ChemSpider

ChemSpider je podatkovna zbirka kemikalij, ki je v lasti Kraljeve kemijske družbe (angleško Royal Society of Chemistry, RSC).^[1]^[2]^[3]^[4]^[5]^[6]^[7]^[8]^[9]

Vsebina posameznih zapisov je prosto na voljo po določilih licence Creative Commons Priznanje avtorstva-Deljenje pod enakimi pogoji,^[10] uporaba zbirke kot celote pa je omejena.

Podatkovna zbirka

Podatkovna zbirka ChemSpider vsebuje podatke za več kot 30 milijonov molekul iz več kot 450 virov podatkov, med njimi tudi:

EPA DSSTox • Food and Drug Administration (FDA) • Human Metabolome Database • Journal of Heterocyclic Chemistry • KEGG • KUMGM • LeadScope • LipidMAPS • Marinlit • MDPI • MICAD • MLSMR • MMDB • MOLI • MTDP • Nanogen • Nature Chemical Biology • NCGC • NIAID • National Institutes of Health (NIH) • NINDS Approved Drug Screening Program • NIST • NIST Chemistry WebBook • NMMLSC • NMRShiftDB • PANACHE • PCMD • PDSP • Peptides • Prous Science Drugs of the Future • QSAR • R&D Chemicals • San Diego Center for Chemical Genomics • SGCOxCompounds, SGCStoCompounds • SMID • Specs • Structural Genomics Consortium • SureChem • Synthon-Lab • Thomson Pharma • Total TOSLab Building-Blocks • UM-BBD • UPCMLD • UsefulChem • Web of Science • xPharm • ZINC.

Vsaka kemikalija ima enoznačen identifikator, ki je del pripadajočega enoličnega krajevnika vira (URL). Primer: aceton ima identifikator 175, zato je njegov URL http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.175.html.

Crowdsourcing

Podatkovno zbirko ChemSpider lahko dopolnjujejo in vzdržujejo uporabniki s svojimi prispevki.^[11] Kraljeva kemijska družba se svojim pravicam do podatkovne zbirke kljub temu ni odrekla, zato njeno kopiranje ni dovoljeno. Dovoljeno je prenašanje omejene količine podatkov, zato se podatkovne zbirke ne more prištevati k prostim oziroma odprtim podatkovnim zbirkam.^[12]

Iskanje podatkov

Za iskanje podatkov je na razpolago več sklopov.

Standardno iskanje omogoča spraševanje po sistematičnih imenih, trgovskih imenih, sinonimih in registracijskih številkah.
Napredno iskanje omogoča interaktivno iskanje kemijskih struktur in podstruktur, molekulskih formul, območja molekulskih mas, številk CAS, dobaviteljev itd. Takšno iskanje je uporabno predvsem za širjenje ali oženje že najdenih podatkov.
Iskanje struktur na mobilnih napravah omogočajo brezplačne aplikacije za operacijska sistema iOS^[13] in Android.^[14]

Sklici

↑ R. Van Noorden (2012). Chemistry's web of data expands. Nature 483 (7391): 524. doi: 10.1038/483524a.PMID 22460877.
↑ Chemical & Engineering News 85 (24). 11. junij 2007.
↑ A.J. (2008). ChemSpider and Its Expanding Web: Building a Structure-Centric Community for Chemists. Chemistry International 30 (1).
↑ A.J. Williams (2008). Public chemical compound databases. Current opinion in drug discovery & development 11 (3): 393–404. PMID 18428094.
↑ G. Brumfiel (2008). Chemists spin a web of data. Nature 453 (7192): 139. doi: 10.1038/453139a. PMID 18464701.
↑ E. Curry, A. Freitas, S. O’Riáin (2010). The Role of Community-Driven Data Curation for Enterprises. Linking Enterprise Data. D. Wood, Ed. Boston, MA: Springer US, str. 25–47.
↑ A.J. Williams (2011). Chemspider: A Platform for Crowdsourced Collaboration to Curate Data Derived from Public Compound.
↑ Databases. Collaborative Computational Technologies for Biomedical Research. str. 363. doi: 10.1002/9781118026038.ch22. ISBN 9781118026038.
↑ H.E. Pence, A. Williams (2010). ChemSpider: An Online Chemical Information Resource. Journal of Chemical Education 87 (11): 1123. doi: 10.1021/ed100697w.
↑ ChemSpider Adopts Creative Commons Licenses Arhivirano 2015-04-02 na Wayback Machine..
↑ K.M. Hettne, A.J. Williams, E.M. Van Mulligen, J. Kleinjans, V. Tkachenko, J.A. Kors (2010). Automatic vs. Manual curation of a multi-source chemical dictionary: The impact on text mining. Journal of Cheminformatics 2 (1): 3. doi: 10.1186/1758-2946-2-3. PMC 2848622.PMID 20331846.
↑ »Who Would Like to Have the Entire ChemSpider Database?«. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 24. septembra 2015. Pridobljeno 30. januarja 2015.
↑ ChemSpider.
↑ ChemSpider Mobile.

[1] R. Van Noorden (2012). Chemistry's web of data expands. Nature 483 (7391): 524. doi: 10.1038/483524a.PMID 22460877.

[2] Chemical & Engineering News 85 (24). 11. junij 2007.

[3] A.J. (2008). ChemSpider and Its Expanding Web: Building a Structure-Centric Community for Chemists. Chemistry International 30 (1).

[4] A.J. Williams (2008). Public chemical compound databases. Current opinion in drug discovery & development 11 (3): 393–404. PMID 18428094.

[5] G. Brumfiel (2008). Chemists spin a web of data. Nature 453 (7192): 139. doi: 10.1038/453139a. PMID 18464701.

[6] E. Curry, A. Freitas, S. O’Riáin (2010). The Role of Community-Driven Data Curation for Enterprises. Linking Enterprise Data. D. Wood, Ed. Boston, MA: Springer US, str. 25–47.

[7] A.J. Williams (2011). Chemspider: A Platform for Crowdsourced Collaboration to Curate Data Derived from Public Compound.

[8] Databases. Collaborative Computational Technologies for Biomedical Research. str. 363. doi: 10.1002/9781118026038.ch22. ISBN 9781118026038.

[9] H.E. Pence, A. Williams (2010). ChemSpider: An Online Chemical Information Resource. Journal of Chemical Education 87 (11): 1123. doi: 10.1021/ed100697w.

[10] ChemSpider Adopts Creative Commons Licenses Arhivirano 2015-04-02 na Wayback Machine..

[11] K.M. Hettne, A.J. Williams, E.M. Van Mulligen, J. Kleinjans, V. Tkachenko, J.A. Kors (2010). Automatic vs. Manual curation of a multi-source chemical dictionary: The impact on text mining. Journal of Cheminformatics 2 (1): 3. doi: 10.1186/1758-2946-2-3. PMC 2848622.PMID 20331846.

[12] »Who Would Like to Have the Entire ChemSpider Database?«. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 24. septembra 2015. Pridobljeno 30. januarja 2015.

[13] ChemSpider.

[14] ChemSpider Mobile.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]