аЯрЁБс > ўџ , ўџџџ џџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџ§џџџ/
! " # $ % & ' ( ) * + ўџџџўџџџ. ўџџџўџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџ R џџџџџџџџ Р F Є>e/Ю- Р W o r k b o o k џџџџџџџџ жS S u m m a r y I n f o r m a t i o n ( џџџџ Ь D o c u m e n t S u m m a r y I n f o r m a t i o n 8 џџџџџџџџџџџџ ХTЬ с АС т \ p
Jeremy Miller B Аa = Џ М = hJL;8 є@ " З к 1 Ш џ C Verdana1 Ш џМ C Verdana1 Ш џ C Verdana1 Ш џМ C Verdana1 Ш џ C Verdana1 Ш џМ C Verdana1 џ C Verdana1 Ш џ C Verdana1 № џ C Times New Roman1 № џМ C Times New Roman1 Ш C Verdana1 Ш = C Verdana "$"#,##0_);\("$"#,##0\) ! "$"#,##0_);[Red]\("$"#,##0\) " "$"#,##0.00_);\("$"#,##0.00\) ' " "$"#,##0.00_);[Red]\("$"#,##0.00\) 7 * 2 _("$"* #,##0_);_("$"* \(#,##0\);_("$"* "-"_);_(@_) . ) ) _(* #,##0_);_(* \(#,##0\);_(* "-"_);_(@_) ? , : _("$"* #,##0.00_);_("$"* \(#,##0.00\);_("$"* "-"??_);_(@_) 6 + 1 _(* #,##0.00_);_(* \(#,##0.00\);_(* "-"??_);_(@_) Є 0.0E+00 Ѕ 0.0р ѕџ Р р ѕџ є Р р ѕџ є Р р ѕџ є Р р ѕџ є Р р ѕџ є Р р ѕџ є Р р ѕџ є Р р ѕџ є Р р ѕџ є Р р ѕџ є Р р ѕџ є Р р ѕџ є Р р ѕџ є Р р ѕџ є Р р Р р + ѕџ ј Р р ) ѕџ ј Р р , ѕџ ј Р р * ѕџ ј Р р єџ є Р р єџ є Р р ѕџ ј Р р Є " Р р " Р р " Р р " Р р Р р " Р р " Р р " Р р Ѕ " Р р Р р " Р р Р р " 8 @ Р р Є " Р р " Р р ! Р р
( Р џ џ џ џ џ џ џ џ т 8 џџџ н З д ќѓ ђ Ћъ d q: F Ѕ РРР cЊў н-2 џѕ NтW gџ ўЇF SW ЂН cЊў н-2 џѕ NтW gџ ўЇF SW ЂН Ьџ Ьџџ ЬџЬ џџ Ьџ џЬ Ьџ џЬ 3fџ 3ЬЬ Ь џЬ џ џf ff 3f 3f 3 33 3 3f 33 333 \ џџџ `
> Supplementary Table 1
R Table Legend С С рЎ ќ У
и + Ѕ S u p p l e m e n t a r y T a b l e 1 : P h e n o t y p i c i n f o r m a t i o n f o r e a c h s u b j e c t u s e d i n t h i s s t u d y . C o l u m n l a b e l s a r e s e l f - e x p l a n a t o r y . N A i n d i c a t e s t h a t a p i e c e o f i n f o r m a t i o n w a s n o t a v a i l a b l e . " N / A " i n a R I N c o l u m n i n d i c a t e s t h a t t h e b i o a n a l y z e r a s s i g n e d t h a t s a m p l e a v a l u e o f " N / A " . S a m p l e s u n d e r l i n e d w e r e u s e d i n q R T - P C R v a l i d a t i o n s f o r r e g i o n a n d d i s e a s e s t a t e . S a m p l e s i n b o l d w e r e u s e d f o r q R T - P C R v a l i d a t i o n s o f g e n e s c h a n g i n g e x p r e s s i o n w i t h B r a a k s t a g e i n c o n t r o l s , b o t h f o r f r o n t a l c o r t e x a n d h i p p o c a m p u s ( w i t h t h e e x c e p t i o n t h a t 1 7 6 1 w a s o n l y u s e d i n t h e f r o n t a l c o r t e x v a l i d a t i o n a n d 1 5 6 3 w a s o n l y u s e d i n t h e h i p p o c a m p u s v a l i d a t i o n ) . S a m p l e s w i t h n u m b e r s > 3 0 0 0 ( a n d l a b e l e d " V " i n t h e " T i s s u e C e n t e r " c o l u m n ) w e r e o b t a i n e d f r o m t h e H u m a n B r a i n a n d S p i n a l F l u i d R e s o u r c e C e n t e r , w h i l e a l l o t h e r s a m p l e s w e r e f r o m t h e O r e g o n A l z h e i m e r s D i s e a s e C e n t e r ( l a b e l e d " O " i n t h e " T i s s u e C e n t e r " c o l u m n ) . N o t e t h a t f o r s u b j e c t s 9 9 3 , 1 5 8 0 , a n d 4 1 4 9 t h e C A 3 , C A 1 , a n d C A 3 s a m p l e s , r e s p e c t i v e l y , w e r e r e m o v e d f r o m t h e a n a l y s i s a t t h e q u a l i t y c o n t r o l s t e p . N o t e t h a t A P O E g e n o t y p e a n d d i s e a s e d u r a t i o n m e a s u r e s w e r e a v a i l a b l e f o r m o s t s a m p l e s o b t a i n e d f r o m t h e O r e g o n A l z h e i m e r s D i s e a s e C e n t e r . R Control Braak APOE Sample Gender Age PMI Plaques Stage genotype (#) (M/F) (yrs) (hrs) (0-3) (0-6) (alleles) M 2,3 3,3 F NA 3,4 Average: StDev: AD Disease Duration 4,4 T-test
(p-values) ---( Additional controls for qRT-PCR analysis Tissue Center (Abbr.) O V RIN (CA1) (CA3) N/Aџ * Q Пџл й ПџQ
љ V
Пџі Б
ПџxПџЕ` ш ш ш Пџ Pd№ _ј e d А ш Пџ` АЁ,ПџP ш АЁ ПџP h iР g o c a X№ А Аъ\Пџ љПџа ш ш ^ зПџр PFќзШ Hїј JS E №Пџр џџџџ вПџр JeP _їђАПџ ш ПџyПџz ш Пџ |Єў"ПџP X№ ПџxПџ` P]и Jq ЪОИПџ` ЪОШПџxПџpПџz| P[Пџ CА P]и Jq ЪОИПџ а Jq ЪП\ПџАПџЕ` NЖLПџаПџАї }ЬПџxПџ: \ Пџ0Пџ№§n Ђ`РЪП\Пџ№ CА Jq JqПџ ПџА} ўJ CА Пџ` \ Jf NЖL &Пџ0љЂp E №Пџ0Пџ ЈQ HїPПџ CА ?Пџx CА NЖL E № Pd№ А Аъ\Пџ џџАъЌ $Пџї HїрПџx Пџ` NЖL E №Пџ| љ Пџ~
ш ПџyПџz ш ПџаПџP _ј EZПџ Пџ~
ш ПџyПџz ш Пџ0 Р ' X№ P[ шПџ0 Пџ џџџПџ@ Ђ]H Пџ`Пџ~
ш Пџy С ПџxПџр Јw( Пџ Ј2ј Пџр CА HїP E №ПџрПџ~ЈV№ ш
ПџxПџрПџzПџx HїPПџр Ё Пџ{ HїјПџ} E №Пџ
ХTЬ 4 Д1 8E
R
d ќЉёвMbP?_ * + % С M 4
com.apple.print.PageFormat.PMHorizontalRes
com.apple.print.ticket.creator
com.apple.jobticket
com.apple.print.ticket.itemArray
com.apple.print.PageFormat.PMHorizontalRes
300
com.apple.print.ticket.stateFlag
0
com.apple.print.PageFormat.PMOrientation
com.apple.print.ticket.creator
com.apple.jobticket
com.apple.print.ticket.itemArray
com.apple.print.PageFormat.PMOrientation
1
com.apple.print.ticket.stateFlag
0
com.apple.print.PageFormat.PMScaling
com.apple.print.ticket.creator
com.apple.jobticket
com.apple.print.ticket.itemArray
com.apple.print.PageFormat.PMScaling
1
com.apple.print.ticket.stateFlag
0
com.apple.print.PageFormat.PMVerticalRes
com.apple.print.ticket.creator
com.apple.jobticket
com.apple.print.ticket.itemArray
com.apple.print.PageFormat.PMVerticalRes
300
com.apple.print.ticket.stateFlag
0
com.apple.print.PageFormat.PMVerticalScaling
com.apple.print.ticket.creator
com.apple.jobticket
com.apple.print.ticket.itemArray
com.apple.print.PageFormat.PMVerticalScaling
1
com.apple.print.ticket.stateFlag
0
com.apple.print.subTicket.paper_info_ticket
PMPPDPaperCodeName
com.apple.print.ticket.creator
com.apple.jobticket
com.apple.print.ticket.itemArray
PMPPDPaperCodeName
Letter
com.apple.print.ticket.stateFlag
0
PMTiogaPaperName
com.apple.print.ticket.creator
com.apple.jobticket
com.apple.print.ticket.itemArray
PMTiogaPaperName
na-letter
com.apple.print.ticket.stateFlag
0
com.apple.print.PageFormat.PMAdjustedPageRect
com.apple.print.ticket.creator
com.apple.jobticket
com.apple.print.ticket.itemArray
com.apple.print.PageFormat.PMAdjustedPageRect
0.0
0.0
3058.3333333333335
2400
com.apple.print.ticket.stateFlag
0
com.apple.print.PageFormat.PMAdjustedPaperRect
com.apple.print.ticket.creator
com.apple.jobticket
com.apple.print.ticket.itemArray
com.apple.print.PageFormat.PMAdjustedPaperRect
-75
-75
3225.0000000000005
2475
com.apple.print.ticket.stateFlag
0
com.apple.print.PaperInfo.PMPaperName
com.apple.print.ticket.creator
com.apple.jobticket
com.apple.print.ticket.itemArray
com.apple.print.PaperInfo.PMPaperName
na-letter
com.apple.print.ticket.stateFlag
0
com.apple.print.PaperInfo.PMUnadjustedPageRect
com.apple.print.ticket.creator
com.apple.jobticket
com.apple.print.ticket.itemArray
com.apple.print.PaperInfo.PMUnadjustedPageRect
0.0
0.0
734
576
com.apple.print.ticket.stateFlag
0
com.apple.print.PaperInfo.PMUnadjustedPaperRect
com.apple.print.ticket.creator
com.apple.jobticket
com.apple.print.ticket.itemArray
com.apple.print.PaperInfo.PMUnadjustedPaperRect
-18
-18
774
594
com.apple.print.ticket.stateFlag
0
com.apple.print.PaperInfo.ppd.PMPaperName
com.apple.print.ticket.creator
com.apple.jobticket
com.apple.print.ticket.itemArray
com.apple.print.PaperInfo.ppd.PMPaperName
US Letter
com.apple.print.ticket.stateFlag
0
com.apple.print.ticket.APIVersion
00.20
com.apple.print.ticket.type
com.apple.print.PaperInfoTicket
com.apple.print.ticket.APIVersion
00.20
com.apple.print.ticket.type
com.apple.print.PageFormatTicket
M z ,, ѓ `џЕџЕ Ћg(ќ H H и( d џ h Ё " d ќџќџ р? р? U
} } } } I } } $ } $ } }
I 4
@ "@ P "@ мЯ rp .D iT tE "@
e i a
H $@
(@
@
а
o
А
"
№@
"@
А
`
рС
p §
О §
§
§
" §
§
§
§
§
§
§
§
# §
' §
'
§
§
§
§
§
§
§
§
$ §
( §
)
~
`@§
Н @U@ @ №? @ §
§
% Н @ P@ ~
№@§
Н РR@ @ №? §
§
% Н 0@ @ ~
@§
Н V@ 7@ @ §
§
% Н 0@ @
@ ~
@§
~
Q@§
Н №? №? §
§
% Н 0@ @ ~
Ј@§
Н V@ @ №? §
§
% Н Р@ а@ ~
@§
Н РT@ @ №? §
§
% Н p@ p@ ~
@§
Н ЎР@ 2@ №? @ §
§
% ~
@§
* ~
Є@§
Н
@T@ @ №? @ §
§
% ~
@§
* ~
а@§
Н V@ @ №? §
§
% Н
@ 0@ ~
р@§
Н @R@ @ №? @ §
§
% Н a@ 0@ ~
@§
Н
R@ @ №? @ §
§
% Н
`@ А@ ~
@§
Н U@ 8@ №? №? §
§
% Н а@ А@ ~
8@§
Н V@ ,@ §
§
§
§
& Н @ @ ~
@§
Н U@ +@ §
§
§
§
& Н ~@ `x@ ~
І@§
Н R@ ,@ §
§
§
§
& Н @ @ ~
Ў@§
Н T@ %@ §
§
§
§
& Н А@ @ §
~
ц? # iT@ §
% РРB # %@ џ
% РРB # ЋЊЊЊЊЊт? џ
% РРB # ј? џ
% РРB лЖmлЖm@§
% # fffff&@ +
џ
% РРB # ЗmлЖmл@ џ
% Р РB
§
@С,>Ѓо? # ееѕJ@ џ
% РРB # ТЏ<@ џ
% РРB # ;ІKzр? џ
% РРB # н:Мщ!Жр? џ
% РРB c/^ж?§
% # ,уЏ@qї? џ
% РРB # |ЖЫ&№? ў
% Р РB
О О
§
О ! ! §
§
§
" §
О
! !
§
§
§
§
§
§
§
§
# §
§
' §
' §
§
§
§
§
§
§
§
$ §
§
( §
) ~
@§
Н @T@ (@ @ @ §
! §
% Н &@ @
@
~
и@§
Н V@ @ @ @ §
§
% §
Н №@ @
~
№@§
Н РS@ @ @ @ §
§
% Н .@ р@ @
О
~
@§
Н РT@ .@ @ @ §
! §
% Н &@ А@ @
~
<@§
Н Q@ #@ @ @ §
§
% Н @ @ №@
~
8@§
Н V@ 3@ @ @ §
! §
% Н $@ А@ а@
~
@§
Н Р@ 2@ @ @ §
! §
% Н "@ @
@ @
@
з D м lJ p p z p p v v p p p z 04( f v ~ v v v ! " # @ "@ $ P "@ % мЯ & ' rp .D ( iT tE ) @ * + , i - H / 0 $@ 1 (@ 2 @
3 а~
А@§
Н @К@ @ @ @ §
! §
% Н @ `@ @
~
! @§
! Н ! \М@ @ @ @ §
! ! §
! % Н ! @ `x@ `s@
~
" А@§
" ! Н " V@ @ @ @ §
" ! §
" % Н " @ `@ @
~
# $@§
# Н # @T@ @ @ @ §
# §
# % Н # $@
@ n@
~
$ А@§
$ Н $ Q@ аЁ@ @ @ §
$ §
$ & §
$ Н $ @ №@
~
% А@§
% Н % N@ @ @ §
% §
% §
% & §
% Н % @ 0@
~
& 3А@§
& Н & P@ 8@ @ §
& §
& §
& & §
& Н & `@ @
~
' 8А@§
' Н ' R@ @ @ @ §
' §
' & §
' Н ' @ p@
~
( ;А@§
( Н ( РS@ Ј@ @ @ §
( §
( & §
( Н ( @ р@
~
) ?А@§
) Н ) T@ )@ @ @ §
) §
) ! & §
) Н ) ! @! r@
§
* * ЉаDи№р? # * UTTTTTS@ џ
% ) РРB # * ]]]]]]&@ * џ
% ) РРB # * ЕДДДДД@ * џ
% ) РРB # * UUUUUU@ * џ
% ) РРB * ЗmлЖmл
@§
* % # * #@ * џ
% ) РРB # * @ - џ
% ) Р РB # *
^]]]]]@ + џ
% )
Р
РB §
+ + ;Ё%Њ&eр? # + ъ K=`"@ * џ
% ) РРB # + МУР]@ + џ
% ) РРB # + зD}Ь;р? + џ
% ) РРB # + љ
рP6Ру? + џ
% ) РРB + їїЇц0и?§
+ % # + L 1є@ + џ
% ) РРB # + Я9ђ№? * џ
% ) Р РB # +
cњi;іoљ? *
џ
% )
Р
РB §
, # О , §
- ~
- B@ 1 - У|*л С? + џ e РРe ) РР A< 1 - ?4сQы? - џ e РРe ) РР A< 1 - $ ! јџ.а= - џ e РРe ) РР A< 1 - $ Иo+*UMц< - џ e РРe ) РР A< - $ ЊёвMbЈ?§
- % §
- % §
- % §
-
% §
/ & ! §
/ §
/ " §
0 §
0 §
0 §
0 §
0 §
0 §
0
§
0 # §
0 ' §
0 ' §
1 §
1 §
1
§
1 §
1 §
1 §
1 §
1 $ §
1 ( §
1 ) ~
2 и@§
2 Н 2 @V@ @ №? §
2 §
2 % §
2 * §
2 * ~
3 l@§
3 Н 3 T@ @ №? №? §
3 §
3 % Н 3 P@ @ 3 з * hv v v v ~ ~ ~ ~ QQ$ :* v > Ж @ Ш Ш @ + + + я 5
ХTЬ @S S
d ќЉёвMbP?_ * + % С Ё " р? р? 3U
} T
§
' з " > Ж @ Ш Ш @
ўџџџ ўџџџ
ўџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџўџ
р
ђљOhЋ +'Гй0 8 @ X p ' Jeremy Miller Jeremy Miller Microsoft Excel @ }q\Ь ўџ
еЭе. +,љЎ0 ш P X h p x
У ' UCLA Supplementary Table 1
Table Legend Worksheets ўџ џџџџ Р F Microsoft Excel Worksheet ўџџџ8FIB Excel.Sheet.8 C o m p O b j џџџџџџџџџџџџ X џџџџџџџџџџџџ џџџџџџџџџџџџ џџџџџџџџџџџџ