgt hij een visioen waarin hij onder andere "The Lone Gunmen", de "Cigarette Smoking Man" en Skinner ontmoet. Ook ziet hij een vrouw die de terrorist omhelst. De terrorist zegt enkele woorden in het Arabisch. De volgende dag blijkt de vrouw de moeder van de terrorist te zijn. Mulder herinnert zich de Arabische woorden. Dit leidt hen naar een hotel waar moslimextremisten hun volgende aanslag aan het voorbereiden zijn.
208	6	My Struggle II	Chris Carter	Chris Carter, Dr. Margaret Fearon & Dr. Anne Simon	22 februari 2016
Op enkele uren tijd heeft zowat de complete bevolking griepachtige symptomen en neemt het aantal overlijdens daardoor spectaculair toe. Mulder is spoorloos, maar agent Miller kan hem tot bij de "Cigarette Smoking Man" traceren. Scully krijgt bericht van Monica Reyes. Zij verzorgt de Cigarette Smoking Man. Volgens haar heeft hij een chemtrail verspreidt die het immuunsysteem van mensen uitschakelt. Slechts enkelen zullen overleven, waaronder de Cigarette Smoking Man, Monica en Scully. Reden is dat hun DNA (Desoxyribonucleïnezuur) ooit gemodificeerd werd met buitenaards DNA dat resistent is tegen de chemtrail. Scully ontwikkelt met behulp van haar DNA een medicijn en wil dit toedienen aan de ondertussen ziek geworden Mulder, die dankzij Miller uit het huis van de Cigarette Smoking Man werd meegenomen. Scully vreest dat er te weinig van het medicijn is om Mulder te redden en dat ze stamcellen nodig hebben. De enige persoon die deze stamcellen kan leveren, is hun zoon William waarvan niet geweten is waar deze zich bevindt. Dan verschijnt er boven hen een UFO (Unidentified flying object) die een blauwe straal op Scully richt. De aftiteling start daarop.

Seizoen 11 (2018)

Nr. serie	Nr. seizoen	Titel van aflevering	Regisseur	Schrijver(s)	Uitzenddatum
209	1	My Struggle III	Chris Carter	Chris Carter	3 januari 2018
Scully is na een beroerte in het ziekenhuis opgenomen. Daar heeft zij een visioen waarbij zij, William en Mulders zoon betrokken zijn. Mulder gaat op onderzoek uit en kruist onopzettelijk paden met de voormalige leden van het "Syndicate", de heer Y en Erika Price, wiens missie het is om het universum te koloniseren. Walter Skinner wordt vastgehouden door Monica Reyes en de "Cigarette Smoking Man", die bescherming biedt tegen de komende oorlog tussen de mensheid en buitenaardsen. Skinner lijkt alleen geïnteresseerd in het helpen van Mulder en Scully, door op zoek te gaan naar William. De Cigarette Smoking Man onthult dat hij William verwekte door zijn DNA (Desoxyribonucleïnezuur) te verbinden met buitenaardse wezens en Scully te impregneren.
210	2	This	Glen Morgan	Glen Morgan	10 januari 2018
Mulder en Scully worden benaderd door het virtuele bewustzijn van Richard Langly, dat deel uitmaakt van een NSA-simulatie die is ontworpen om tot leven te komen wanneer deelnemers sterven. Langly vraagt zijn vrienden het programma te sluiten omdat de entiteiten daar digitale slaven zijn geworden en hun ideeën worden geoogst. Mulder ontdekt dat Erika Price verantwoordelijk is voor de simulatie en deze gebruikt om haar eigen agenda te ondersteunen. Hij koopt Scully enige tijd, die erin slaagt de servers van de simulatie uit te schakelen, die later niet kunnen worden gevonden zodra een FBI-team terugkeert om te onderzoeken.
211	3	Plus One	Kevin Hooks	Chris Carter	17 januari 2018
Een stortvloed aan doden, waarbij de slachtoffers geplaagd worden door hun eigen dubbelgangers, leiden Mulder en Scully naar de Poundstone-tweeling die een gevaarlijk spel spelen.
212	4	The Lost Art of Forehead Sweat	Darin Morgan	Darin Morgan	24 januari 2018
Mulder en Scully komen in contact met Reggie die beweert ooit te hebben samengewerkt met Mulder tot aan de dag dat Scully bij de X-files kwam. Volgens hem bouwen de ruimtewezens een muur in het heelal waardoor de mensheid hen nooit zal ontdekken.
213	5	Ghouli	James Wong	James Wong	31 januari 2018
Wanneer een stel tiener meisjes elkaar aanvallen, de een van de ander gelovend dat zij een monster is, ontdekken Mulder en Scully dat hun onderzoek hen misschien leidt naar William.
214	6	Kitten	Carol Banker	Gabe Rotter	7 februari 2018
Tijdens de Vietnam-oorlog was Skinner lid van een eenheid die een kist met onbekende inhoud moest transporteren. Wanneer de kist beschadigd raakt, komt er een groene hallucinerende damp uit waardoor inhaleerders monsters zien. Nu is Skinner plots vermist. Het onderzoek leidt naar de zoon van een voormalig lid van die eenheid diedodelijke vallen heeft geplaatst rondom zijn huis.
215	7	Rm9sbG93ZXJz	Glen Morgan	Shannon Hamblin & Kristen Cloke	28 februari 2018
In een wereld met altijd voortgaande automatisatie en toenemende kunstmatige intelligentie, belanden Mulder en Scully in een dodelijk kat-en-muisspel.
216	8	Familiar	Holly Benjamin	Benjamin Van Allen	7 maart 2018
Mulder en Scully onderzoeken een beestachtige aanval op een klein jongetje in Connecticut.
217	9	Nothing Lasts Forever	James Wong	Karen Nielsen	14 maart 2018
Tijdens een onderzoek naar gestolen menselijke organen, ontdekken Mulder en Scully een mysterieuze sekte die is doordrongen van macabere rituelen..
218	10	My Struggle IV	-	-	21 maart 2018
Mulder en Scully haasten zich om een op de vlucht zijnde William te vinden terwijl de "Cigarette Smoking Man" vastbesloten doorgaat met zijn ultieme plan. Mulder achterhaalt dat hij niet de vader is van William.