Foundational Model of Anatomy
Foundational Model of Anatomy (FМА) је онтолошки речник (модел података, или информациони модел у биомедицинском инжињерингу), којим су дефинисани основни концепти који се разматра у анатомији. Симболички гледано овај модел представља анатомско обликовање тела, на основу до сада расположивих знања о фенотипској структуру организма; просторно-анатомском структурама појединих делова тела и односа који чине физички изглед једног организма. Све то урађено је уз помоћ вештачке интелигенције, семантичког веба и софтверског инжењерства.[1]
Foundational Model of Anatomy се, заснован на основним принципима биоинформатике, развила је и одржава га Структурна информатичка групе за Универзитета у Вашингтону.
Онтолошко инжењерство
уредиОнтолошко инжењерство у биомедицинском инжењерингу, једна је од области пројектовања у информационом систему. Онтолошко инжењерство је дисциплина која проучава методе и методологију креирања онтологија за конкретне домене. Циљ онтолошког инжењерства је да учини експлицитним знање садржано у софтверским апликацијама, као и у предузетничким и пословним процедурама за конкретне домене. Онтолошко инжењерство у пољу биомедицинског инжењеринга је најновија научно-истраживачка област, чијa се примена и истраживање активно врши у последњој деценији 21. века. Основни разлог интензивног рада у области биомедицинских онтологија је дефинисање биомедицинских термина и концепата одговарајућег домена да би се омогућила поновна употреба, размена, интеграција и апликативна примена доменског знања из области биомедицине.
У литератури је пронађено доста примера биомедицинских и других апликативних онтологија, које су развијене на основу формалних, вршних онтологија и референтних онтологија. Примери неких од њих су: Апликациона онтологија медицине из домена спавања SDO (Sleep Domain Ontology), која је развијена коришћењем вршне BFO (Basic Formal Ontology) онтологије и референтних онтологија: FMA (Foundational Model of Anatomy), CPR (Computer-Based Patient Record), која је коришћена за дефинисање система медицинских евиденција и OGMS (Ontology for General Medical Science), која обезбеђује општи оквир физиолошких и клиничких података, који су приликом развоја наведене апликативне онтологије примењени на област медицине спавања
Дефиниција онтологије
уредиОнтологија је термин позајмљен из филозофије, где она представља грану метафизике која се бави систематским објашњењем постојања, природом и врстом ствари или ентитета које егзистирају у универзуму. Аристотел је био први филозоф који је увео појам онтологије у Метафизици. У њој се истиче допринос различитих филозофа еволуцији појма онтологије током времена:
- Онтологија је наука постојања свих врста ентитета – апстрактних и конкретних који чине свет.
- Предмет онтологије је проучавање категорија које постоје или могу постојати у неком домену.
Преласком из филозофије ка вештачкој интелигенцији, значење термина онтологије се сужава, тако да онтологија представља модел ентитета и њихових међусобних интеракција генерално или у одређеном домену знања или праксе. Истраживачи из области вештачке интелигенције су најпре развијали онтологије да омогуће дељење и поновно коришћење знања од стране програма и људи, али су се онтологије такође добро показале и као снажни концептуални алат за моделирање знања.
Упоредо за захтевима и развојем вештачке интелигенције и система заснованих на знању и дефиниција термин онтологија се мењао и развијао Једнa од првих дефиниција онтологије према гласи:
| „ | “Онтологија дефинише основне термине и релације који чине речник одређене тематске области (домена), као и правила за комбиновање термина и релација за дефинисање проширења речника домена.” Према овој дефиницији може се извести закључак да је у процесу креирања онтологије потребно дефинисати основне термине и релације између њих, као и правила за извођење нових термина и релација, чиме се постиже проширење речника домена. | ” |
Foundational Model of Anatomy као једна од подтипова онтологије
уредиFMA је подтип референтне онтологија у оквиру опште онтологије – која садржи заједничке концепте на високом нивоу, који су се посебно показали корисни за поновну употребу и дељење, јер омогућавају да други концепти буду коректније или поузданије смештени у онтологију.[2]
Као облик референтне онтологије, FMA представљају генерализацију једног или више домена, који обезбеђују неопходан онтолошки оквир за интеграцију или извођење различитих мањих доменских-оријентисаних онтологија. Као референтна биомедицинска онтологија, FMA представља генерализацију анатомског домена.[3]
Опис
уредиFoundational Model of Anatomy (FMA) као један од генерализованих анатомских домена садржи око 75.000 врста и више од 125.000 условa; за више од 2,1 милиона међусобно повезаних случајева, у више од 168 врста односа који су међусобно повезани у FMA у кохерентан симболички модел.[4]
На основу ових података може се рећи да је Foundational Model of Anatomy, један од највећих рачунарских ресурса знања у биомедицини.
Извори
уреди- ^ Rosse C, Mejino JL Jr. A reference ontology for biomedical informatics: the Foundational Model of Anatomy. J Biomed Inform. 2003 Dec;36(6):478-500.
- ^ C. Golbreich, S. Zhang, and O. Bodenreider, “The foundational model of anatomy in OWL: Experience and perspectives.,” Web Semant. Online, vol. 4, no. 3, pp. 181–195, 2006.
- ^ C. Rosse and L. V. M. Jr., “The Foundational Model of Anatomy Ontology,” Esophagus, vol. 2007, pp. 59–117, 2007.
- ^ About FMA – Contents – The Foundational Model of Anatomy
Литература
уреди- Franklin, Joshua D and Guidry, Alicia F and Brinkley, James F (2011) A Partnership Approach for Electronic Data Capture in Small-Scale Clinical Trials. In Proceedings, Clinical Research Informatics Summit of the American Medical Informatics Association, pages 10, San Francisco, CA.
- Detwiler, Landon T and Brinkley, James F (2011) Value Sets via Ontology Views. In Proceedings, Clinical Research Informatics Summit of the American Medical Informatics Association, pages 100, San Francisco, CA.
- Nichols, Nolan and Detwiler, Landon T and Franklin, Joshua D and Brinkley, James F (2011) Distributed Queries for Quality Control Checks in Clinical Trials. In Proceedings, Clinical Research Informatics Summit of the American Medical Informatics Association, pages 115, San Francisco, CA.
- Wynden, Rob and Solbrig, Harold and Tu, Samson and Brinkley, James F (2011) The Value of Value Sets. In Proceedings, Clinical Research Informatics Summit of the American Medical Informatics Association, pages pp. 162-163, San Francisco, CA.