Há várias missões disponíveis em Watch Dogs. As missões da história principal são desbloqueadas à medida que a história progride, e missões secundárias podem ser encontradas em Chicago ou através do smartphone do Aiden. Existem também investigações que podem ser iniciadas por ícones específico que recompensam o jogador.
Missões da história principal
Ato I
- "Última chance" - escape do May Stadium.
- "Eles não podem se esconder" - investigue criminosos.
- "Irmão mais velho" - encontre Nicky e Jackson Pearce na festa, e vá atrás de um suspeito.
- "Prevenção" - compre um Fuzil de Assalto 416.
- "Passe para os bastidores" - invada o Centro de Controle CTOS.
- "Contrato Hacker" - encontre e mate o hacker.
- "Metido a Co-Piloto" - alcance o fugitivo, e escape da polícia.
- "Abra o seu mundo" - encontre Clara Lille, e invade o centro de controle CTOS.
- "Obrigado pela dica" - infiltre-se em uma ligação, e encontre Damien Brenks.
- "Não era o cara da Pizza" - interrogue o chefe dos mercenários.
- "Sabotando os planos" - encontre e mate Angelo Tucci.
- "Vestido em camadas" - encontre Raul Lionzo e escape da prisão.
Ato II
- "Aguente firme, garoto" - encontre e salve Jackson.
- "Centro de controle CTOS de Brandon Docks" - invada o centro de controle CTOS no Brandon Docks.
- "Coisas frágeis" - procure Racine Boat Restoration, e mate Robert Racine.
- "Colateral" - defenda Clara.
- "Com o pé na cova" - encontre Tobias Frewer e fale com ele.
- "Um espaço branco por ali" - termine o abrigo.
- "Centro de controle CTOS de The Wards" - invada o centro de controle CTOS na Enfermaria.
- "Improvisado" - desabilite os terminais de segurança.
- "O Bulldog da vovó" - investigue de onde é um endereço de IP.
- "Não é um trabalho para Tyrone" - siga Tyrone "Bedbug" Hayes e salve Gary "Rabbit" Diggs.
- "Centro de controle CTOS de Mad Mile" - Invada o centro de controle em Mad Mile.
- "Penetra" - mate os mercenários atrás de Bedbug.
- "Migalhas" - pegue um convite para o leilão de Quinn.
- "Olhe para o abismo" - elimine Crispin.
- "Um lance arriscado" - vá ao leilão, e escaneie as etiquetas de ID do Iraq.
- "Modelo exemplar" - encontre Jackson.
- "Plantando um Bug" - guie Bedbug para que ele chegue no sala do servidor do Iraq.
- "Fora de rede" - procure por Raymond Kenney.
Ato III
- "Centro de controle CTOS de Pawnee" - invada o Centro de Controle CTOS em Pawnee.
- "A esperança é algo triste" - encontre Raymond Kenney, que é conhecido como "T-Bone".
- "Vamos fazer um acordo" - roube de volta o caminhão do T-Bone.
- "Um fosso de paranoia" - identifique dois chefes de segurança do Blume.
- "Força imparável" - elimine a escolta antes que ela chegue ao Blume.
- "O futuro está na Blume" - infiltre-se na Blume.
- "Para o portfólio" - proteja o T-Bone e escape de Pawnee.
- "A qualquer custo" - baixe as informações do servidor do Iraq e mate-o.
Ato IV
- "Tem alguém na porta" - encontre o hacker.
- "Em plena vista" - tire o mercenário de cena.
- "A toca do rato" - leve o T-Bone a um lugar seguro.
- "A condição de Defalt" - encontre e elimine JB "Defalt" Marcowics.
- "Irmãzinha" - leve Nicky a um lugar seguro.
- "Fantasmas do passado" - leve Nicky e Jackson para fora da cidade.
- "Não há como voltar atrás" - persiga e mate Dermot "Lucky" Quinn, e corra para salvar Clara.
Ato V
- "Às vezes se perde mesmo assim" - feche CTOS, e mate o Damien Brenks.
Missões-secundárias
Missões-secundárias são missões pequenas separadas em tipos que contam porcentagem no jogo Watch Dogs. Assim como as principais, possuem ícone azul. Algumas são desbloqueadas após cumprir certa missão principal, outras estão disponíveis desde o início do jogo. Recompensam o jogador com dinheiro e algumas, com classificação no Placar de Líderes. Podem ser jogadas novamente pelo menu do smartphone (como Contratos de Mercenário) ou reiniciadas no menu de pausa.
Investigações
Investigações são missões paralelas que possuem enredos próprios. Elas exploram personagens secundários ou tramas de Chicago. Investigações também contam porcentagem. Elas recompensam o jogador com armas e habilidades. Diferentes das missões-secundárias, estas não podem ser jogadas novamente depois de completadas.