Foundational Model of Anatomy
Foundational Model of Anatomy (FМА) je ontološki rečnik (model podataka, ili informacioni model u biomedicinskom inžinjeringu), kojim su definisani osnovni koncepti koji se razmatra u anatomiji. Simbolički gledano ovaj model predstavlja anatomsko oblikovanje tela, na osnovu do sada raspoloživih znanja o fenotipskoj strukturu organizma; prostorno-anatomskom strukturama pojedinih delova tela i odnosa koji čine fizički izgled jednog organizma. Sve to urađeno je uz pomoć veštačke inteligencije, semantičkog veba i softverskog inženjerstva.[1]
Foundational Model of Anatomy se, zasnovan na osnovnim principima bioinformatike, razvila je i održava ga Strukturna informatička grupe za Univerziteta u Vašingtonu.
Ontološko inženjerstvo
urediOntološko inženjerstvo u biomedicinskom inženjeringu, jedna je od oblasti projektovanja u informacionom sistemu. Ontološko inženjerstvo je disciplina koja proučava metode i metodologiju kreiranja ontologija za konkretne domene. Cilj ontološkog inženjerstva je da učini eksplicitnim znanje sadržano u softverskim aplikacijama, kao i u preduzetničkim i poslovnim procedurama za konkretne domene. Ontološko inženjerstvo u polju biomedicinskog inženjeringa je najnovija naučno-istraživačka oblast, čija se primena i istraživanje aktivno vrši u poslednjoj deceniji 21. veka. Osnovni razlog intenzivnog rada u oblasti biomedicinskih ontologija je definisanje biomedicinskih termina i koncepata odgovarajućeg domena da bi se omogućila ponovna upotreba, razmena, integracija i aplikativna primena domenskog znanja iz oblasti biomedicine.
U literaturi je pronađeno dosta primera biomedicinskih i drugih aplikativnih ontologija, koje su razvijene na osnovu formalnih, vršnih ontologija i referentnih ontologija. Primeri nekih od njih su: Aplikaciona ontologija medicine iz domena spavanja SDO (Sleep Domain Ontology), koja je razvijena korišćenjem vršne BFO (Basic Formal Ontology) ontologije i referentnih ontologija: FMA (Foundational Model of Anatomy), CPR (Computer-Based Patient Record), koja je korišćena za definisanje sistema medicinskih evidencija i OGMS (Ontology for General Medical Science), koja obezbeđuje opšti okvir fizioloških i kliničkih podataka, koji su prilikom razvoja navedene aplikativne ontologije primenjeni na oblast medicine spavanja
Definicija ontologije
urediOntologija je termin pozajmljen iz filozofije, gde ona predstavlja granu metafizike koja se bavi sistematskim objašnjenjem postojanja, prirodom i vrstom stvari ili entiteta koje egzistiraju u univerzumu. Aristotel je bio prvi filozof koji je uveo pojam ontologije u Metafizici. U njoj se ističe doprinos različitih filozofa evoluciji pojma ontologije tokom vremena:
- Ontologija je nauka postojanja svih vrsta entiteta – apstraktnih i konkretnih koji čine svet.
- Predmet ontologije je proučavanje kategorija koje postoje ili mogu postojati u nekom domenu.
Prelaskom iz filozofije ka veštačkoj inteligenciji, značenje termina ontologije se sužava, tako da ontologija predstavlja model entiteta i njihovih međusobnih interakcija generalno ili u određenom domenu znanja ili prakse. Istraživači iz oblasti veštačke inteligencije su najpre razvijali ontologije da omoguće deljenje i ponovno korišćenje znanja od strane programa i ljudi, ali su se ontologije takođe dobro pokazale i kao snažni konceptualni alat za modeliranje znanja.
Uporedo za zahtevima i razvojem veštačke inteligencije i sistema zasnovanih na znanju i definicija termin ontologija se menjao i razvijao Jedna od prvih definicija ontologije prema glasi:
| „ | “Ontologija definiše osnovne termine i relacije koji čine rečnik određene tematske oblasti (domena), kao i pravila za kombinovanje termina i relacija za definisanje proširenja rečnika domena.” Prema ovoj definiciji može se izvesti zaključak da je u procesu kreiranja ontologije potrebno definisati osnovne termine i relacije između njih, kao i pravila za izvođenje novih termina i relacija, čime se postiže proširenje rečnika domena. | ” |
Foundational Model of Anatomy kao jedna od podtipova ontologije
urediFMA je podtip referentne ontologija u okviru opšte ontologije – koja sadrži zajedničke koncepte na visokom nivou, koji su se posebno pokazali korisni za ponovnu upotrebu i deljenje, jer omogućavaju da drugi koncepti budu korektnije ili pouzdanije smešteni u ontologiju.[2]
Kao oblik referentne ontologije, FMA predstavljaju generalizaciju jednog ili više domena, koji obezbeđuju neophodan ontološki okvir za integraciju ili izvođenje različitih manjih domenskih-orijentisanih ontologija. Kao referentna biomedicinska ontologija, FMA predstavlja generalizaciju anatomskog domena.[3]
Opis
urediFoundational Model of Anatomy (FMA) kao jedan od generalizovanih anatomskih domena sadrži oko 75.000 vrsta i više od 125.000 uslova; za više od 2,1 miliona međusobno povezanih slučajeva, u više od 168 vrsta odnosa koji su međusobno povezani u FMA u koherentan simbolički model.[4]
Na osnovu ovih podataka može se reći da je Foundational Model of Anatomy, jedan od najvećih računarskih resursa znanja u biomedicini.
Izvori
uredi- ^ Rosse C, Mejino JL Jr. A reference ontology for biomedical informatics: the Foundational Model of Anatomy. J Biomed Inform. 2003 Dec;36(6):478-500.
- ^ C. Golbreich, S. Zhang, and O. Bodenreider, “The foundational model of anatomy in OWL: Experience and perspectives.,” Web Semant. Online, vol. 4, no. 3, pp. 181–195, 2006.
- ^ C. Rosse and L. V. M. Jr., “The Foundational Model of Anatomy Ontology,” Esophagus, vol. 2007, pp. 59–117, 2007.
- ^ About FMA – Contents – The Foundational Model of Anatomy
Literatura
uredi- Franklin, Joshua D and Guidry, Alicia F and Brinkley, James F (2011) A Partnership Approach for Electronic Data Capture in Small-Scale Clinical Trials. In Proceedings, Clinical Research Informatics Summit of the American Medical Informatics Association, pages 10, San Francisco, CA.
- Detwiler, Landon T and Brinkley, James F (2011) Value Sets via Ontology Views. In Proceedings, Clinical Research Informatics Summit of the American Medical Informatics Association, pages 100, San Francisco, CA.
- Nichols, Nolan and Detwiler, Landon T and Franklin, Joshua D and Brinkley, James F (2011) Distributed Queries for Quality Control Checks in Clinical Trials. In Proceedings, Clinical Research Informatics Summit of the American Medical Informatics Association, pages 115, San Francisco, CA.
- Wynden, Rob and Solbrig, Harold and Tu, Samson and Brinkley, James F (2011) The Value of Value Sets. In Proceedings, Clinical Research Informatics Summit of the American Medical Informatics Association, pages pp. 162-163, San Francisco, CA.