Baltimor sınıflandırması

Baltimor sınıflandırması, David Baltimore tarafından geliştirilmiştir. Virüs ailelerini genom türlerine ve replikasyon yöntemlerine bağlı olarak gruplara bölen bir virüs sınıflandırma sistemidir.

Sınıflandırma

Virüsleri genom yapılarına göre sınıflandırmak, belli kategorilerde olanlar arasında daha ileri araştırmalar yapma konusunda bazı kolaylıklar sağlamaktadırlar . Bu gruplar aşağıdaki gibidir:

I: çiDNA virüsleri (örneğin Adenovirüsler, Herpesvirüsler, Poksvirüsler)
II: tiDNA virüsleri (+ iplikçikli veya "yönelimli") DNA (örneğin Parvovirüsler)
III: çiRNA virüsleri (örneğin Reovirüsler)
IV: (+) tiRNA virüsleri (+ iplikçikli veya "yönelimli") RNA (örneğin Pikornavirüsler, Togavirüsler)
V: (−) tiRNA virüsleri (− iplikçikli veya "yönelimli") RNA (örneğin Ortomiksovirüsler, Rabdovirüsler)
VI: tiRNA-RT virüsleri (+ iplikçikli veya "yönelimli") Hayat döngüsü içerisinde DNA aracılı RNA kullanır (örneğin Retrovirüsler)
VII: çiDNA-RT virüsleri (örneğin Hepadnavirüsler)

Grup I: Çift iplikçikli DNA virüsleri

Bu gruptaki virüslerin replike olabilmeleri için konak hücre çekirdeğine taşınmaları gerekir. Ayrıca bu virüsler genomlarını replike edebilmek için konak polimerazına gereksinim duyarlar, bundan dolayı hücre döngüsüne oldukça bağımlıdırlar. Virüs enfeksiyonunun ve progeni virüslerinin oluşumu hücrenin çoğalabilmesini gerektirir, hücre polimerazının çoğalma sırasında olduğu gibi aktif olması gereklidir. Virüs hücrenin zorla bölünmesine neden olabilir, bu durum hücrenin dönüşümüne ve bu nedenle kansere yol açabilir. Herpesvirüsler, Adenovirüsler ve Papovavirüsler kanser oluşturan virüslere örnektir.

Poxvirüsler replike olabimek için hücre çekirdeğine taşınmaya gereksinim duymazlar: Poksvirüs ailesi çiçek hastalığı virüsünü de barındıran ve omurgalıları enfekte eden yüksek patojenik bir virüs ailesidir.

mRNA, konak hücre transkriptaz enzimleri aracılığıyla viral DNA'dan normal yolla yazılır, mRNA'nın iki tipi vardır: 1) erken mRNA, viral DNA sentezinden önce yazılır ve 2) geç mRNA, progeni DNA tarafından yazılır.

Grup II: Tek iplikçikli DNA virüsleri

Anellovirüsler, Sirkovirüsler ve Parvovirüsler (omurgalıları enfekte eden), Geminivirüsler ve Nanovirüsler (bitkileri enfekte eden) ve Mikrovirüsler (Prokaryotları enfekte eden) gibi virüsler bu kategoridedirler. Çoğu dairesel genoma sahiptirler (bunun bilinen tek istisnası parvovirüslerdir). Ökaryotları enfekte edenleri çoğunlukla dönen çember mekanizması ile ve hücre çekirdeğinde replike olurlar.

Grup III: Çift iplikçikli RNA virüsleri

Çoğu RNA virüsü gibi cytoplasm, replike olabilmek için konak hücre polimerazına DNA virüsleri kadar ihtiyaç duymazlar. Replikasyon monosistroniktir ve segmentli genomlar özgünlük içerir, bunun anlamı çok karmaşık translasyon sergileyen diğer virüslerin aksine her gen bir protein kodlar.

Grup IV ve V: Tek iplikçikli RNA virüsleri

Tek iplikçikli RNA virüsleri, Baltimor sınıflandırmasının IV. ya da V. sınıfında yer alırlar. RNA'larının yönelimine göre negatif ya da pozitif polariteli olarak sınıflandırılırlar. Replikasyonları sitoplazma veya çekirdekte olabilir. Sınıf IV ve V deki tiRNA virüslerinin replikasyonları DNA virüslerindeki kadar hücre döngüsüne bağımlı değildir.^{[clarification needed]}

Grup IV: Pozitif polariteli tek iplikçikli RNA virüsleri

Genomlarını mRNA gibi kullanabilen virüslere pozitif polariteli ya da pozitif yönelimli virüsler denir. Bu grupta Astroviridae, Caliciviridae, Coronaviridae, Flaviviridae, Picornaviridae, Arteriviridae veTogaviridae gibi virüs aileleri bulunmaktadır.

Grup V: Negatif polariteli tek iplikçikli RNA virüsleri

Genomlarını mRNA olarak kullanamayan virüslere negatif polariteli ya da negatif yönelimli virüsler denir. Bu virüsler protein sentezi yapabilmek için genomlarının pozitif iplikçiğini sentezletmek zorundadırlar.

Bu grupta Arenaviridae, Orthomyxoviridae, Paramyxoviridae, Bunyaviridae, Filoviridae ve Rhabdoviridae (kuduz virüsünü de içerir) gibi virüs aileleri bulunmaktadır.

Grup VI: DNA aracılı replike olan pozitif polariteli tek iplikçikli RNA virüsleri

Bu virüs sınıfında çok iyi çalışılmış retrovirüs ailesi vardır. Bu virüslerde replikasyon sırasında ters transkriptaz enzimi aracılığı ile RNA'nın pozitif iplikçiğinden bir DNA sentezlenir.Protein şablonları için RNA kullanmak yerine integraz kullanarak konak DNA'sına eklenen DNA kullanırlar kullanırlar. Replikasyon konak hücrenin polimerazı yardımıyla gerçekleştirilir.

Grup VII: Tek iplikçikli RNA aracılı replike olan çift iplikçikli DNA virüsleri

Bunlar virüslerin küçük bir grubudur, Hepatit B virüsü bu gruptadır, bu virüs kısmi çift iplikçikli genoma sahiptir, bu sonradan kovalent olarak kapalı çembersel çift iplikli DNA (cccDNA) ile tamamlanarak viral mRNA ve subgenomik RNA üretiminde şablon olarak kullanılır. Pregenomik RNA, DNA genomu üretiminde viral ters transkriptaz için bir şablon olarak hizmet verir.

Ayrıca bakınız

Kaynakça

^ Baltimore D (1971). "Expression of animal virus genomes". Bacteriol Rev. 35 (3). ss. 235-41. PMC 378387 $2. PMID 4329869. 28 Mayıs 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 4 Ağustos 2016.

"Virus Taxonomy Portal." (Website.) Viral Bioinformatics Resource Center & Viral Bioinformatics - Canada. Retrieved on 2007-09-27.

Dış bağlantılar

Grupların aileleri - Baltimor metodu30 Mart 2013 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
UAVTK Virüs Veritabanı13 Mart 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
Genbank veritabanı sınıflandırma portali9 Mart 2017 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
ViralZone21 Haziran 2011 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
Baltimor sistemi - Viroloji Bloğu27 Ağustos 2016 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.

[pmid4329869-1] Baltimore D (1971). "Expression of animal virus genomes". Bacteriol Rev. 35 (3). ss. 235-41. PMC 378387 $2. PMID 4329869. 28 Mayıs 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 4 Ağustos 2016.

[1]