La saga dell'isola del cielo è la terza grande saga della serie. Narra le avventure dei Pirati di Cappello di paglia a Jaya e a Skypiea, una terra misteriosa che si trova oltre le nuvole. Una volta raggiunto questo luogo leggendario rimangono coinvolti in una battaglia tra il dio Ener e i guerrieri Shandia.
Nel frattempo il Governo Mondiale cerca un sostituto per rimpiazzare Crocodile. Altrove Shanks e Barbabianca si incontrano faccia a faccia.
Saghe contenute
- Saga dell'isola delle capre (filler)
- Anime: 2002
- Saga della nebbia color arcobaleno (filler)
- Anime: 2003
- Saga di Jaya
- Manga: 2002
- Anime: 2003
- Saga di Skypiea
- Manga: 2002-2004
- Anime: 2003-2004
- Saga di Navarone (filler)
- Anime: 2004